Duplicación segmentaria en el cromosoma Y humano
La duplicación segmentaria son bloques de ADN que varían de 1 a 400 kb de longitud que se repiten en múltiples sitios dentro del genoma, compartiendo más del 90% de similitud. [1] Múltiples estudios han encontrado una correlación entre la ubicación de las duplicaciones segmentarias y las regiones de inestabilidad cromosómica. Esta correlación sugiere que pueden ser mediadores de algunos trastornos genómicos. Se muestra que las duplicaciones segmentarias están flanqueadas en ambos lados por grandes repeticiones homólogas, lo que expone la región a un reordenamiento recurrente por recombinación homóloga no alélica, lo que lleva a la eliminación, duplicación o inversión de la secuencia original. [1]
La catalogación de duplicaciones segmentarias fue originalmente difícil debido a su discreción, gran tamaño y alto grado de similitud de secuencia. Esto condujo a problemas de interpretación de loci separados como una secuencia, ya que estas duplicaciones están sobrerrepresentadas en contigs desordenados y no asignados. Además, estas duplicaciones son más frecuentes en las regiones pericentromérica y subtelomérica. Se pueden hacer BAC que contengan duplicaciones intracromosómicas y su patrón de duplicación se puede caracterizar usando FISH . Se puede hacer una comparación entre los cromosomas que fueron positivos por FISH y la posición cromosómica usando BLAST. [2]Los científicos han intentado mapear la ubicación de estas duplicaciones segmentarias, pero se encuentran con problemas de secuenciación precisa dentro de estas regiones de duplicación. Debido a esto, los científicos comparten el sentimiento de que el ensamblaje exacto del genoma humano es difícil debido a estas duplicaciones segmentarias. [2]
Las regiones del genoma que están flanqueadas por repeticiones representan puntos críticos potenciales de inestabilidad genómica que son propensos a la variación del número de copias . Se ha demostrado que las secuencias duplicadas más grandes y más homólogas conducen a eventos de aneuromía segmentaria más esporádicos. El genoma humano contiene alrededor de 130 regiones, con un total de 274 Mb y el diez por ciento del genoma total, que están flanqueadas por estas duplicaciones intracromosómicas. Los científicos han identificado actualmente que veinticinco de estas regiones están directamente asociadas con algún tipo de trastorno genético. [1]Investigaciones posteriores identificaron cincuenta y una regiones que mostraban inestabilidad genómica en forma de polimorfismos del número de copias. También se observó que estos CNP también prevalecen en diferentes grupos étnicos. Esto permite hacer dos afirmaciones importantes. En primer lugar, es posible que los reordenamientos estructurales sean evolutivamente antiguos y hayan ocurrido antes de la separación de los grupos étnicos. En segundo lugar, también puede ser posible que hayan ocurrido de forma independiente dentro de cada grupo étnico. La investigación también ha encontrado un aumento de duplicaciones segmentarias dentro de las regiones de los CNP que muestran que las duplicaciones son responsables de la variación en el número de copias.Se han hecho hipótesis que sugieren que muchos CNP solo prevalecen dentro del genoma humano debido a la ausencia o presencia de eventos de duplicación segmentaria evolutivamente recientes que no se han fijado del todo dentro de la población humana.[1] Esto muestra que las duplicaciones segmentarias son responsables de definir las ubicaciones de los reordenamientos cromosómicos dentro del genoma humano. Las duplicaciones segmentarias también son a menudo variantes en el número de copias.
La mayoría de las duplicaciones segmentarias humanas tienen menos de 300 kb de longitud, mientras que la investigación ha comenzado a mostrar que otros primates, como el chimpancé, contienen más duplicaciones. Hay una diferencia en el número de copias y el contenido de aproximadamente un tercio de las duplicaciones con al menos un 94 % de identidad compartida. Sin embargo, cuando los niveles de duplicación segmentaria en primates se comparan con otros mamíferos, vemos que los primates en promedio contienen más que el resto del mundo de los mamíferos. [3]
