Esta lista de software de comparación y alineación estructural es una compilación de herramientas de software y portales web utilizados en comparación estructural y alineación estructural por pares o múltiples .
Comparación y alineación estructural
NOMBRE | Descripción | Clase | Tipo | Flexible | Enlace | Autor | Año |
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MAMUT | MA Tching M MOLECULAR M odelos O btained de T heory | Cα | Par | No | descarga del servidor | CEM Strauss y AR Ortiz | 2002 |
CE | C ombinatorial E xtension | Cα | Par | No | servidor | I. Shindyalov | 2000 |
CE-MC | C ombinatorial E xtension- M onte C arlo | Cα | Multi | No | servidor | C. Guda | 2004 |
DaliLite | D istance Matrix Ali gnment | C-Mapa | Par | No | servidor y descarga | L. Holm | 1993 |
Alinear TM | TM- estructura de la proteína basada puntuación align ción | Cα | Par | nulo | servidor y descarga | Y. Zhang y J. Skolnick | 2005 |
alineación mTM | Alineación de múltiples estructuras de proteínas basada en TM-align | Cα | Multi | No | servidor y descarga | R. Dong, Z. Peng, Y. Zhang y J. Yang | 2018 |
VASTO | V ector A lignment S earch T ool | SSE | Par | nulo | servidor | S. Bryant | 1996 |
Prisma | Pr Otein I nformatics S ISTEMAS para M odeling | SSE | Multi | nulo | servidor | B. Honig | 2000 |
MOE | M MOLECULAR O TR ABAJO E mbiente. Amplia plataforma para el modelado de estructuras de proteínas y ligandos de proteínas. | Cα, AllA, Seq | Multi | No | sitio | Grupo de Computación Química | 2000 |
SSAP | S equential S tructure A lignment P rograma | SSE | Multi | No | servidor | C. Orengo y W. Taylor | 1989 |
SARF2 | S patial AR rangements de Backbone F ragments | SSE | Par | nulo | servidor | N. Alexandrov | 1996 |
KENOBI / K2 | N / A | SSE | Par | nulo | servidor | Z. Weng | 2000 |
SELLO | ST ructural A lignment de M ultiple P roteins | Cα | Multi | No | servidor de descargas | R. Russell y G. Barton | 1992 |
MASA | M ultiple A lignment por S econdary S tructure | SSE | Multi | No | servidor | O. Dror y H. Wolfson | 2003 |
SCALI | S ESTRUCTURALES C mineral de ALI gnment de proteínas | Seq / C-Map | Par | nulo | descarga del servidor | X. Yuan y C. Bystroff | 2004 |
DEJA VU | N / A | SSE | Par | nulo | servidor | GJ. Kleywegt | 1997 |
SSM | S econdary S tructure M atching | SSE | Multi | nulo | servidor | E. Krissinel | 2003 |
SHEBA | S ESTRUCTURALES H omology por E nvironment- B asándose A lignment | Seq | Par | nulo | servidor | J Jung y B Lee | 2000 |
LGA [1] | L ocal- G lobal Un lignment y Global Test Distancia (GDT-TS) medida de la estructura de similitud | Cα, AllA, cualquier átomo | Par | nulo | servidor y descarga | A. Zemla | 2003 |
POSA | P artial O rder S tructure A lignment | Cα | Multi | sí | servidor | Y. Ye y A. Godzik | 2005 |
PyMOL | El comando "super" hace una alineación 3D independiente de la secuencia | Proteína | Híbrido | No | sitio | WL DeLano | 2007 |
GATO GORDO | F Estructura lexible A lignmen T por C haining A pares Fragmento Permitir ligned T wists | Cα | Par | sí | servidor | Y. Ye y A. Godzik | 2003 |
desconstruir | Búsqueda de bases de datos a nivel de subestructura y alineación por pares. | SSE | Multi | No | servidor | Z H. Zhang y col. | 2010 |
Matras | MA rkovian TRA nsition de proteína S tructure | Cα y SSE | Par | nulo | servidor | K. Nishikawa | 2000 |
MAMMOTH-mult | Alineación de estructuras múltiples basada en MAMMOTH | Cα | Multi | No | servidor | D. Lupyan | 2005 |
Protein3Dfit | N / A | C-Mapa | Par | nulo | servidor | D. Schomburg | 1994 |
ORGULLO | Posibilidad de relaciones públicas de la entidad IDE | Cα | Par | nulo | servidor | S. Pongor | 2002 |
RÁPIDO | F AST A lignment y S earch T ool | Cα | Par | nulo | servidor | J. Zhu | 2004 |
C-BOP | C oordinate- B asándose O rganización de P roteins | N / A | Multi | nulo | servidor | E. Sandelin | 2005 |
