La iglesia fue fundada en 1125 por Martino Doria, como capilla privada de su familia . En 1278 fue totalmente renovado en estilo gótico .
El edificio fue nuevamente renovado a mediados del siglo XVI por orden de Andrea Doria , quien encargó la obra a Giovanni Angelo Montorsoli (los cambios incluyeron el presbiterio y la cúpula). Se renovó aún más en 1557-1559, bajo el diseño de Giovanni Battista Castello (nave y pasillos) y la decoración, realizada por Luca Cambiaso , entre otros.
Del edificio gótico, la nave, las naves laterales y la fachada son de franjas blancas (mármol) y negras ( pizarra ), divididas en tres sectores por falsas columnas con bandas lombardas ; en el centro hay un gran rosetón , mientras que a los lados hay dos ventanas de doble parteluz . La fachada incluye un sarcófago tardorromano con una Alegoría del Otoño, que originalmente se utilizó como tumba de Lamba Doria , que lo había llevado a Génova desde Korčula en Dalmacia . En un tiempo, grandes cadenas, que una vez protegieron el puerto de Pisa y que se habían obtenido como botín después de la victoria en la Batalla de Meloria (1284), se cubrieron a través de la fachada. En el siglo XIX, fueron devueltos a Pisa. [1]
En el lado izquierdo de la iglesia se encuentra el claustro de San Mateo, de planta cuadrangular, que data de 1308. Tiene arcos ojivales sobre columnillas dobles.
Las obras de arte del interior incluyen el Milagro del Dragón Etíope de Luca Cambiaso y la Vocación de San Mateo de Giovanni Battista Castello , una "Deposición" de madera de Anton Maria Maragliano y la tumba de Andrea Doria, ejecutada por Montorsoli, en la cripta. . En el altar mayor se encuentra una Sagrada Familia con Santa Ana de Bernardo Castello (siglo XVI). Según la tradición, la espada que se encuentra bajo el altar perteneció a Andrea Doria , y fue donada a esta iglesia por el Papa Pablo III . La iglesia cuenta con un órgano original, construido por Antonio Alari en 1773.