Tc1 / mariner es una clase y superfamilia de transposones de ADN repetidos intercalados (Clase II) . [1] Los elementos de esta clase se encuentran en todos los animales, [2] incluidos los humanos. También se pueden encontrar en protistas y bacterias. [3] [4]
La clase lleva el nombre de sus dos miembros mejor estudiados, el transposón Tc1 de Caenorhabditis elegans y el transposón marino de Drosophila .
Estructura
![](http://wikiimg.tojsiabtv.com/wikipedia/commons/thumb/3/33/DNA_Transposon.png/310px-DNA_Transposon.png)
El transposón consta de un gen de transposasa, flanqueado por dos repeticiones terminales invertidas (TIR). Hay dos duplicaciones cortas del sitio en tándem (TSD) a ambos lados del inserto. La transposición ocurre cuando dos transposasas reconocen y se unen a secuencias TIR, se unen y promueven la escisión de doble hebra del ADN. El complejo de ADN-transposasa luego inserta su carga de ADN en motivos de ADN específicos en otras partes del genoma, creando TSD cortos tras la integración. [5] En el sistema IS630 / Tc1 / mariner, el motivo utilizado es un dinucleótido "TA", duplicado en ambos extremos después de la inserción.
Cuando el gen de la transposasa no es transportado por el transposón, se vuelve no autónomo en el sentido de que ahora requiere que el gen se exprese en otro lugar para moverse.
Transposasa
Transposasa, tipo 1 (dominio DDE parcial) | ||||||||
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Identificadores | ||||||||
Símbolo | Transpotase_1 | |||||||
Pfam | PF01359 | |||||||
Clan pfam | CL0219 | |||||||
InterPro | IPR001888 | |||||||
CATH | 4u7b | |||||||
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Dominio HTH en la transposasa Mos1 | ||||||||
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Identificadores | ||||||||
Símbolo | HTH_48 | |||||||
Pfam | PF17906 | |||||||
Clan pfam | CL0123 | |||||||
InterPro | IPR041426 | |||||||
CATH | 4u7b | |||||||
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![](http://wikiimg.tojsiabtv.com/wikipedia/commons/thumb/9/92/SBTS2.png/360px-SBTS2.png)
El polipéptido de 360 aminoácidos tiene tres subdominios principales: el dominio de reconocimiento de ADN amino-terminal que es responsable de unirse a las secuencias DR en las secuencias IR / DR reflejadas del transposón, una secuencia de localización nuclear (NLS) y un DDE dominio que cataliza el conjunto de reacciones de cortar y pegar que comprenden la transposición. El dominio de reconocimiento de ADN tiene dos secuencias de caja emparejadas que pueden unirse al ADN y están relacionadas con varios motivos que se encuentran en algunos factores de transcripción; las dos cajas emparejadas están etiquetadas como PAI y RED, y ambas tienen el motivo hélice-vuelta-hélice común para los dominios de unión al ADN. El dominio catalítico tiene los aminoácidos característicos DDE (a veces DDD) que se encuentran en muchas enzimas transposasas y recombinasas. Además, hay una región que está altamente enriquecida en aminoácidos de glicina (G).
Se han proporcionado varias firmas para la superfamilia de transcriptasas en varias bases de datos de dominios dada la naturaleza de múltiples dominios de la proteína. Además, cada dominio suele estar representado por varias entradas, como PF17906 / PF01710 / PF11427, entre otras, para la mitad "PAI" del cuadro. La caja ROJA es similar dive rse ( PF08279 / PF13412 / PF01498 , etc.) y a menudo tiene una forma HTH alada para el reconocimiento de ADN.
Subgrupos
La superfamilia Tc1 / mariner generalmente se subdivide por los dominios catalíticos de su transposasa. Generalmente utiliza una tríada catalítica DDE (Asp-Asp-Glu) o DDD .
Tc1
Tc1 (DD34E) es un transposón activo en Caenorhabditis elegans . [6] [7] También hay transposones similares a Tc1 en humanos, todos inactivos. Los elementos similares a Tc1 están presentes en otros vertebrados inferiores, incluidas varias especies de peces y anfibios. [8]
En C. elegans , es una secuencia larga de 1610 pares de bases. [9] Los experimentos muestran que este elemento "salta" en las células humanas, con su transposasa como la única proteína requerida. [10]
Otro ejemplo de esta familia es Tc3, también un transposón que se encuentra en C. elegans . [11]
Marinero
Los elementos Mariner (DD34D) se encuentran en múltiples especies, incluidos los humanos. [12] [13] El transposón Mariner fue descubierto por primera vez por Jacobson y Hartl en Drosophila en 1986. [14] En 1993 se publicó una clasificación del grupo, que dividía tales secuencias en insectos en mauritiana, cecropia, mellifera, irritans, y subfamilias capitata, según los tipos de insectos en los que se encuentran. [15] La clasificación se extiende a otras especies.
Este elemento transponible es conocido por su asombrosa capacidad de transmitirse horizontalmente en muchas especies. [16] [17] Se estima que hay 14.000 copias de Mariner en el genoma humano que comprenden 2,6 millones de pares de bases. [18] Los primeros transposones de elementos marineros fuera de los animales se encontraron en Trichomonas vaginalis . [19]
Los transposones de tipo humano Mariner se dividen en subfamilias Hsmar1 (cecropia) y Hsmar2 (irritans). Aunque ambos tipos están inactivos, una copia de Hsmar1 que se encuentra en el gen SETMAR está bajo selección, ya que proporciona unión al ADN para la proteína modificadora de histonas. [20] Hsmar2 se ha reconstruido varias veces a partir de secuencias fósiles. [21]
Mos1 (para elemento mosaico ) se descubrió en Drosophila mauritiana . [22] El elemento Himar1 se ha aislado de la mosca de los cuernos, Haematobia irritans, y puede utilizarse como herramienta genética en Escherichia coli . [23]
Otras familias
La familia rosa (DD41D) es una familia que se encuentra en Ceratitis rosa . [24] Pogo / Fot1 (DDxD) es otra familia más en esta superfamilia, x indica una longitud variable. IS630, un elemento móvil de Shigella sonnei , también pertenece a esta superfamilia. [4]
Se han informado algunas familias nuevas adicionales con diferentes longitudes entre las tríadas. [25]
Pogo, también conocido como Tigger en humanos, [26] ha sido domesticado tanto por humanos como por levaduras en el gen CENPB . Otras domesticaciones humanas de pogo incluyen TIGD1 , TIGD2 , TIGD3 , TIGD4 , TIGD5 , TIGD6 , TIGD7 , JRK , JRKL , POGK y POGZ . [27]
Trivialidades
Las características del transposón Mariner inspiraron la novela de ciencia ficción The Mariner Project de Bob Marr.
Ver también
- Sistema de transposones de la Bella Durmiente
- Sistema de transposones PiggyBac
Referencias
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