La tercera temporada de Undercover se estrenó en BNT 1 el 25 de noviembre de 2012 y finalizó el 17 de febrero de 2013.
Martin, Dzharo, The Hair y los Twins son encarcelados. Ivo es el nuevo jefe. Hook y Adi están de vacaciones donde The Hook está en un servicio comunitario y en libertad condicional. Más tarde, Martin sale de la cárcel, pero descubre que Ivo quiere matarlo. Dzharo ordena el asesinato de Ivo. Niki the Twin muere a causa de las heridas, The Hair muere y Dzharo tuvo un sueño sobre Mironov y Elica. Ivo sufre la mayor pérdida de su historia: Dzharo ordenó el asesinato de su madre. Neshev recibe un disparo durante una operación y sucumbe a sus heridas.