Lucro | Pro tein mínimos cuadrados Fit ting | Cα | Multi | nulo | servidor | ACR. Martín | 1996 |
TOPOFIT | Alineación como superposición de volúmenes comunes en un punto topomax | Cα | Par | nulo | servidor | VIRGINIA. Ilyin | 2004 |
MUSTANGO | MU ltiple ST ructural A lig N ment Al G orithm | Mapa Cα y C | Multi | nulo | descargar | AS Konagurthu et al. | 2006 |
URMS | U nit-vector RMSD | Cα | Par | nulo | servidor | K. Kedem | 2003 |
CERRAR CON LLAVE | Superposición jerárquica de estructuras de proteínas | SSE | Par | No | N / A | AP. Singh | 1997 |
BLOQUEO 2 | Mejoras sobre LOCK | SSE | Par | No | descargar | J. Shapiro | 2003 |
CBA | C OHERENCIA B asándose A lignment | SSE | Multi | nulo | descargar | J. Ebert | 2006 |
TetraDA | Tetra Hedral D ecomposition Un lignment | SSE | Multi | sí | N / A | J. Roach | 2005 |
CORREA | STR UCTURA basado A lignment P rograma | Cα | Multi | nulo | servidor | C. Gille | 2006 |
LOVOALIGN | L ow O rder V Región práctica O métodos ptimization para Estructural Align ment | Cα | Par | nulo | servidor | Andreani y col. | 2006 |
GANGSTA | G Enetic A lgorithm para N on-secuencial, G Apped proteína ST ructure A lignment | SSE / C-Map | Par | No | servidor | B. Kolbeck | 2006 |
GANGSTA + | Algoritmo combinatorio para alineación estructural no secuencial y con huecos | SSE / C-Map | Par | No | servidor | A. Guerler y EW Knapp | 2008 |
MatAlign [2] | Estructura de Proteína de comparación por Mat RIX Alinear ción | C-Mapa | Par | nulo | sitio | Z. Aung y KL Tan | 2006 |
Vorolign | Alineación rápida de estructuras mediante contactos Voronoi | C-Mapa | Multi | sí | servidor | F. Birzele y col. | 2006 |
EXPRESSO | Alineación estructural múltiple rápida usando T-Coffee y Sap | Cα | Multi | nulo | sitio | C. Notredame y col. | 2007 |
CAALIGN | Alinear Cα | Cα | Multi | nulo | sitio | TJ Oldfield | 2007 |
YAKUSA | Coordenadas internas y algoritmo de tipo BLAST | Cα | Par | nulo | sitio | M. Carpentier y col. | 2005 |
BLOMAPS | Alineaciones alfabéticas basadas en conformación | Cα | Multi | nulo | servidor | WM. Zheng y S. Wang | 2008 |
CLEPAPS | Alineaciones alfabéticas basadas en conformación | Cα | Par | nulo | servidor | WM. Zheng y S. Wang | 2008 |
TALI F | T orsion ángulo ALI gnment | Cα | Par | No | N / A | X. Mioa | 2006 |
MolCom | N / A | Geometría | Multi | nulo | N / A | SD O'Hearn | 2003 |
MALECON | N / A | Geometría | Multi | nulo | N / A | S. Wodak | 2004 |
FlexProt | Flex alineación ble de Prot Estructuras ein | Cα | Par | sí | servidor | M. Shatsky y H. Wolfson | 2002 |
MultiProt | Multi PLE Alineación de Prot Estructuras ein | Geometría | Multi | No | servidor | M. Shatsky y H. Wolfson | 2004 |
CTSS | Alineación de la estructura de proteínas mediante características geométricas locales | Geometría | Par | nulo | sitio | T. Can | 2004 |
CURVA | N / A | Geometría | Multi | No | sitio | D. Zhi | 2006 |
Mate | M ultiple A lignment con T ranslations y T wists | Cα | Multi | sí | descarga del servidor | M. Menke | 2008 |
TopMatch [3] | Alineación de la estructura de proteínas y visualización de similitudes estructurales; alineación de complejos multiproteicos | Cα | Par | No | descarga del servidor | M. Sippl y M. Wiederstein | 2012 |
SSGS | S econdary S tructure G uided S uperimposition | California | Par | No | sitio | G. Wainreb y col. | 2006 |
Matchprot | Comparación de estructuras de proteínas mediante alineamientos de vecindad en crecimiento | Cα | Par | No | servidor | S. Bhattacharya y col. | 2007 |
Quimera UCSF | consulte la herramienta MatchMaker y el comando "Matchmaker" | Seq y SSE | Multi | No | sitio | E. Meng y col. | 2006 |
DESTELLO | F ast un L ignment A lgorithm para hallazgo S ESTRUCTURALES H omology de proteínas | SSE | Par | No | N / A | ESC Shih y MJ Hwang | 2003 |
RAPIDO | R apid A lignment de P estructuras rotein I n la presencia de D omain m O vimientos | Cα | Par | sí | servidor | R. Mosca y TR Schneider | 2008 |
