La amplificación aleatoria de ADN polimórfico ( RAPD ), pronunciada "rápida", [1] es un tipo de reacción en cadena de la polimerasa (PCR), pero los segmentos de ADN que se amplifican son aleatorios. [2] El científico que realiza RAPD crea varios cebadores cortos arbitrarios (8-12 nucleótidos), luego procede con la PCR utilizando una plantilla grande de ADN genómico, con la esperanza de que los fragmentos se amplifiquen. Al resolver los patrones resultantes, se puede obtener un perfil semi-único a partir de una reacción RAPD.
No se requiere conocimiento de la secuencia de ADN del genoma objetivo, ya que los cebadores se unirán en algún lugar de la secuencia, pero no se sabe exactamente dónde. Esto hace que el método sea popular para comparar el ADN de sistemas biológicos que no han tenido la atención de la comunidad científica, o en un sistema en el que se comparan relativamente pocas secuencias de ADN (no es adecuado para formar un banco de datos de ADNc). Debido a que se basa en una secuencia de plantilla de ADN grande e intacta, tiene algunas limitaciones en el uso de muestras de ADN degradado. Su poder de resolución es mucho menor que el de los métodos de comparación de ADN específicos de especies, como las repeticiones cortas en tándem . En los últimos años, RAPD se ha utilizado para caracterizar y rastrear la filogenia de diversas especies de plantas y animales.
Introducción
Los marcadores RAPD son fragmentos de ADN decámeros (10 nucleótidos de longitud) de la amplificación por PCR de segmentos aleatorios de ADN genómico con un solo cebador de secuencia de nucleótidos arbitraria y que pueden diferenciar entre individuos genéticamente distintos, aunque no necesariamente de una manera reproducible. Se utiliza para analizar la diversidad genética de un individuo mediante el uso de cebadores aleatorios. Debido a problemas en la reproducibilidad de los experimentos, muchas revistas científicas ya no aceptan experimentos simplemente basados en RAPD. RAPD requiere solo un cebador para la amplificación.
Cómo funciona
A diferencia del análisis de PCR tradicional, RAPD no requiere ningún conocimiento específico de la secuencia de ADN del organismo objetivo: los cebadores de 10 mer idénticos amplificarán o no un segmento de ADN, dependiendo de las posiciones que sean complementarias a la secuencia de los cebadores. Por ejemplo, no se produce ningún fragmento si los cebadores se hibridan demasiado entre sí o los extremos 3 'de los cebadores no están enfrentados entre sí. Por lo tanto, si se ha producido una mutación en la plantilla de ADN en el sitio que anteriormente era complementario al cebador, no se producirá un producto de PCR, lo que dará como resultado un patrón diferente de segmentos de ADN amplificados en el gel.
Limitaciones
- Casi todos los marcadores RAPD son dominantes, es decir, no es posible distinguir si un segmento de ADN está amplificado de un locus que es heterocigoto (1 copia) u homocigoto (2 copias). Los marcadores de RAPD codominantes, observados como segmentos de ADN de diferentes tamaños amplificados del mismo locus, se detectan sólo en raras ocasiones.
- La PCR es una reacción enzimática, por lo tanto, la calidad y la concentración de la plantilla de ADN, las concentraciones de los componentes de la PCR y las condiciones del ciclo de la PCR pueden influir en gran medida en el resultado. Por lo tanto, la técnica RAPD es notoriamente dependiente del laboratorio y necesita protocolos de laboratorio cuidadosamente desarrollados para ser reproducible.
- Los desajustes entre el cebador y la plantilla pueden resultar en la ausencia total de producto de PCR, así como en una cantidad simplemente disminuida del producto. Por lo tanto, los resultados de RAPD pueden ser difíciles de interpretar, a diferencia del análisis de PCR tradicional.
Ver también
Referencias
- ^ "ADN polimórfico amplificado aleatorio (RAPD)" . www.ncbi.nlm.nih.gov . Consultado el 10 de noviembre de 2020 .
- ^ "ADNr: amplificación aleatoria de ADN polimórfico (RAPD)" . www.rvc.ac.uk . Consultado el 3 de junio de 2016 .
enlaces externos
- Técnica RAPD + en los encabezados de materias médicas (MeSH) de la Biblioteca Nacional de Medicina de EE. UU .