Las repeticiones de copia baja ( LCR ), también conocidas como duplicaciones segmentarias ( SD ), son elementos de secuencia altamente homólogos dentro del genoma eucariota .
Repite
Por lo general, tienen entre 10 y 300 kb de longitud y tienen una identidad de secuencia superior al 95% . Aunque es raro en la mayoría de los mamíferos, los LCR comprenden una gran parte del genoma humano debido a una expansión significativa durante la evolución de los primates . [1] En los seres humanos, los cromosomas Y y 22 tienen la mayor proporción de DE: 50,4% y 11,9% respectivamente. [2]
La desalineación de los LCR durante la recombinación homóloga no alélica (NAHR) [3] es un mecanismo importante subyacente a los trastornos de microdeleción cromosómica, así como a sus socios de duplicación recíproca. [4] Muchos LCR se concentran en "puntos calientes", como la región 17p11-12, el 27% de los cuales se compone de secuencia LCR. NAHR y unión de extremos no homólogos (NHEJ) dentro de esta región son responsables de una amplia gama de trastornos, incluido el síndrome de Charcot-Marie-Tooth tipo 1A , [5] neuropatía hereditaria con tendencia a parálisis por presión, [5] síndrome de Smith-Magenis , [6] y síndrome de Potocki-Lupski . [3]
Detección
Los dos métodos ampliamente aceptados para la detección de SD son la comparación de ensamblaje de genoma completo (WGAC) y la detección de secuencia de escopeta de genoma completo (WSSD). [7]
Ver también
Referencias
- ^ Johnson, YO (2008). Gen de primates y evolución del genoma impulsada por la duplicación segmentaria del cromosoma 16 (PDF) (Ph.D.). Universidad Case Western Reserve .
- ^ Bailey, Jeffrey A .; Eichler, EE (2006). "Duplicaciones segmentarias de primates: crisoles de evolución, diversidad y enfermedad". Nature Reviews Genética . 7 (7): 552–64. doi : 10.1038 / nrg1895 . PMID 16770338 .
- ^ a b Zhang, F; Potocki, L; Sampson, JB; Liu, P; Sánchez-Valle, A; Robbins-Furman, P; Navarro, AD; Wheeler, PG; Spence, JE; Brasington, CK; Withers, MA; Lupski, JR (12 de marzo de 2010). "Identificación de duplicaciones asociadas al síndrome de Potocki-Lupski recurrentes poco frecuentes y la distribución de tipos y mecanismos de reordenamiento en PTLS" (PDF) . Revista Estadounidense de Genética Humana . 86 (3): 462–70. doi : 10.1016 / j.ajhg.2010.02.001 . PMC 2833368 . PMID 20188345 .[ enlace muerto permanente ]
- ^ Shaikh, TH; Kurahashi, H; Saitta, SC; O'Hare, AM; Hu, P; Roe, BA; Driscoll, DA; McDonald-McGinn, DM; Zackai, EH; Budarf, ML; Emanuel, BS (1 de marzo de 2000). "Repeticiones de copia baja específicas del cromosoma 22 y el síndrome de deleción 22q11.2: análisis de punto final de eliminación y organización genómica" . Genética molecular humana . 9 (4): 489–501. doi : 10.1093 / hmg / 9.4.489 . PMID 10699172 .
- ^ a b Inoue, K; Dewar, K; Katsanis, N; Reiter, LT; Lander, ES; Devon, KL; Wyman, DW; Lupski, JR; Birren, B (junio de 2001). "La región genómica de duplicación CMT1A / deleción de HNPP de 1,4 Mb revela características arquitectónicas únicas del genoma y proporciona información sobre la evolución reciente de nuevos genes" . Investigación del genoma . 11 (6): 1018–33. doi : 10.1101 / gr.180401 . PMC 311111 . PMID 11381029 .
- ^ Shaw, CJ; Withers, MA; Lupski, JR (julio de 2004). "Las deleciones poco comunes de la región del síndrome de Smith-Magenis pueden ser recurrentes cuando las repeticiones alternas de baja copia actúan como sustratos de recombinación homóloga" . Revista Estadounidense de Genética Humana . 75 (1): 75–81. doi : 10.1086 / 422016 . PMC 1182010 . PMID 15148657 .
- ^ Detección de duplicaciones segmentarias en todo el genoma