ComSubstruct | Alineación estructural basada en codificación geométrica diferencial | Geometría | Par | sí | sitio | N. Morikawa | 2008 |
ProCKSI | Pro tein (estructura) C omparaci ó n, K ONOCIMIENTO, S imilarity y I nformación | Otro | Par | No | sitio | D. Barthel y col. | 2007 |
SARST | S tructure similitud buscar un ided por R amachandran S equential T ransformación | Cα | Par | nulo | sitio | WC. Lo et al. | 2007 |
Fr-TM-align | Fr agment- TM -score estructura de proteínas basado align ment | Cα | Par | No | sitio | SB Pandit y J. Skolnick | 2008 |
TOPS + COMPARACIÓN | Comparación de modelos topológicos de estructuras proteicas mejoradas con información de ligandos | Topología | Par | sí | servidor | M. Veeramalai y D. Gilbert | 2008 |
TOPS ++ FATCAT | F Estructura lexible A lignmen T por C haining A ligned pares Fragmento Permitir T wists deriva de TOPS + Cadena de modelos | Cα | Par | sí | servidor | M. Veeramalai y col. | 2008 |
MolLoc | Mol ecular Loc al superficie de alineación | Navegar | Par | No | servidor | ME Bock y col. | 2007 |
FASE | F lexible Un lignment de S Estructura econdary E LEMENTOS | SSE | Par | sí | N / A | J. Vesterstrom y WR Taylor | 2006 |
SABERTOOTH | Alineamiento estructural de proteínas basado en una representación de estructura vectorial | Cα | Par | sí | servidor | F. Teichert y col. | 2007 |
STON | N / A | Cα | Par | No | sitio | C. Eslahchi y col. | 2009 |
SALIGN | Método híbrido de secuencia-estructura | Seq | Multi | No | sitio | MS Madhusudhan y col. | 2007 |
PARES MAX | N / A | Cα | Par | No | sitio | A. Poleksic | 2009 |
TESEO | Superposición de máxima verosimilitud | Cα | Multi | No | sitio | DL Theobald y DS Wuttke | 2006 |
TABLEAUSearch | Búsqueda y recuperación de estructuras mediante una representación de Tableau de patrones de plegamiento de proteínas | SSE | Par | No | servidor | AS Konagurthu et al. | 2008 |
Búsqueda de QP Tableau | Búsqueda de subestructura de proteínas basada en Tableau mediante programación cuadrática | SSE | Par | No | servidor de descargas | A. Stivala y col. | 2009 |
ProSMoS | Pro tein S tructure Mo tif S earch | SSE | Par | No | descarga del servidor | S. Shi y col. | 2007 |
MISTRAL | Alineación estructural múltiple de proteínas basada en energía | Cα | Multi | No | servidor | C. Micheletti y H. Orland | 2009 |
MSVNS para MaxCMO | Una heurística simple y rápida para comparar la estructura de las proteínas | C-Mapa | Par | No | sitio | D. Pelta y col. | 2008 |
Estructural | Minimización de la desviación de la media cuadrática de mínimos cuadrados mediante programación dinámica | Cα | Par | No | descarga del servidor | Gerstein y Levitt | 2005 |
ProBiS [4] | La detección de una estructura similar Pro tein Bi hallazgo S ITES por local alineación estructural | Navegar | Par | sí | descarga del servidor | J. Konc y D. Janezic | 2010 |
ALADYN | Dyn basado en amics Al ignment: la superposición de las proteínas, haciendo coincidir sus movimientos colectivos | Cα | Par | No | servidor | Potestio y col. | 2010 |
SWAPSC | S LIDING W indow A nálisis P ROCEDIMIENTO para detección S electiva C onstraints para el análisis de los datos genéticos estructurados para un árbol de la familia o filogenético utilizando restricciones en la codificación de proteínas secuencia de alineaciones. | Seq | Multi | sí | Servidor | Tarifas de Mario A. | 2004 |
Búsqueda de Tableau de SA | Búsqueda de subestructura de proteínas rápida y precisa con recocido simulado y GPU | SSE | Par | No | servidor de descargas | A. Stivala y col. | 2010 |
Herramienta de comparación de proteínas RCSB PDB | Proporciona CE, FATCAT, variación CE para permutaciones circulares , alineaciones de secuencia | Cα | Par | sí | descarga del servidor | A. Prlic y col. | 2010 |
RSE | Motivo 3D máximo común; no paramétrico; salidas de correspondencia por pares; funciona también en moléculas pequeñas | SSE o Cα | Par | No | descarga del servidor | M. Petitjean | 1998 |
