Thomson comenzó su carrera con un breve período en el Shrewsbury Town de la liga de fútbol inglesa . En 1991, se dirigió al norte para jugar en el Brechin City antes de mudarse a Aberdeen , donde pasó cinco temporadas. Fue convocado en dos ocasiones por la Sub-21 de Escocia, pero se lesionó en ambas ocasiones.
Después de caer en desgracia con 'The Dons', se mudó al Raith Rovers del lado de Fife . Fue aquí donde el ex jefe de Dunfermline Athletic, Bert Paton , lo notó y lo llevó a East End Park . No fue hasta la era de Jimmy Calderwood que se desarrolló todo su potencial. Terminó su carrera en el East Fife , donde anotó un gol contra el antiguo club Brechin City . [1]
El 8 de agosto de 2007, Thomson tuvo su testimonio contra un equipo Manchester United XI repleto de estrellas que contó con jugadores como Ryan Giggs , Wayne Rooney , Mikaël Silvestre , Paul Scholes y el nuevo fichaje Owen Hargreaves . United se abrió camino hacia una victoria por 4-0. [2]