T-Coffee ( Función de objetivo de consistencia basada en árboles para la evaluación de la alineación ) es un software de alineación de secuencias múltiples que utiliza un enfoque progresivo. [1] Genera una biblioteca de alineaciones por pares para guiar la alineación de secuencias múltiples. También puede combinar múltiples alineaciones de secuencias obtenidas previamente y en las últimas versiones puede usar información estructural de archivos PDB (3D-Coffee). Posee funcionalidades avanzadas para evaluar la calidad de los alineamientos y cierta capacidad para identificar ocurrencia de motivos (Mocca). Produce alineación en el formato aln ( Clustal ) por defecto, pero también puede producir formato PIR, MSF y FASTA. Se admiten los formatos de entrada más comunes ( FASTA , PIR ).
Si bien la salida predeterminada es un formato similar a Clustal, es lo suficientemente diferente de la salida de ClustalW/X que muchos programas que admiten el formato Clustal no pueden leerlo; afortunadamente, ClustalX puede importar la salida de T-Coffee, por lo que la solución más simple para este problema suele ser importar la salida de T-Coffee a ClustalX y luego volver a exportarla. Otra posibilidad es solicitar el formato de salida Clustalw estricto con la opción " -output=clustalw_aln".
Una especificidad importante de T-Coffee es su capacidad para combinar diferentes métodos y diferentes tipos de datos. En su última versión, T-Coffee se puede utilizar para combinar secuencias y estructuras de proteínas, secuencias y estructuras de ARN. También puede ejecutar y combinar la salida de los paquetes de alineación de estructuras y secuencias más comunes. Para obtener una lista completa, consulte: tclinkdb.txt
T-Coffee viene con una sofisticada utilidad de reformateo de secuencias llamada seq_reformat. Una documentación extensa está disponible en t_coffee_technical.htm junto con un tutorial t_coffee_tutorial.htm