Stone es una historia sobre un criminal, Ae, que vive en una sociedad utópica , la 't'T', que se extiende por una región del espacio donde la densidad de objetos interestelares es lo suficientemente baja como para permitir el viaje más rápido que la luz. . Esta sociedad utiliza mucho la nanotecnología , aquí llamada 'Dot-tech'. Uno de los usos principales de Dot-tech es mantener la salud y la seguridad de las personas, lo que permite a los ciudadanos del t'T sobrevivir en condiciones extremas y hacerlos extremadamente difíciles de matar.
Debido a la presencia omnipresente de la nanotecnología avanzada, la t'T se ha convertido en una especie de sociedad posterior a la escasez , donde los caprichos de todos los ciudadanos pueden satisfacerse fácilmente. El crimen también es prácticamente inexistente, ya que todos los ciudadanos son examinados para detectar anomalías psicológicas y Dot-tech satisface las necesidades de todos. Las pocas fuerzas policiales que quedan aparentemente pasan más tiempo investigando actividades estelares inusuales que crímenes reales.
Ae ha sido encarcelado por un crimen que rara vez se comete en la sociedad en la que vive: asesinato (principalmente debido a la dificultad de matar un cuerpo protegido por nanotecnología). Lo colocan en una prisión de alta tecnología (una piedra con un entorno artificial en el interior retenida en el plasma de un sol). Es "ejecutado" al purgar su Dot-tech de su cuerpo, lo que, aunque no es letal de inmediato, eventualmente lo hará morir por causas naturales.
Lo sacan y lo recoge una nave subluz, donde se recupera antes de seguir adelante, empleado por una agencia misteriosa. Durante la fuga, se le implanta una inteligencia artificial que transmite sus instrucciones. La IA revela que Ae debe matar a un planeta entero, pero no explica quién ordenó el asesinato ni el motivo para hacerlo. Todo lo que se le dice a Ae es que la naturaleza de su misión se revelará una vez que se complete.
Ae viaja a un planeta donde aprende el secreto de la creación de agujeros negros. Mientras tanto, conoce y viaja con una mujer llamada Klabier, y forma una especie de conexión romántica con ella (algo poco común en el t'T), hasta que ella se revela como una mujer policía. Sin embargo, Ae escapa antes de que pueda detenerlo.
Ae usa la tecnología de agujeros negros robada para destruir la atmósfera de su planeta objetivo, acabando con sus 60 millones de habitantes. Al completar el asesinato, sus directores se revelan como una inteligencia que se distribuye por todo Dot-tech. La conexión involucra formas de onda cuánticas, que los humanos colapsan cada vez que usan la tecnología Dot, lo que inhibe su poder de procesamiento. Dot-tech limpió el planeta de sus habitantes humanos para crear un espacio donde puedan operar sin obstáculos (era necesario usar un humano no aumentado para esta tarea, ya que la programación inherente de Dot-tech aparentemente les impide llevar a cabo la operación ellos mismos).