Tandy Warnow
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Tandy Warnow
Tandy Warnow
Tandy Warnow hablando en la conferencia de Sistemas Inteligentes de Biología Molecular (ISMB) en 2018
Nació
Tandy Jo Warnow
alma materUniversidad de California, Berkeley (BS, PhD)
Esposos)George Chacko [1]
Premios
Carrera científica
Los camposCiencias de la
Computación Biología Computacional
Filogenética
Metagenómica
Alineación de secuencias múltiples [2]
InstitucionesUniversidad de Illinois en Urbana – Champaign
Universidad de Pennsylvania
Universidad de Texas
TesisAlgoritmos combinatorios para la construcción de árboles filogenéticos  (1991)
Asesor de doctoradoEugene Lawler [3]
Otros asesores académicosMichael Waterman
Simon Tavare [ cita requerida ]
Estudiantes de doctoradoLuay Nakhleh [4]
Sitio webtandy .cs .illinois .edu

Tandy Warnow es un científico informático estadounidense y Catedrático Distinguido de Grainger en Ingeniería en la Universidad de Illinois en Urbana – Champaign . [5] [6] Es conocida por su trabajo en la reconstrucción de árboles evolutivos , tanto en biología como en lingüística histórica , y también por múltiples métodos de alineación de secuencias. [7]

Biografía

Warnow realizó sus estudios de pregrado y posgrado en matemáticas en la Universidad de California, Berkeley , obteniendo una licenciatura en 1984 y un doctorado [3] en 1991 bajo la supervisión de Eugene Lawler . Los otros miembros de su comité de disertación fueron Richard Karp , Manuel Blum , Dan Gusfield y David Gale . [3]

Investigación y carrera

Después de una investigación postdoctoral en la Universidad del Sur de California de 1991 a 1992 (supervisores postdoctorales Michael Waterman y Simon Tavare ) y en Sandia National Laboratories en Albuquerque de 1992 a 1993, ocupó un puesto de profesora en la Universidad de Pensilvania , donde permaneció hasta que se mudó. en 1999 a la Universidad de Texas. En 2014, Warnow se unió a la facultad de la Universidad de Illinois en Urbana-Champaign, donde es profesora fundadora de ingeniería y jefa asociada del Departamento de Ciencias de la Computación. Warnow tiene nombramientos de cortesía en los Departamentos de Biología Animal, Bioingeniería, Ingeniería Eléctrica e Informática, Entomología, Matemáticas, Biología Vegetal y Estadística.[6] [8]

En 1995, la investigación de Warnow, Donald Ringe y Ann Taylor en la Universidad de Pensilvania basada en cálculos de filogenia perfectos proporcionó una teoría completa para la sincronización de las primeras subdivisiones en las lenguas indoeuropeas . Sus cálculos apoyaron la hipótesis indo-hitita según la cual la primera de estas subdivisiones en separarse del resto de las lenguas indoeuropeas fueron las lenguas de Anatolia . Sus resultados también apoyan la hipótesis greco-armenia , según la cual el idioma armenio y el idioma griego forman una subfamilia del indoeuropeo. Se ajustan a las lenguas germánicasen el árbol evolutivo de las lenguas indoeuropeas, previamente consideradas problemáticas, al plantear la hipótesis de que la lengua protogermánica estaba estrechamente relacionada con las lenguas baltoeslavas, pero luego se modificó por las migraciones hacia el oeste de las tribus germánicas que las llevaron a entrar en contacto con las lenguas itálicas y Hablantes celtas . [9] Este enfoque de filogenia perfecto fue ampliado posteriormente por Warnow y sus colegas para permitir un préstamo no detectado entre lenguajes, de modo que la evolución del lenguaje se modela con una red en lugar de un árbol. [10]

En 2009, Warnow y sus colegas lanzaron su software SATé para coestimar alineaciones de secuencias múltiples biológicas y árboles evolutivos. [11] Su software se basa menos en principios matemáticos firmes que algunos métodos de coestimación anteriores (como BAli-Phy [12] ), pero es significativamente más rápido, lo que permite la construcción rápida de árboles y alineaciones de alta precisión para miles de especies. . En comparación, el rendimiento lento de los métodos anteriores los limitó a comparar solo docenas de especies a la vez. [13] [14]

Su trabajo de 2014-2018 se ha centrado en tres temas: escalado de alineaciones de secuencias múltiples a conjuntos de datos ultragrandes, estimación de árboles de especies utilizando múltiples genes (y abordando la heterogeneidad del árbol de genes debido a una clasificación de linaje incompleta ) y metagenómica. Sus principales contribuciones en estos temas incluyen el método PASTA para la coestimación de alineaciones y árboles, que mejora el SATé y puede producir alineaciones de alta precisión con hasta 1,000,000 de secuencias. [15] También ha desarrollado el método ASTRAL para la estimación de árboles de especies, que es un método estadísticamente consistente para construir árboles de especies en presencia de una clasificación de linaje incompleta. [dieciséis]

