Era el sexto hijo de John Fothergill y su esposa Margaret, cuáqueros acomodados de considerables recursos en Carr End, Wensleydale , Yorkshire . Nació en noviembre de 1715. Fue educado en Briggflats , cerca de Sedbergh , y luego en una escuela en Sutton en Cheshire , mantenida por su tío, Thomas Hough. A la edad de diecisiete años fue aprendiz de un comerciante cuáquero en Stockport .
Tan pronto como terminó su aprendizaje, se fue a vivir a Sutton con su tío y se unió a la Sociedad de Amigos . Durante algunos años parece haber pasado por muchos problemas mentales, y no fue hasta 1736 que fue aceptado como ministro cuáquero. No parece que se le haya expedido ningún certificado de viaje hasta 1739. Unos siete meses antes se casó con Susanna Croudson de Warrington , también una ministra cuáquera. En este año visitó pastoralmente a los Amigos de Gales y el oeste de Inglaterra, y al año siguiente a los de Yorkshire y Durham.. A principios de 1744, visitó Irlanda. Sus cartas a su esposa muestran que el cuaquerismo estaba disminuyendo y que hizo grandes esfuerzos para revivirlo. En 1745, sus viajes ministeriales fueron muy interrumpidos por la rebelión jacobita , y desde ese momento hasta 1750, cuando estuvo presente en la reunión anual de los cuáqueros irlandeses, trabajó principalmente cerca de su residencia.
En 1754 obtuvo un certificado que le permitió continuar su trabajo en el extranjero e inmediatamente visitó Norteamérica, donde permaneció hasta 1756, visitando casi todas las reuniones de cuáqueros en el norte y muchas en las colonias del sur. Cabalgó 180 millas para visitar a una familia aislada y, debido a la pobreza, ocasionalmente tuvo que quedarse sin comida para mantener a su caballo. Trabajó para reconciliar a los colonos y los indios. Formó parte de un círculo que fomentaba la resistencia fiscal , que en ese momento era una posición muy controvertida entre los Amigos ingleses, pero que, en parte gracias a sus esfuerzos a su regreso, se volvió más aceptable.
A su regreso a Inglaterra, organizó una suscripción para aliviar la pobreza ocasionada por la escasez de empleo en Warrington durante el invierno de 1756, y reanudó su labor ministerial hasta que sus incesantes labores le provocaron una grave enfermedad. Nunca se recuperó por completo, y luego se dedicó principalmente a atender su negocio como comerciante de té y alguna obra literaria que nunca completó.
En 1760 fue nombrado miembro de un comité para visitar todas las reuniones trimestrales y de otro tipo en el reino, y en 1762 visitó la mayoría de las reuniones cuáqueras en Irlanda. Un servicio similar en Escocia dos años más tarde condujo en gran medida al resurgimiento del cuaquerismo en ese país. Desde ese momento hasta su muerte no pudo tomar parte activa en los asuntos de la Sociedad de Amigos, y sus últimos años transcurrieron en un gran sufrimiento. Murió en Warrington en junio de 1772 y fue enterrado en el cementerio de los Amigos en Penketh , Lancashire .
Fothergill sabía leer libros y era un gran estudioso de los hombres y las costumbres. Se le describe como digno, cortés, grave y, sin embargo, afable. Sus escritos eran principalmente tratados o breves discursos, pero la cantidad de veces que se han reimpreso demuestra que fueron muy valorados por los cuáqueros.