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El Protein Information Resource ( PIR ), ubicado en el Centro Médico de la Universidad de Georgetown , es un recurso bioinformático público integrado para respaldar la investigación genómica y proteómica y los estudios científicos. Contiene bases de datos de secuencias de proteínas [1] [2] [3] [4] [5] [6] [7]

Historia

PIR fue establecido en 1984 por la National Biomedical Research Foundation como un recurso para ayudar a los investigadores y clientes en la identificación e interpretación de la información de la secuencia de proteínas . Antes de eso, la fundación compiló la primera colección completa de secuencias macromoleculares en el Atlas of Protein Sequence and Structure, publicado de 1964 a 1974 bajo la dirección de Margaret Dayhoff . Dayhoff y su grupo de investigación fueron pioneros en el desarrollo de métodos informáticos para la comparación de secuencias de proteínas, para la detección de secuencias distantes y duplicaciones dentro de secuencias, y para la inferencia de historias evolutivas a partir de alineamientos de secuencias de proteínas. [8]

Winona Barker y Robert Ledley asumieron el liderazgo del proyecto después de la muerte de Dayhoff en 1983. En 1999, Cathy H. Wu se unió a la National Biomedical Research Foundation, y más tarde al Georgetown University Medical Center, para dirigir los esfuerzos de bioinformática de PIR, y ha se desempeñó primero como Investigador Principal y, desde 2001, como Director. [ cita requerida ]

Durante cuatro décadas, PIR ha proporcionado muchas bases de datos de proteínas y herramientas de análisis de libre acceso para la comunidad científica, incluida la base de datos de secuencias de proteínas, la primera base de datos internacional (ver PIR-International), que surgió de Atlas of Protein Sequences and Structure. [ cita requerida ]

En 2002, PIR, junto con sus socios internacionales, el Instituto Europeo de Bioinformática y el Instituto Suizo de Bioinformática , recibieron una subvención de los NIH para crear UniProt , una única base de datos mundial de secuencia y función de proteínas, unificando el Recurso de información de proteínas-Proteína Sequence Database, Swiss-Prot y bases de datos TrEMBL . A partir de 2010 , PIR ofrece una amplia variedad de recursos orientados principalmente a ayudar a la propagación y estandarización de la anotación de proteínas: PIRSF, [9] iProClass e iProLINK.

Protein Ontology es otra base de datos popular publicada por Protein Information Resource. [10] [11]

Referencias

  1. ^ http://pir.georgetown.edu/ Archivado el 12 de marzo de 2014 en elsitio web oficial de Wayback Machine de PIR en la Universidad de Georgetown.
  2. ^ Wu, Cathy; Nebert, Daniel W. (2004). "Actualización sobre la finalización del genoma y anotaciones: recurso de información de proteínas" . Genómica humana . 1 (3): 229–33. doi : 10.1186 / 1479-7364-1-3-229 . PMC  3525084 . PMID  15588483 .
  3. ^ Wu, CH (2003). "El recurso de información de proteínas" . Investigación de ácidos nucleicos . 31 (1): 345–347. doi : 10.1093 / nar / gkg040 . PMC 165487 . PMID 12520019 .  
  4. ^ Wu, CH; Huang, H; Arminski, L; Castro-Alvear, J; Chen, Y; Hu, ZZ; Ledley, RS; Lewis, KC; Mewes, HW; Orcutt, BC; Suzek, BE; Tsugita, A; Vinayaka, CR; Yeh, LS; Zhang, J; Barker, WC (1 de enero de 2002). "El recurso de información de proteínas: un recurso público integrado de anotación funcional de proteínas" . Investigación de ácidos nucleicos . 30 (1): 35–37. doi : 10.1093 / nar / 30.1.35 . ISSN 1362-4962 . PMC 99125 . PMID 11752247 .   
  5. ^ Barker, WC; Garavelli, JS; Hou, Z .; Huang, H .; Ledley, RS; McGarvey, PB; Mewes, HW; Orcutt, BC; Pfeiffer, F .; Tsugita, A .; Vinayaka, CR; Xiao, C .; Yeh, LS; Wu, C. (2001). "Recurso de información de proteínas: un recurso de la comunidad para la anotación de expertos de datos de proteínas" . Investigación de ácidos nucleicos . 29 (1): 29–32. doi : 10.1093 / nar / 29.1.29 . PMC 29802 . PMID 11125041 .  
  6. ^ Barker, WC (2000). "El recurso de información de proteínas (PIR)" . Investigación de ácidos nucleicos . 28 (1): 41–44. doi : 10.1093 / nar / 28.1.41 . PMC 102418 . PMID 10592177 .  
  7. ^ George, DG; Dodson, RJ; Garavelli, JS; Haft, DH; Hunt, LT; Marzec, CR; Orcutt, BC; Sidman, KE; Srinivasarao, GY; Yeh, L.-SL; Arminski, LM; Ledley, RS; Tsugita, A .; Barker, WC (1997). "El recurso de información de proteínas (PIR) y la base de datos de secuencias de proteínas PIR-International" . Investigación de ácidos nucleicos . 25 (1): 24-27. doi : 10.1093 / nar / 25.1.24 . PMC 146415 . PMID 9016497 .  
  8. ↑ Izet, M (2016). "Los científicos más influyentes en el desarrollo de la informática médica (13): Margaret Belle Dayhoff". Acta Inform Med . 24 (4).
  9. ^ Wu, CH; Nikolskaya, A .; Huang, H .; Yeh, LS; Natale, DA; Vinayaka, CR; Hu, ZZ; Mazumder, R .; Kumar, S .; Kourtesis, P .; Ledley, RS; Suzek, BE; Arminski, L .; Chen, Y .; Zhang, J .; Cardenas, JL; Chung, S .; Castro-Alvear, J .; Dinkov, G .; Barker, WC (2004). "PIRSF: sistema de clasificación familiar en el recurso de información de proteínas" . Investigación de ácidos nucleicos . 32 (90001): 112D – 114. doi : 10.1093 / nar / gkh097 . PMC 308831 . PMID 14681371 .  
  10. ^ "GeorgeTown.edu - Ontología de proteínas" . Archivado desde el original el 10 de marzo de 2011 . Consultado el 4 de diciembre de 2017 .
  11. ^ Chicco, Davide; Masseroli, Marco (2019). "Ontologías biológicas y médicas: Ontología de proteínas (PRO)". Enciclopedia de Bioinformática y Biología Computacional . págs. 832–837. doi : 10.1016 / B978-0-12-809633-8.20396-8 . ISBN 9780128114322.