El tercer USS Philadelphia fue el buque insignia del contralmirante Samuel Phillips Lee cuando comandó el Escuadrón de Bloqueo del Atlántico Norte durante la Guerra Civil Estadounidense .
Un barco de vapor con ruedas laterales y casco de hierro , Filadelfia , fue construido en Chester, Pensilvania , en 1859 como el barco comercial del mismo nombre.
Estaba operando como buque comercial entre Aquia Creek , Virginia y Washington, DC al estallar la Guerra Civil. Capturada el 21 de abril de 1861, de acuerdo con una orden presidencial, fue enviada al Washington Navy Yard , donde se equipó para el servicio naval.
Filadelfia , al mando del teniente William Nicholson Jeffers , operaba en el río Potomac como patrullera. En mayo, fue designada para transportar provisiones de artillería a Fortress Monroe, Filadelfia y Nueva York. A su regreso al Washington Navy Yard, Jeffers informó que el vapor no era adecuado para el servicio exterior. Continuó operando en el río Potomac hasta octubre de 1861, principalmente transportando tropas río abajo hasta Fort Washington .
A Filadelfia se le asignaron funciones con el Escuadrón de Bloqueo del Atlántico Norte en octubre, y en enero-febrero de 1862 sirvió como buque insignia del escuadrón. Filadelfia participó en la expedición a Hatteras Inlet en enero y sirvió como barco de vapor de bandera para el oficial de bandera Louis M. Goldsborough en la batalla de la isla de Roanoke en Carolina del Norte del 7 al 8 de febrero. También participó en la Batalla de New Bern en marzo y luego participó en la expedición al Canal Dismal Swamp del 17 al 20 de abril.
Desde agosto de 1863 hasta 1865, Filadelfia fue el buque insignia del Escuadrón de Bloqueo del Atlántico Sur . Lo más destacado de sus actividades durante este período fue su participación en la operación contra Charleston, Carolina del Sur, en el otoño de 1863.