Tinker , estilizado como TINKER , es una aplicación informática de simulación de dinámica molecular con un paquete completo y general de mecánica molecular y dinámica molecular , con algunas características especiales para biopolímeros . El núcleo del paquete es un conjunto modular de rutinas invocables que permiten manipular coordenadas y evaluar energía potencial y derivadas a través de medios sencillos.
Autor (es) original (es) | Jay Ponder, Pengyu Ren, Jean-Philip Piquemal |
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Desarrollador (es) | Jay Ponder Lab, Departamento de Química, Universidad de Washington en St. Louis ; Pengyu Ren Lab, Departamento de Ingeniería Biomédica, Universidad de Texas en Austin ; Jean-Philip Piquemal, Universidad de la Sorbona , |
Versión inicial | 8 de septiembre de 2004 |
Lanzamiento estable | 8.1.2 / 17 de febrero de 2017 |
Escrito en | Fortran 95 , CUDA , OpenMP y MPI Paralelo |
Sistema operativo | Windows , OS X , Linux , Unix |
Disponible en | inglés |
Tipo | Dinámica molecular |
Licencia | Freeware patentado [1] |
Sitio web | tinkertools |
Tinker funciona en Windows , OS X , Linux y Unix . El código fuente está disponible de forma gratuita bajo una licencia restrictiva. El código está escrito en portable FORTRAN 77 , FORTRAN 95 o CUDA con extensiones comunes, y algunos C .
Los desarrolladores principales son: 1) el laboratorio Jay Ponder , en el Departamento de Química de la Universidad de Washington en St. Louis , St. Louis , Missouri . Ponder, jefe de laboratorio, es profesor titular de química (nombramiento principal), bioquímica y biofísica molecular e ingeniería biomédica; 2) el laboratorio Pengyu Ren , en el Departamento de Ingeniería Biomédica de la Universidad de Texas en Austin , Austin , Texas . El jefe de laboratorio, Ren, es profesor titular de Ingeniería Biomédica; 3) Equipo de investigación de Jean-Philip Piquemal en el Laboratoire de Chimie Théorique, Departamento de Química, Universidad de la Sorbona , París . El jefe del equipo de investigación Piquemal es Catedrático de Química Teórica.
Características
El paquete Tinker se basa en 3 códigos: i) el canónico Tinker (versión 8.); ii) el paquete Tinker-OpenMM para el uso de Tinker con GPus ; iii) el paquete Tinker-HP para aplicaciones MPI masivamente paralelas en CPus y GPU . Tinker-HP recibió el Premio Atos-Joseph Fourier 2018 en Computación de alto rendimiento.
Los programas se proporcionan para realizar muchas funciones, que incluyen:
- minimización de energía sobre coordenadas cartesianas , ángulos de torsión o cuerpos rígidos mediante gradiente conjugado, métrica variable o un método de Newton truncado
- Dinámica de cuerpos rígidos, estocásticos y moleculares con límites periódicos y control de temperatura y presión.
- análisis vibracional en modo normal
- geometría de distancia que incluye una eficiente metrización por pares aleatoria
- construir estructuras de proteínas y ácidos nucleicos a partir de la secuencia
- recocido simulado con varios protocolos de enfriamiento
- análisis y desglose de energías potenciales de un solo punto
- Verificación de derivados analíticos de potenciales estándar y definidos por el usuario.
- ubicación de un estado de transición entre dos mínimos
- búsqueda de superficie de energía completa a través de un método de escaneo de conformación
- cálculos de energía libre mediante perturbación de energía libre o análisis de histograma ponderado
- Ajuste de los parámetros de potencial intermolecular a los datos estructurales y termodinámicos.
- Optimización global a través del suavizado de la superficie de energía, incluido un método de búsqueda y suavizado de potencial (PSS)
Ver también
- Lista de software para el modelado molecular de Monte Carlo
- Comparación de software para modelado de mecánica molecular
- Dinámica molecular
- Geometría molecular
- Software de diseño molecular
- Comparación de implementaciones de campos de fuerza
- Plegable en casa
Referencias
- Lagardère, Louis; Jolly, Luc-Henri; Lipparini, Filippo; Aviat, Félix; Stamm, Benjamin; Jing, Zhifeng F .; Harger, Matthew; Torabifard, Hedieh; Cisneros, Andrés; Schnieders, Michael; Gresh, Nohad; Maday, Yvon; Ren, Pengyu; Reflexiona, Jay; Piquemal, Jean-Philip (2018). "Tinker-HP: un paquete de dinámica molecular masivamente paralelo para simulaciones multiescala de grandes sistemas complejos con campos de fuerza polarizables de dipolo de punto avanzado" . Ciencia química . 9 (4): 956–972. doi : 10.1039 / C7SC04531J . PMC 5909332 . PMID 29732110 .
- Harger, Matthew; Li, Daniel; Wang, Zhi; Dalby, Kevin; Lagardère, Louis; Piquemal, Jean-Philip; Ponder, Jay W .; Ren, Pengyu (2017). "Tinker-OpenMM: Energías libres alquímicas absolutas y relativas utilizando AMOEBA en GPU" . Revista de Química Computacional . 38 (23): 2047-2055. doi : 10.1002 / jcc.24853 . PMC 5539969 . PMID 28600826 .
- Ren, Pengyu; Ponder, Jay W. (2003). "Modelo de agua multipolar atómica polarizable para simulación de mecánica molecular". El Journal of Physical Chemistry B . 107 (24): 5933–5947. doi : 10.1021 / jp027815 + .
- Pappu, Rohit V .; Hart, Reece K .; Ponder, Jay W. (1998). "Análisis y aplicación de métodos de búsqueda y suavizado de energía potencial para la optimización global". El Journal of Physical Chemistry B . 102 (48): 9725. doi : 10.1021 / jp982255t .
- Kong, Yong; Ponder, Jay W. (1997). "Cálculo del campo de reacción debido a multipolos de puntos descentrados". La Revista de Física Química . 107 (2): 481. Código Bibliográfico : 1997JChPh.107..481K . doi : 10.1063 / 1.474409 .
- Dudek, Michael J .; Ponder, Jay W. (1995). "Modelado preciso de la energía electrostática intramolecular de proteínas". Revista de Química Computacional . 16 (7): 791. CiteSeerX 10.1.1.502.6823 . doi : 10.1002 / jcc.540160702 .
- Kundrot, Craig E .; Ponder, Jay W .; Richards, Frederic M. (1991). "Algoritmos para el cálculo del volumen excluido y sus derivados en función de la conformación molecular y su uso en la minimización de energía". Revista de Química Computacional . 12 (3): 402. CiteSeerX 10.1.1.511.419 . doi : 10.1002 / jcc.540120314 .
- Ponder, Jay W .; Richards, Frederic M. (1987). "Un método similar al newton eficiente para la minimización de la energía de la mecánica molecular de moléculas grandes". Revista de Química Computacional . 8 (7): 1016. doi : 10.1002 / jcc.540080710 .
Licencia
- ^ Licencia de Tinker
enlaces externos
- Página web oficial
- Tinker en Twitter