Premios y honores

Warnow fue nombrada Cátedra Distinguida de Grainger en Ingeniería en 2020 y Profesora Fundador de Ingeniería en 2014 (ambas en la Universidad de Illinois en Urbana-Champaign), y la Cátedra David Bruton Jr. Centennial en Ciencias de la Computación en la Universidad de Texas en Austin en 2010. [6] Warnow también recibió una beca de la Fundación John Simon Guggenheim en 2011, una beca del Instituto Radcliffe en 2003, una beca de la Fundación David y Lucile Packard en 1996 y el premio NSF Young Investigator en 1994. [6] En 2015, ella fue nombrado miembro de la Asociación de Maquinaria de Computación(ACM) "Para contribuciones a la teoría matemática, algoritmos y software para la filogenética molecular a gran escala y la lingüística histórica". [17] En 2017, fue elegida miembro de la Sociedad Internacional de Biología Computacional (ISCB). [18]

Vida personal

La madre de Warnow era la archivista Joan Warnow-Blewett , y su padre Morton Warnow, hijo del líder de la banda Mark Warnow y sobrino del compositor Raymond Scott . Su hermana gemela es Kimmen Sjolander , investigadora de bioinformática y profesora de la Universidad de California. Está casada con George Chacko. [1]

Referencias

  1. ^ a b http://tandy.cs.illinois.edu/family.html
  2. ^ Publicaciones de Tandy Warnow indexadas por Google Scholar
  3. ↑ a b c Warnow, Tandy Jo (1991). Algoritmos combinatorios para la construcción de árboles filogenéticos (tesis doctoral). Universidad de California, Berkeley. OCLC  25765772 . ProQuest 303937362 . 
  4. ^ Nakhleh, Luay (2004). Redes filogenéticas (tesis doctoral). Universidad de Texas en Austin. HDL .handle .net / 2152 /2126 .
  5. ^ Sitio web oficial de Tandy Warnow
  6. ^ a b c d "Currículum vitae de Tandy Warnow" (PDF) . , consultado el 10 de septiembre de 2020.
  7. ^ Warnow, Tandy (2017), Filogenética computacional: una introducción a los métodos de diseño para la estimación de la filogenia , Cambridge University Press, ISBN 9781107184718
  8. ^ Tandy Jo Warnow en el Proyecto de genealogía matemática
  9. ^ Johnson, George (2 de enero de 1996), "Se construye un nuevo árbol genealógico para indoeuropeo" , New York Times.
  10. ^ Nakhleh, Luay; Ringe, Donald A .; Warnow, Tandy (2005). "Redes filogenéticas perfectas: una nueva metodología para reconstruir la historia evolutiva de los lenguajes naturales". Idioma . 81 (2): 382–420. doi : 10.1353 / lan.2005.0078 . S2CID 162958 . 
  11. ^ Liu, K .; Raghavan, S .; Nelesen, S .; Linder, CR; Warnow, T. (18 de junio de 2009). "Coestimación rápida y precisa a gran escala de alineaciones de secuencia y árboles filogenéticos". Ciencia . 324 (5934): 1561-1564. Código Bibliográfico : 2009Sci ... 324.1561L . doi : 10.1126 / science.1171243 . PMID 19541996 . S2CID 8667974 .  
  12. ^ Suchard, Marc; Redelings, Ben (2006). "BAli-Phy: inferencia bayesiana simultánea de alineación y filogenia" . Bioinformática . 22 (16): 2047-2048. doi : 10.1093 / bioinformatics / btl175 . PMID 16679334 . 
  13. ^ "El método para calcular árboles evolutivos podría revolucionar la biología evolutiva" , ScienceDaily , 18 de junio de 2009.
  14. ^ Kloc, Joe (1 de julio de 2009), "Cómo construir un mejor árbol de la vida: un enfoque poco convencional para analizar secuencias moleculares permite a los investigadores construir árboles evolutivos más grandes" , Seed , archivado desde el original el 4 de julio de 2009CS1 maint: URL no apta ( enlace ) .
  15. ^ Mirarab, S .; Nguyen, N .; Guo, S .; Wang, L.-S .; Kim, J .; Warnow, T. (2014). "PASTA: alineación de secuencia múltiple ultragrande para secuencias de nucleótidos y aminoácidos" . Revista de Biología Computacional . 22 (5): 377–386. doi : 10.1089 / cmb.2014.0156 . PMC 4424971 . PMID 25549288 .  
  16. ^ Mirarab, S .; Warnow, T. (2015). "ASTRAL-II: estimación de árboles de especies basadas en coalescentes con muchos cientos de taxones y miles de genes" . Bioinformática . 31 (12): i44 – i52. doi : 10.1093 / bioinformatics / btv234 . PMC 4765870 . PMID 26072508 .  
  17. ^ "Becarios de ACM nombrados por innovaciones informáticas que están avanzando la tecnología en la era digital" . ACM. 8 de diciembre de 2015. Archivado desde el original el 9 de diciembre de 2015 . Consultado el 9 de diciembre de 2015 .
  18. ^ "13 de febrero de 2017: la sociedad internacional de biología computacional nombra a siete miembros como la clase de becarios de ISCB de 2017" . www.iscb.org . Consultado el 13 de febrero de 2017 .
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