PomBase
PomBase es una base de datos de organismos modelo que proporciona acceso en línea a la secuencia del genoma de la levadura de fisión Schizosaccharomyces pombe y características anotadas, junto con una amplia gama de datos específicos de genes funcionales curados manualmente. El sitio web de PomBase se volvió a desarrollar en 2016 para proporcionar a los usuarios un servicio más integrado y de mejor rendimiento (descrito en [2] ).
El personal de PomBase selecciona manualmente una amplia variedad de tipos de datos utilizando tanto literatura primaria como fuentes bioinformáticas, y se emplean numerosos mecanismos para garantizar la validez del contenido tanto sintáctico como biológico. [3]
La anotación genética se puede ver a un nivel específico de gen (en las páginas de genes) o a un nivel específico de término (en las páginas de términos de ontología). Esto hace posible:
Se puede acceder a los conjuntos de datos de todo el genoma (incluidos los conjuntos de datos de proteínas, todas las anotaciones, listas de ortólogos seleccionadas manualmente, etc.) desde la página de conjuntos de datos . Se puede acceder a los conjuntos de datos adecuados para mostrar en un navegador de genoma y que se han cargado a través de la instancia de PomBase JBrowse .
La página GO slim proporciona una descripción general del "papel biológico" de todos los genes de levadura de fisión "conocidos": estas son proteínas que han sido caracterizadas experimentalmente en levadura de fisión o en otra especie y transferidas por ortología.
Sorprendentemente, casi el 20% de los proteomas eucariotas, desde la levadura hasta el ser humano, no están caracterizados en términos de las vías y procesos en los que participan estas proteínas, [6] lo que lo convierte en uno de los grandes problemas no resueltos en biología . El papel que juegan estas proteínas en la biología, aún no se ha descubierto en ninguna especie. Para ayudar en la investigación de estas proteínas desconocidas, PomBase mantiene un inventario de proteínas de levadura de fisión no caracterizadas . La lista de genes prioritarios no estudiados representa el subconjunto de genes de levadura de fisión no caracterizados que se conservan para el hombre, lo que la convierte en un objetivo de investigación especialmente prioritario.
