Rafael era obispo de Mithymna cuando, en marzo de 1603, fue elegido patriarca ecuménico. [2] Durante su patriarcado, abordó la regulación de muchos asuntos eclesiásticos y emitió una serie de disposiciones estándar. Los enfrentamientos con el anterior patriarca Neófito II causaron muchos problemas en la Iglesia, hasta el punto de que Cyril Lucaris , en una carta al obispo de Heraclea Dionisio, escribió que " ... Rafael gobernó el patriarcado como un tirano durante más de cuatro años. ... ".
Rafael mostró interés en una posible unión con la Iglesia occidental e inició una correspondencia secreta con el Papa . [3] Permaneció como patriarca hasta octubre de 1607, cuando fue depuesto por la fuerza por el sultán Ahmed I y sufrió una muerte violenta en el exilio.