Sean Roberts Eddy es profesor de Biología Celular y Molecular y de Matemáticas Aplicadas en la Universidad de Harvard . Anteriormente, estuvo en el Janelia Research Campus de 2006 a 2015 [5] [7] [8] en Virginia . Sus intereses de investigación son la bioinformática , la biología computacional y el análisis de secuencias biológicas . [9] [10] [11] [12] A partir de 2016, los [actualizar]proyectos incluyen el uso de modelos Hidden Markov [13] [14] en HMMER , Infernal [15] Pfam yRfam . [16] [17] [18] [19]
Sean Eddy | |
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Nació | Sean Roberts Eddy |
alma mater | |
Conocido por | |
Premios | Premio Ben Franklin (2007) |
Carrera científica | |
Campos | Análisis computacional del genoma [5] |
Instituciones | |
Tesis | Intrones en los bacteriófagos T-even (1991) |
Asesor de doctorado | Larry Gold [6] |
Otros asesores académicos | John Sulston Richard Durbin |
Sitio web |
Educación
Eddy se graduó en junio de 1982 de Marion Center Area High School, Marion Center, Pennsylvania . Luego completó una Licenciatura en Ciencias en Biología en el Instituto de Tecnología de California en 1986, [20] seguido de un Doctorado en Filosofía en biología molecular en la Universidad de Colorado bajo la supervisión de Larry Gold en 1991 estudiando el fago T4 [6] [ 21] [22]
Carrera profesional
De 1992 a 1995 fue investigador postdoctoral en el Laboratorio de Biología Molecular (LMB) del Consejo de Investigación Médica (MRC ) en Cambridge, Reino Unido, trabajando con John Sulston y Richard Durbin . De 1995 a 2007 trabajó en la Facultad de Medicina de la Universidad de Washington y ha estado trabajando para el Instituto Médico Howard Hughes desde 2000.
Premios y honores
En 2007, Sean fue el ganador del Premio Benjamin Franklin en Bioinformática por sus contribuciones al Acceso Abierto en las Ciencias de la Vida. [23]
Referencias
- ^ Finn, RD; Clements, J .; Eddy, SR (2011). "Servidor web HMMER: Búsqueda interactiva de similitudes de secuencias" . Investigación de ácidos nucleicos . 39 (Problema del servidor web): W29 – W37. doi : 10.1093 / nar / gkr367 . PMC 3125773 . PMID 21593126 .
- ^ Nawrocki, EP; Kolbe, DL; Eddy, SR (2009). "Infernal 1.0: Inferencia de alineaciones de ARN" . Bioinformática . 25 (10): 1335-1337. doi : 10.1093 / bioinformatics / btp157 . PMC 2732312 . PMID 19307242 .
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- ^ Gardner, PP; Daub, J .; Tate, J .; Moore, BL; Osuch, IH; Griffiths-Jones, S .; Finn, RD; Nawrocki, EP; Kolbe, DL; Eddy, SR ; Bateman, A. (2010). "Rfam: Wikipedia, clanes y la liberación" decimal " . Investigación de ácidos nucleicos . 39 (Problema de la base de datos): D141 – D145. doi : 10.1093 / nar / gkq1129 . PMC 3013711 . PMID 21062808 .
- ^ a b Publicaciones de Sean Eddy indexadas por Google Scholar
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- ^ Kaplan, Karen (2011). "Una tirada de dados: Sean Eddy tiene el trabajo de sus sueños" . Naturaleza . 479 (7373): 433–435. doi : 10.1038 / nj7373-433a . PMID 22106470 .
- ^ Durbin, Richard M .; Eddy, Sean R .; Krogh, Anders ; Mitchison, Graeme (1998), Análisis de secuencia biológica: Modelos probabilísticos de proteínas y ácidos nucleicos (1a ed.), Cambridge, Nueva York: Cambridge University Press , doi : 10.2277 / 0521629713 , ISBN 0-521-62971-3, OCLC 593254083
- ^ Rivas, E .; Lang, R .; Eddy, SR (2011). "Una gama de modelos probabilísticos complejos para la predicción de la estructura secundaria de ARN que incluye el modelo del vecino más cercano y más" . ARN . 18 (2): 193–212. doi : 10.1261 / rna.030049.111 . PMC 3264907 . PMID 22194308 .
- ^ Lander, ES ; Linton, M .; Birren, B .; Nusbaum, C .; Zody, C .; Baldwin, J .; Devon, K .; Dewar, K .; Doyle, M .; Fitzhugh, W .; Funke, R .; Gage, D .; Harris, K .; Heaford, A .; Howland, J .; Kann, L .; Lehoczky, J .; Levine, R .; McEwan, P .; McKernan, K .; Meldrim, J .; Mesirov, JP; Miranda, C .; Morris, W .; Naylor, J .; Raymond, C .; Rosetti, M .; Santos, R .; Sheridan, A .; et al. (Febrero de 2001). "Secuenciación inicial y análisis del genoma humano" (PDF) . Naturaleza . 409 (6822): 860–921. Código Bib : 2001Natur.409..860L . doi : 10.1038 / 35057062 . ISSN 0028-0836 . PMID 11237011 .
- ^ "Página de inicio de Sean Eddy" . selab.janelia.org . Archivado desde el original el 4 de diciembre de 2010.
- ^ Eddy, SR (2004). "¿Qué es un modelo de Markov oculto?" . Biotecnología de la naturaleza . 22 (10): 1315-1316. doi : 10.1038 / nbt1004-1315 . PMID 15470472 .
- ^ Eddy, S. (1998). "Perfil de modelos ocultos de Markov" . Bioinformática . 14 (9): 755–763. doi : 10.1093 / bioinformatics / 14.9.755 . PMID 9918945 .
- ^ "Blog de Sean Eddy" . cryptogenomicon.org .
- ^ Eddy, SR (2012). "La paradoja del valor C, ADN basura y ENCODE" . Biología actual . 22 (21): R898 – R899. doi : 10.1016 / j.cub.2012.10.002 . PMID 23137679 .
- ^ Publicaciones de Sean Eddy indexadas por labase de datos bibliográfica Scopus . (requiere suscripción)
- ^ Leer genomas poco a poco - Sean Eddy en YouTube , GenomeTV
- ^ Sean Eddy Keynote OBF BOSC en YouTube , 20 de julio de 2013
- ^ "Sean Eddy CV" (PDF) . selab.janelia.org . Archivado desde el original (PDF) el 2012-03-09.
- ^ Eddy, SR ; Gold, L. (1991). "El intrón del fago T4 nrdB: un mutante de deleción de una versión que se encuentra en la naturaleza" . Genes y desarrollo . 5 (6): 1032–1041. doi : 10.1101 / gad.5.6.1032 . PMID 2044951 .
- ^ Tuerk, C .; Eddy, S .; Parma, D .; Gold, L. (1990). "Operador de traducción autógeno reconocido por la ADN polimerasa del bacteriófago T4". Revista de Biología Molecular . 213 (4): 749–761. doi : 10.1016 / S0022-2836 (05) 80261-X . PMID 2359122 .
- ^ Anon (2007). "Blog de BioMed Central: Sean Eddy gana el premio de acceso abierto" . blogs.openaccesscentral.com . Archivado desde el original el 7 de junio de 2011.