En bioinformática , SIDD es la abreviatura de desestabilización dúplex inducida por estrés ( ADN ). Es la fusión del ADN que no es inducida por un promotor, sino puramente por la naturaleza superhelicoidal (también llamada topológica) del ADN. [1] Se basa en un tratamiento de mecánica estadística del ADN realizado por Craig J. Benham y Richard M. Fye. [2] Se demostró que este desenrollamiento inducido por el estrés coincide con las regiones promotoras del ADN de los plásmidos bacterianos y puede dirigir la respuesta global de las células a los cambios en sus entornos externos al afectar qué genes se transcriben .
El propio modelo computacional calcula el perfil de probabilidad de una secuencia dada de pares de bases de ADN a desnaturalizar, así como el perfil de energía de la secuencia. Es a través de este perfil de energía que la técnica deriva su nombre: los pares de bases a energías más bajas son menos estables (desestabilizados) que los de energías más altas y es más probable que se desnaturalicen. El estrés relacionado con el número de enlace (específicamente su componente de torsión) del ADN provoca la desestabilización de la doble hélice (dúplex); por lo tanto, desestabilización dúplex inducida por tensión.
Craig Benham también ha desarrollado un subprograma en línea que calcula el perfil SIDD de las secuencias de ADN de entrada. [3] También muestra el perfil de probabilidad de desnaturalización de la secuencia de pares de bases dada, además de contar el número y la ubicación de las ejecuciones de desnaturalización.
Como el método computacional SIDD completo consume una gran cantidad de tiempo de procesamiento de la máquina (debido a su naturaleza compleja), se implementa en el algoritmo WebSIDD un algoritmo acelerado propuesto por Benham, et al., en su artículo de 1999. Este algoritmo acelerado trunca la función de partición al ignorar las contribuciones de ciertos estados conformacionales.