La masacre de la iglesia de Suai ocurrió el 6 de septiembre de 1999, en Suai , distrito de Cova Lima, en el suroeste de Timor Oriental , dos días después de que se anunciaran los resultados del referéndum de independencia .
Según el informe de la Comisión Internacional de Investigación sobre Timor Oriental al Secretario General de las Naciones Unidas , varios cientos de personas habían buscado refugio en la iglesia Ave Maria de los ataques de la milicia proindonesia Laksaur en la ciudad. Luego, la milicia, con el apoyo de los militares de Indonesia , mató hasta 200 personas. Se identificaron veintiséis cuerpos que habían sido enterrados al otro lado de la frontera en Timor Occidental , pero los testigos presenciales afirman que muchos más fueron asesinados.
Cinco funcionarios indonesios , el teniente coronel Liliek Kusardiyanto , el capitán Ahmad Syamsudin , el teniente Sugito, el coronel de policía Gatot Subiaktoro y el jefe de distrito Herman Sedyono, fueron juzgados en Indonesia por estos delitos pero fueron absueltos. La ONU los nombró a ellos y a otros once hombres en una acusación presentada por la Unidad de Crímenes Graves de la ONU en Dili , acusándolos de 27 cargos de crímenes de lesa humanidad , incluidos asesinato, exterminio, desaparición forzada , tortura y deportación.