PhylomeDB es una base de datos biológica pública para catálogos completos de filogenias de genes ( filomas ). [1] [2] [3] Permite a los usuarios explorar de forma interactiva la historia evolutiva de los genes a través de la visualización de árboles filogenéticos y múltiples alineaciones de secuencias . Además, phylomeDB proporciona predicciones de ortología y paralogía de todo el genoma que se basan en el análisis de los árboles filogenéticos. La tubería automatizada utilizada para reconstruir árboles tiene como objetivo proporcionar un análisis filogenético de alta calidad de diferentes genomas, incluida la inferencia de árboles de máxima probabilidad, el recorte de alineación [4] y las pruebas de modelos evolutivos.
PhylomeDB incluye también una sección de descarga pública con el conjunto completo de árboles, alineaciones y predicciones de ortología, así como una API web que facilita el cruce de árboles de fuentes externas. Finalmente, phylomeDB proporciona una interfaz avanzada de visualización de árboles basada en el kit de herramientas ETE, [5] que integra topologías de árboles, información taxonómica, mapeo de dominios y visualización de alineación en una única imagen de árbol interactiva.
El motor de búsqueda de árboles de PhylomeDB se actualizó para proporcionar una vista centrada en genes de todos los recursos de phylomeDB. Por lo tanto, después de una búsqueda de proteínas o genes, todos los árboles disponibles en phylomeDB se enumeran y organizan por filoma y tipo de árbol. Los usuarios pueden cambiar entre todos los árboles de semillas y colaterales disponibles sin perder el foco en la proteína o el gen buscado.
En phylomeDB v4, toda la información disponible para cada árbol ahora se muestra usando un diseño integrado en el que la topología del árbol, los datos de taxonomía, las alineaciones y las anotaciones de dominio, y la información de la edad del evento (filoestratigrafía) se representan en la misma figura usando las características de visualización más nuevas provistas. por el kit de herramientas ETE v2.2:
Además, los usuarios pueden descargar datos relevantes, incluida la base de datos completa, un filoma específico o, desde la página de entrada del árbol, los datos relevantes correspondientes a ese árbol. En esta nueva versión, hemos implementado la posibilidad de descargar predicciones de ortología de un árbol en el formato estándar OrthoXML desarrollado recientemente , además de un formato tabulado.
El consorcio Quest for Orthologs (QfO) incluye más de 30 bases de datos filogenómicas. El objetivo principal del consorcio es mejorar y estandarizar las predicciones de ortología a través de la colaboración y discutir sobre nuevos métodos emergentes.