Rudolf Eller (9 de mayo de 1914 - 24 de septiembre de 2001) fue un musicólogo alemán y profesor de la Universidad de Rostock .
Nacido en Dresde, Eller era hijo del violista Arthur Emil Eller y su esposa Margarete. De 1934 a 1936 estudió órgano, composición y dirección coral en la escuela de orquesta de la Sächsische Staatskapelle Dresden , luego hasta 1941 musicología , historia del arte, historia y filosofía en las universidades de Leipzig y Viena. Desde 1941 hasta el final de la guerra, Eller fue reclutado para el servicio militar.
Comenzó su carrera profesional en 1945 con un puesto en el Instituto Musicológico de la Universidad de Leipzig. En 1947 Rudolf Eller se doctoró en Leipzig y en 1957 también se habilitó en Leipzig. Desde 1952 hasta su traslado a la Universidad de Rostock en 1959, fue profesor invitado frecuente en Rostock y Leipzig y ya estuvo temporalmente a cargo del Instituto de Musicología de Rostock, donde posteriormente trabajó como profesor hasta 1962. En 1962 fue nombrado profesor con cargo docente, y en 1970 se convirtió en profesor titular de musicología.
Sus intereses docentes y de investigación incluyeron a Antonio Vivaldi y Johann Sebastian Bach . Entre 1971 y 1978 Rudolf Eller organizó coloquios sobre Antonio Vivaldi en Dresden y en 1979 un coloquio sobre Johann Sebastian Bach en Rostock. Fue miembro de la Neue Bachgesellschaft y de la Gesellschaft für Musikforschung. De 1966 a 1977, Eller fue editor de Deutsche Jahrbuchs der Musikwissenschaft .