Polbase ( base de datos de ADN polimerasa ) es un repositorio abierto de información de ADN polimerasa . [1] Polbase captura información de investigaciones publicadas sobre la actividad de la polimerasa y la presenta en contexto con trabajos relacionados. Polbase indexa más de 5000 referencias [2] desde la década de 1950 hasta la actualidad e incluye cientos de polimerasas y sus mutantes relacionados. El modelo colaborativo de Polbase permite a los investigadores de la polimerasa completar, corregir y validar la representación de Polbase de su trabajo.
Polbase presenta una lista de polimerasas conocidas clasificadas por organismo, familia de polimerasas y propiedades seleccionadas. Cada polimerasa indexada tiene su propia página de instantáneas que contiene enlaces a toda su información en la base de datos. Todos los resultados en Polbase se almacenan con los detalles experimentales relevantes para ponerlos en contexto. Si la información de la estructura está disponible, Polbase enlaza con la entrada del Banco de datos de proteínas (PDB) de la polimerasa . Toda la información recopilada en Polbase está vinculada a la publicación original donde se informó.
Polbase extrae información de una variedad de fuentes, incluidas PubMed , PDB y directamente de investigadores de polimerasa.
Polbase comenzó en marzo de 2009 con una subvención del programa SBIR de los NIH [8] y se presentó por primera vez al público en la Reunión de Mutagénesis y ADN del MIT [9] En marzo de 2010, Polbase se presentó a una audiencia más amplia en la Conferencia Evolving Polymerases 2010. [10] Polbase también se presentó con más detalles técnicos en la Conferencia Rocky 2010 ISMB. [11] [12] Polbase se describe con más detalle en la edición de la base de datos de investigación de ácidos nucleicos de 2012.
Polbase fue construido en New England Biolabs por Brad Langhorst y Nicole Nichols con la ayuda de los colaboradores fundadores Linda Reha-Krantz, Bill Jack, Cathy Joyce, Stu Linn, Stefan Sarafianos, Sam Wilson y Roger Woodgate.