Provenía de una familia establecida desde hacía mucho tiempo en Yorkshire. Su abuelo fue William Vavasour y su padre Henry Vavasour (fallecido en 1584) de Copmanthorpe , Yorkshire. Su madre, Margaret, era hija de Sir Henry Knyvet (fallecido en 1547) de Charlton, Wiltshire. Thomas fue educado en Eton and Caius College, Cambridge, donde era un compañero plebeyo .
En 1576 se casó con Mary, hija y heredera de John Dodge de Copes [ ¿dónde? ] , Suffolk, viuda de Peter Houghton, concejal de Londres. Tuvieron cuatro hijos y dos hijas.
Fue miembro de los parlamentos isabelinos por Wootton Bassett en los parlamentos de 1584 y 1586, y miembro de Malmesbury en el parlamento de 1589.
En agosto de 1585 luchó en los Países Bajos como capitán de infantería también de Yorkshire, conservando este mando hasta 1591. Se distinguió en dos ocasiones, una en un ataque a un candelabro cerca de Arnhem en octubre de 1585, y otra vez en 1587 con Lord Willoughby para lucha contra el Marqués del Guasto .
Después del servicio militar, fue un caballero jubilado hasta la muerte de la reina en el Palacio de Richmond en marzo de 1603. Tras la ascensión al trono de Jaime I , Vavasour fue nombrado mayordomo del puerto de Londres , lo que le valió una compensación de 1.000 libras esterlinas. En 1604 fue nombrado Caballero Mariscal de la Casa , cargo que le fue confirmado de por vida en 1612 pero, según John Chamberlain , vendió el derecho por 3.000 libras esterlinas en 1618, dos años antes de su muerte.
Regresó al parlamento en 1609 para representar a Boroughbridge después de la muerte en el cargo de Sir John Ferne y fue reelegido en 1614 para representar a Horsham .