El Unstrut se origina en el norte de Turingia cerca de Dingelstädt (al oeste de Kefferhausen en el área de Eichsfeld ) y su área de captación es toda la cuenca de Turingia . Sale de la cuenca a través de la Puerta de Turingia al oeste de Heldrungen y, en su parte inferior, fluye a través de Sajonia-Anhalt antes de desembocar en el Saale cerca de Naumburg . La longitud total de Unstrut es de 192 kilómetros (119 millas). Las ciudades a lo largo de Unstrut incluyen Mühlhausen , Sömmerda , Bad Frankenhausen , Artern , Roßlebeny Freyburg . Los principales afluentes del Unstrut son el Gera , Wipper , Helme y Lossa .
El campo alrededor de los ríos Saale y Unstrut forma la región vinícola de Saale-Unstrut . La conocida marca de vino espumoso Rotkäppchen (" Caperucita Roja ") se produce en las bodegas de Freyburg.
El antiguo alto alemán Strödu significa 'matorral pantanoso' y un- es un prefijo para intensificar el significado, por lo que la región de Unstrut era un área muy pantanosa. En 575, el río fue atestiguado como Onestrudis , en el siglo VII se lo denominó Unestrude , y en 994 como Vnstruod .
En 531, según el Decem Libri de Gregorio de Tours , la batalla decisiva entre los franconios y los turingios tuvo lugar a lo largo del Unstrut, que resultó en la destrucción y anexión del reino medieval temprano de Turingia por parte del imperio franco. En 933 el rey alemán Enrique I luchó, tras una tregua de diez años, contra un ejército húngaro en la batalla de Riade , un lugar cercano al Unstrut, pero que ahora se desconoce. Su victoria dio lugar a un período de paz, hasta que los húngaros regresaron en 955 y fueron derrotados nuevamente. Uno de sus lugares favoritos era Memleben en Unstrut, donde una residencia real, un llamado Pfalz ,palatium o villa regia , fue construido. Murió allí en 936, al igual que su hijo, Otto I, en 973. Allí se construyó un monasterio en los años siguientes, convirtiéndose en uno de los más importantes del reino alemán durante un breve período. Todavía se pueden ver sus ruinas; la ubicación exacta del palatium ya no se conoce.
Debido a su carácter pantanoso, el Unstrut no fue navegable por barcos durante mucho tiempo. Finalmente, en los años 1790-1794, el río se hizo navegable por orden del Elector de Sajonia . Se convirtió en una ruta de navegación importante durante un siglo; en particular, se embarcaron areniscas y calizas. A partir de 1889, cuando se construyó el Unstrut Railway ( Unstrutbahn ) a lo largo del río, la importancia de la vía fluvial como ruta de transporte se redujo mucho. Aunque la región vinícola de Unstrut, con una superficie de 300 hectáreas (740 acres), es una de las más pequeñas, es bastante conocida.