El lenguaje de marcado de biología de sistemas ( SBML ) es un formato de representación, basado en XML , para comunicar y almacenar modelos computacionales de procesos biológicos. [1] Es un estándar abierto y gratuito con un amplio soporte de software y una comunidad de usuarios y desarrolladores. SBML puede representar muchas clases diferentes de fenómenos biológicos , incluidas las redes metabólicas , las vías de señalización celular, las redes reguladoras , las enfermedades infecciosas y muchas otras. [2] [3] [4]Se ha propuesto como un estándar para representar modelos computacionales en biología de sistemas en la actualidad. [4]
A finales del año 1999 hasta principios del 2000, con fondos de la Corporación Japonesa de Ciencia y Tecnología (JST), Hiroaki Kitano y John C. Doyle reunieron un pequeño equipo de investigadores para trabajar en el desarrollo de una mejor infraestructura de software para el modelado computacional en biología de sistemas . Hamid Bolouri era el líder del equipo de desarrollo, que estaba formado por Andrew Finney, Herbert Sauro y Michael Hucka. [5] Bolouri identificó la necesidad de un marco para permitir la interoperabilidad y el intercambio entre los diferentes sistemas de software de simulación para la biología que existían a fines de la década de 1990, y organizó un taller informal en diciembre de 1999 en el Instituto de Tecnología de California.para discutir el asunto. A ese taller asistieron los grupos responsables del desarrollo de DBSolve, E-Cell, Gepasi, Jarnac, StochSim y The Virtual Cell. Por separado, a principios de 1999, algunos miembros de estos grupos también habían discutido la creación de un formato de archivo portátil para modelos de redes metabólicas en el grupo BioThermoKinetics (BTK). [6] [7] Los mismos grupos que asistieron al primer taller de Caltech se reunieron nuevamente del 28 al 29 de abril de 2000, en la primera de una serie de reuniones recientemente creada llamada Taller sobre plataformas de software para biología de sistemas . [8] Quedó claro durante el segundo taller que un formato de representación modelo comúnera necesario para permitir el intercambio de modelos entre herramientas de software como parte de cualquier marco de interoperabilidad funcional, y los asistentes al taller decidieron que el formato debería estar codificado en XML .
El equipo de Caltech ERATO desarrolló una propuesta para este formato basado en XML y distribuyó el borrador de la definición a los asistentes al 2do Taller sobre Plataformas de Software para Biología de Sistemas en agosto de 2000. Este borrador se sometió a una extensa discusión sobre listas de correo y durante el 2do Taller sobre Software. Platforms for Systems Biology, [9] celebrado en Tokio , Japón, en noviembre de 2000 como un taller satélite de la conferencia ICSB 2000. Después de más revisiones, discusiones e implementaciones de software, el equipo de Caltech emitió una especificación para SBML Nivel 1, Versión 1 en marzo de 2001.
SBML Level 2 se concibió en el quinto taller sobre plataformas de software para biología de sistemas, celebrado en julio de 2002 en la Universidad de Hertfordshire , Reino Unido. [10] En ese momento, había muchas más personas involucradas que el grupo original de colaboradores de SBML y la evolución continua de SBML se convirtió en un esfuerzo de la comunidad más grande, con muchas herramientas nuevas mejoradas para admitir SBML. Los participantes del taller en 2002 decidieron colectivamente revisar la forma de SBML en el Nivel 2. El primer borrador de la especificación del Nivel 2 Versión 1 se publicó en agosto de 2002, y el conjunto final de características se finalizó en mayo de 2003 en el Séptimo Taller de Software. Plataformas para biología de sistemas en Ft. Lauderdale , Florida.
La siguiente iteración de SBML tomó dos años en parte porque los desarrolladores de software solicitaron tiempo para absorber y comprender el SBML Nivel 2, más grande y complejo. El descubrimiento inevitable de limitaciones y errores llevó al desarrollo de SBML Nivel 2 Versión 2, publicado en septiembre de 2006 Para entonces, el equipo de editores de SBML (que concilian las propuestas de cambios y redactan un documento de especificación final coherente) había cambiado y ahora estaba formado por Andrew Finney, Michael Hucka y Nicolas Le Novère.