Joseph F. Fernandez (nacido c. 1937) fue jefe de estación de la Agencia Central de Inteligencia en Costa Rica (operando bajo el seudónimo de Tomás Castillo) y una figura en el asunto Irán-Contra .
Joe Fernandez, un cubanoamericano , fue un protegido de Duane Clarridge en los primeros años de la operación Contra. Cuando Clarridge fue reemplazado por Alan Fiers como el hombre clave de Centroamérica de la CIA, Fernández se alió con Oliver North del Consejo de Seguridad Nacional en lugar de con Fiers. North y Fernández buscaron revivir la causa antisandinista en el sur, culpando al liderazgo errático de Edén Pastora por el estado moribundo de la Alianza Revolucionaria Democrática . A principios de 1986, Fernández convenció a los comandantes de campo de Pastora para que se unieran a Fernando "El Negro" Chamorro , quien se había aliado con el ejército del norte.Fuerza Democrática Nicaragüense . Sin embargo, sus esfuerzos con North para construir un Frente Contra Sur fuerte, incluido el reabastecimiento aéreo de las fuerzas rebeldes en el sur por parte de la "Enterprise" de Richard Secord , lo enredaron en el Asunto Irán-Contra.
Fernández fue acusado originalmente el 20 de junio de 1988 por cuatro cargos de obstrucción y declaraciones falsas. La acusación de Fernández representó la primera vez que un jefe de estación de la CIA fue acusado de delitos cometidos en el ejercicio de sus funciones como oficial de la CIA. Luego de un cambio de lugar, se realizó una nueva acusación el 24 de abril de 1989. El caso fue desestimado el 24 de noviembre de 1989 cuando el Fiscal General Richard L. Thornburgh se negó a desclasificar la información necesaria para su defensa.