EpitopeMatch | combinación de estructuras discontinuas; consideración de ajuste inducido; definición flexible de especificidad geométrica y fisicoquímica; trasplante de arreglos espaciales similares de residuos de aminoácidos | Cα-AllA | Multi | sí | descargar | S. Jakuschev | 2011 |
HACER CLIC | Comparación de estructuras 3D independientes de la topología | SSE y Cα y SASA | Par | sí | servidor | M. Nguyen | 2011 |
Smolign | S patial mo tifs proteínas a base estructural de un lign ción | SSE y C-Map | Multi | sí | descargar | H. Sol | 2010 |
Explosión 3D | Comparación de densidad de forma tridimensional | Densidad | Par | No | servidor | L. Mavridis y col . Alabama. | 2011 |
DEDAL | DE scriptor D efined AL ignment | SSE y Cα y C-Map | Par | sí | servidor | P. Daniluk y B. Lesyng | 2011 |
msTALI | m ultiple sT ructure ALI gnment | Cα & Dihed & SSE & Surf | Multi | sí | servidor | P. Shealy y H. Valafar | 2012 |
mulPBA | mul tiple PB secuencia de alineación | PB | Multi | sí | N / A | AP Joseph et. Alabama. | 2012 |
SAS-Pro | S imiltaneous A lignment y S uperimposition de PRO teins | ??? | Par | sí | servidor | Shah y Sahinidis | 2012 |
MIRAGE-alinear | M Atch I método de alineación estructural basada NDICE | SSE y PPE | Par | No | sitio web | K. Hung et. Alabama. | 2012 |
SPalign | S tructure P Airwise align ment | Cα | Par | No | descarga del servidor | Y. Yang et.al. | 2012 |
Kpax [5] | Alineaciones rápidas por pares o múltiples mediante superposición gaussiana | Otro | Par | sí | sitio web | DW Ritchie | 2016 |
DeepAlign [6] | Alineación de la estructura de la proteína más allá de la proximidad espacial (se tienen en cuenta la información evolutiva y los enlaces de hidrógeno) | Cα + Seq | Par | No | servidor de descargas | S. Wang y J. Xu | 2013 |
3DCOMB [7] | extensión de DeepAlign | Cα | Multi | No | servidor de descargas | S. Wang y J. Xu | 2012 |
TS-AMIR [8] | Un método de alineación de cadenas de topología para una comparación rápida e intensiva de estructuras de proteínas | SSE y Cα | Par | No | N / A | J. Razmara y col . Alabama. | 2012 |
MICAN [9] | MICAN puede manejar M ultiple cadenas, I nverse alineaciones, C sólo modelos α, A alineaciones LTERNATIVA, y N alineaciones en-secuencial | Cα | Par | No | descargar | S.Minami et. Alabama. | 2013 |
SPalignNS [10] | S tructure P Airwise align ment N situ S equential | Cα | Par | No | descarga del servidor | P. Brown y col. | 2015 |
Fit3D [11] | detección de alta precisión para pequeños motivos estructurales con definición de intercambios específicos de posición, detección de ocurrencias intra e intermoleculares, definición de átomos arbitrarios utilizados para la alineación de motivos | TodoA, Cα | Multi | No | descarga del servidor | F. Kaiser y col. | 2015 |
MMLigner [12] | Inferencia estadística bayesiana de alineamientos basada en la teoría de la información y la compresión. | Cα | Par | sí | descarga del servidor | J. Collier y col. | 2017 |
Mapa clave:
- Clase :
- Cα - Alineación del átomo de la columna vertebral (Cα);
- AllA - Alineación de todos los átomos;
- SSE - Alineación de elementos de estructura secundaria;
- Seq : alineación basada en secuencia
- Par - Alineación por pares (2 estructuras * solo *);
- Multi - Estructura de alineación múltiple (MSTA);
- C-Map - Mapa de contacto
- Surf - Alineación de superficies moleculares de Connolly
- SASA - Superficie accesible a disolventes
- Dihed - Ángulos de la columna vertebral diedro
- PB - Bloques de proteínas
- Flexible :
- No : solo se consideran las transformaciones de cuerpo rígido entre las estructuras que se comparan.
- Sí : el método permite cierta flexibilidad dentro de las estructuras que se comparan, como los movimientos alrededor de las regiones de bisagra.
Referencias
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