Variantes de SARS-CoV-2

Different variants of SARS-CoV-2

La "nueva variante del coronavirus" vuelve a dirigir aquí. Para conocer las especies recientes de coronavirus, consulte Nuevos coronavirus y coronavirus .

Parte de una serie sobre el
Pandemia de COVID-19
SARS-CoV-2 (virus) COVID-19 (enfermedad)
Cronología 2019 2020 enero febrero respuestas marzo respuestas abril respuestas Mayo respuestas junio respuestas julio respuestas agosto respuestas septiembre respuestas octubre respuestas noviembre respuestas diciembre respuestas 2021 enero respuestas febrero respuestas marzo respuestas
Ubicaciones Por continente África Antártida Asia Europa América del norte Oceanía Sudamerica Por medio de transporte Cruceros Barcos navales Casos Fallecidos
Respuesta internacional Respuesta de la Unión Europea Evacuaciones Máscaras faciales Ayuda internacional Cierres Respuestas nacionales India Nueva Zelanda Filipinas Rusia Suecia Reino Unido nosotros Protestas nosotros Restricciones para viajar Naciones Unidas Organización Mundial de la Salud
Respuesta medica Pruebas de enfermedades Vacunas para COVID-19 CanSino Gamaleya Johnson y Johnson Moderna Oxford – AstraZeneca Pfizer – BioNTech Sinopharm Sinovac Bharat Biotech Desarrollo de fármacos Reutilización de fármacos Variantes de SARS-CoV-2
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Mutaciones positivas, negativas y neutrales durante la evolución de coronavirus como el SARS-CoV-2.

El síndrome respiratorio agudo severo coronavirus 2 (SARS-CoV-2), el virus que causa la enfermedad por coronavirus 2019 (COVID-19), tiene muchas variantes ; se cree o se ha creído que algunos son de particular importancia debido a su potencial para aumentar la transmisibilidad, aumentar la virulencia y reducir la eficacia de las vacunas contra ellos. ^{[1] [2]} Este artículo analiza variantes notables de SARS-CoV-2 y mutaciones de sentido erróneo notables que se encuentran en estas variantes.

Se cree que la secuencia WIV04 / 2019 , perteneciente al clado GISAID S / linaje PANGO A / clado Nextstrain 19B, refleja más fielmente la secuencia del virus original que infecta a los seres humanos conocida como "secuencia cero", y se utiliza ampliamente como secuencia de referencia. . ^[3]

Resumen

Hay muchos linajes de SARS-CoV-2. ^[4] La siguiente tabla presenta información y nivel de riesgo para variantes con riesgo elevado o posiblemente elevado en el presente ^{[5] [6] [7]} o en el pasado. Los intervalos asumen un nivel de confianza o credibilidad del 95%, a menos que se indique lo contrario.

Primera detección		PANGOLIN linaje [4]	Nextstrain [8] clado [9]	Variante de PHE [10] [A]	Otros nombres	Mutaciones notables	Evidencia de cambios clínicos [B]			Propagar
Localización	Fecha [ inconsistente ]						Transmisibilidad	Virulencia	Antigenicidad
Reino Unido	Enero 2020 [4]	B.1.1.7 [4]	20I / 501Y.V1 [5]	VOC-20DEC-01 [C]	-	N501Y, 69–70del, P681H [12] [13]	≈74% más alto [14]	≈64% (32 -104% ) más letal [15]	Actividad antigénica reducida [16]	Global [4]
Nigeria	Marzo 2020 [17]	B.1.1.207 [17]	-	-	-	P681H [12]	Sin evidencia de cambio [18]	Sin evidencia de cambio [18]	-	Internacional [17]
Estados Unidos	Junio ​​de 2020 [19]	B.1.429 [19]	20C / S: 452R [D]	-	CAL.20C [20]	I4205V, D1183Y, S13I, W152C, L452R	≈20% más alto [5]	Bajo investigación	Neutralización moderadamente reducida [21]	Internacional [19]
Dinamarca	Septiembre de 2020 [22]	No registrado			Grupo 5 , pico de ΔFVI [23]	Y453F, 69–70deltaHV [23]	-	-	Sensibilidad moderadamente disminuida a los anticuerpos neutralizantes [24]	Probablemente extinto [25]
Sudáfrica	Oct 2020 [12]	B.1.351 [12]	20H / 501Y.V2 [12]	VOC-20DEC-02	501Y.V2 [16]	N501Y, K417N, E484K [12]	≈50% (20 -113% ) mayor [16]	Sin evidencia de cambio [18]	Neutralización reducida por anticuerpos [16]	Global
Japón Brasil	Diciembre de 2020 [26]	P.1 [16]	20J / 501Y.V3 [5]	VOC-21 ENE-02	Descendiente de B.1.1.28 [27]	N501Y, E484K, K417T [12]	≈152% (127 -178% ) más alto [28] [se necesita una mejor fuente ]	≈45% (50% CrI ,10 -80% ) más letal [29]	Reducción general de la neutralización efectiva [16]	Internacional
Reino Unido Nigeria	Diciembre de 2020 [30]	B.1.525 [31]	20C [E]	VUI-21FEB-03 [F]	-	E484K, F888L [31]	Bajo investigación	Bajo investigación	Posiblemente una neutralización reducida [5]	Internacional [31]

1. En marzo de 2021, PHE actualizó su sistema de nombres y publicó la siguiente declaración:

   se ha acordado una nomenclatura revisada que implica eliminar los 2 primeros números del año y reemplazar los números de 2 meses por una abreviatura de 3 letras ^[11]

2. "-" indica que no se pudieron encontrar fuentes confiables para citar.
3. B.1.1.7 con E484K se designa por separado como VOC-21FEB-02
4. Incluye B.1.429 y B.1.427. ^[5]
5. Incluye B.1.525 y B.1.526. ^[5]
6. Anteriormente UK1188.

