PyMOL

PyMOL es un sistema de visualización molecular de código abierto creado por Warren Lyford DeLano . Fue comercializado inicialmente por DeLano Scientific LLC, que era una empresa de software privada dedicada a crear herramientas útiles que se vuelven universalmente accesibles para las comunidades científicas y educativas. En la actualidad se comercializa por Schrödinger, Inc . PyMOL puede producir imágenes 3D de alta calidad de moléculas pequeñas y macromoléculas biológicas , como proteínas . Según el autor original, en 2009, casi una cuarta parte de todas las imágenes publicadas de estructuras de proteínas 3D en la literatura científica se hicieron utilizando PyMOL. ^{[ cita requerida ]}

PyMOL

Una instancia de PyMOL, con el Visor y la GUI visibles.
Autor (es) original (es)	Warren Lyford DeLano
Desarrollador (es)	Schrödinger, Inc.
Versión inicial	2000 ; Hace 21 años ( 2000 )
Lanzamiento estable	2.4.0 [1] / 20 de mayo de 2020 ; Hace 12 meses ( 20-05-2020 )
Repositorio	github .com / schrodinger / pymol-open-source
Escrito en	C , C ++ , Python
Sistema operativo	Cruz-plataforma : macOS , Unix , Linux , de Windows
Plataforma	IA-32 , x86-64
Disponible en	inglés
Tipo	Modelado molecular
Licencia	Python [2]
Sitio web	pymol .org / 2 /

PyMOL es una de las pocas herramientas de visualización de modelos de código abierto disponibles para su uso en biología estructural . La parte Py del nombre del software se refiere a que el programa ha sido escrito en el lenguaje de programación Python .

PyMOL usa OpenGL Extension Wrangler Library (GLEW) y FreeGLUT , y puede resolver ecuaciones de Poisson-Boltzmann usando Adaptive Poisson Boltzmann Solver. ^[3] PyMOL usó Tk para los widgets GUI y tenía binarios Aqua nativos para macOS a través de Schrödinger , que fueron reemplazados por una interfaz de usuario PyQt en todas las plataformas con el lanzamiento de la versión 2.0. ^[4]

Historia y comercialización

Las primeras versiones de PyMol se lanzaron bajo la licencia de Python . El 1 de agosto de 2006, DeLano Scientific adoptó un sistema de descarga de acceso controlado para compilaciones PyMOL precompiladas (incluidas las versiones beta) distribuidas por la empresa. El acceso a estos ejecutables ahora está limitado a usuarios registrados que son clientes de pago; Las construcciones educativas están disponibles de forma gratuita para estudiantes y profesores. Sin embargo, la mayor parte del código fuente actual sigue estando disponible de forma gratuita, al igual que las versiones anteriores precompiladas. Si bien los sistemas de compilación para otras plataformas están abiertos, el sistema de compilación de la API de Windows (WinAPI, Win32) no lo está, aunque los binarios de Windows no oficiales están disponibles en línea. ^[5] Cualquiera puede compilar un ejecutable a partir del código fuente con licencia de Python o pagar una suscripción a los servicios de soporte para obtener acceso a los ejecutables precompilados.

El 8 de enero de 2010, Schrödinger, Inc. llegó a un acuerdo para adquirir PyMOL. La empresa asumió el desarrollo, el mantenimiento, el soporte y las ventas de PyMOL, incluidas todas las suscripciones válidas en ese momento. También continúan apoyando activamente a la comunidad de código abierto PyMOL. En 2017, Schrödinger renovó el sistema de distribución para unificar la interfaz de usuario en Qt y la administración de paquetes en Anaconda , y lo lanzó como PyMol v2. ^[4] Esta versión restringe algunas funcionalidades nuevas y agrega una marca de agua a la visualización si se usa sin licencia más allá del período de prueba de 30 días; la política general de licencias es similar a la del sistema DeLano. El código fuente sigue estando disponible en su mayor parte, esta vez bajo una licencia similar a BSD. ^[6] Al igual que con la distribución anterior, se encuentran disponibles binarios de Windows no oficiales en el formato de rueda , ^[5] y de hecho las distribuciones de Linux continúan proporcionando sus propias compilaciones del código de fuente abierta.

Galería

• "> Reproducir medios

  Ejemplo de algunas características de edición de moléculas de PyMOL, rotación de enlaces diedros y relajación molecular interactiva con el modo de escultura . Estas son características útiles para preparar la geometría de entrada para el software de química cuántica.