El análisis de diferencias representativas ( RDA ) es una técnica utilizada en la investigación biológica para encontrar diferencias de secuencia en dos muestras genómicas o de ADNc . Los genomas o secuencias de ADNc de dos muestras (es decir , una muestra de cáncer y una muestra normal) se amplifican por PCR y se analizan las diferencias mediante hibridación sustractiva de ADN . Esta tecnología se ha mejorado aún más mediante el desarrollo del análisis de micromatrices de oligonucleótidos de representación (ROMA) , que utiliza tecnología de matrices para realizar dichos análisis. Este método también puede adaptarse para detectar diferencias en la metilación del ADN, como se ve enanálisis de diferencias representacionales sensibles a la metilación (MS-RDA) . [1]
Teoría
Este método se basa en la PCR para amplificar diferencialmente regiones de ADN no homólogas entre fragmentos digeridos de dos especies de ADN casi idénticas, que se denominan ADN "conductor" y "probador". Normalmente, el ADN del probador contiene una secuencia de interés que no es homóloga al ADN conductor. Cuando se mezclan las dos especies, la secuencia de controladores se agrega en exceso al probador. Durante la PCR, los fragmentos bicatenarios primero se desnaturalizan a ~ 95 ° C y luego se vuelven a templar cuando se someten a la temperatura de recocido. Dado que las secuencias del controlador y del probador son casi idénticas, el exceso de fragmentos de ADN del controlador se apareará con los fragmentos de ADN homólogos de la especie del probador. Esto bloquea la amplificación por PCR y no hay aumento de fragmentos homólogos. Sin embargo, los fragmentos que son diferentes entre las dos especies no se aparearán con una contraparte complementaria y serán amplificados por PCR. A medida que se realicen más ciclos de RDA, el conjunto de copias de fragmentos de secuencia única crecerá más rápido que los fragmentos encontrados en ambas especies.
Referencias
- ^ "Análisis de diferencias representativas sensibles a metilación (MS-RDA)
ón> . Archivado desde el original el 20 de agosto de 2003.
- Lisitsyn N, Lisitsyn N, Wigler M. (1993), Clonación de las diferencias entre dos genomas complejos. Ciencia , 259 , 946-951