Aylmer era parte de la antigua comunidad inglesa de The Pale , que en gran parte siguió siendo católica romana . Tras la conquista cromwelliana de Irlanda , su familia se había visto privada de sus propiedades, pero las recuperaron tras la Restauración y en 1662 Aylmer fue nombrado baronet .
Se casó con Margaret Plunkett, hija de Matthew Plunkett, quinto barón Louth y Mary Fitzwilliam. Fue el padre de los oficiales navales Matthew Aylmer , quien se convirtió en un distinguido almirante, y George Aylmer , quien alcanzó el rango de Capitán antes de ser asesinado en la Batalla de Bantry Bay en 1689. A través de Matthew, Sir Christopher fue el antepasado de los Aylmer Barons . Su hijo mayor, Sir Gerald Aylmer, segundo baronet , lo sucedió en el cargo de baronet.