Nomenclatura

Nomenclaturas correspondientes al SARS-CoV-2 ^[32]

Linajes PANGO (cf. Propuesta de nomenclatura, Naturaleza )	Notas sobre los linajes PANGO (cf. Alm et al. )	Clados Nextstrain , 2021 [33]	GISAID clados	Variantes notables
A.1 – A.6		19B	S	contiene "secuencia de referencia" WIV04 / 2019 [3]
B.3 – B.7 , B.9 , B.10 , B.13 – B.16		19A	L
			O [a]
B.2			V
B.1	B.1.5 – B.1.72	20A	GRAMO	Lineage B.1 en el sistema de nomenclatura de PANGO Lineages
	B.1.9 , B.1.13 , B.1.22 , B.1.26 , B.1.37		GH
	B.1.3 – B.1.66	20C		Incluye CAL.20C [34]
		20G		Predominante en EE. UU. En general, enero de 21 [34]
		20H		Incluye linaje B.1.351 también conocido como 20H / 501Y.V2 o 501.V2
	B.1.1	20B	GRAMO	Incluye B.1.1.207
		20D		Incluye P.1 y P.2 [35]
		20F
		20I		Incluye el linaje B.1.1.7 también conocido como VOC-202012/01 o 20I / 501Y.V1
	B.1.177	20E (EU1) [33]	GV [a]	Derivado de 20A [33]

No se ha establecido una nomenclatura uniforme para el SARS-CoV-2. ^[37] Coloquialmente, incluso por gobiernos y organizaciones de noticias, las variantes relativas a menudo se refieren al país en el que se identificaron por primera vez, ^{[38] [39] [40]} pero a partir de enero de 2021 ^[update], la Organización Mundial de la Salud (OMS) está trabajando en una "nomenclatura estándar para las variantes del SARS-CoV-2 que no hace referencia a una ubicación geográfica". ^[41]

Si bien hay muchos miles de variantes de SARS-CoV-2, ^{[42] los} subtipos del virus pueden clasificarse en grupos más grandes, como linajes o clados . ^[b] Se han propuesto tres nomenclaturas principales, de uso general ^[37] :

• En enero de 2021 ^[update], GISAID , que se refiere al SARS-CoV-2 como hCoV-19 ^[43], había identificado ocho clados globales (S, O, L, V, G, GH, GR y GV). ^[44]
• En 2017, Hadfield et al. anunció Nextstrain , destinado "para el seguimiento en tiempo real de la evolución de patógenos". ^[45] Posteriormente ^, Nextstrain se utilizó para rastrear el SARS-CoV-2, identificando 11 clados principales ^[c] (19A, 19B y 20A-20I) a partir de enero de 2021 ^[update]. ^[46]
• En 2020, Rambaut et al. del equipo de software de Asignación filogenética de linajes de brotes globales nombrados (PANGOLIN) ^[47] propuso en un artículo ^[48] "una nomenclatura dinámica para los linajes del SARS-CoV-2 que se centra en los linajes de virus en circulación activa y los que se propagan a nuevas ubicaciones" ; ^{[37] a} febrero de 2021 ^[update], se habían identificado seis linajes principales (A, B, B.1, B.1.1, B.1.177, B.1.1.7). ^{[49] [50]}

Cada instituto nacional de salud pública también puede instituir su propio sistema de nomenclatura con el fin de rastrear variantes específicas. Por ejemplo, Public Health England designó cada variante rastreada por año, mes y número en el formato [AAAA] [MM] / [NN], con el prefijo "VUI" o "VOC" para una variante en investigación o una variante de interés, respectivamente. ^[10] Este sistema ahora ha sido modificado y ahora usa el formato [YY] [MMM] - [NN], donde el mes se escribe usando un código de tres letras. ^[10]

Criterios de notoriedad

Los virus generalmente adquieren mutaciones con el tiempo, dando lugar a nuevas variantes. Cuando una nueva variante parece estar creciendo en una población, puede etiquetarse como una "variante emergente".

Algunas de las posibles consecuencias de las variantes emergentes son las siguientes: ^{[12] [51]}

• Mayor transmisibilidad
• Aumento de la morbilidad
• Aumento de la mortalidad
• Capacidad para evadir la detección mediante pruebas de diagnóstico.
• Disminución de la susceptibilidad a los medicamentos antivirales (si dichos medicamentos están disponibles)
• Disminución de la susceptibilidad a los anticuerpos neutralizantes, ya sea terapéuticos (p. Ej., Plasma de convalecencia o anticuerpos monoclonales) o en experimentos de laboratorio
• Capacidad para evadir la inmunidad natural (p. Ej., Provocar reinfecciones)
• Capacidad para infectar a personas vacunadas.
• Mayor riesgo de afecciones particulares como el síndrome inflamatorio multisistémico o el COVID de larga duración .
• Mayor afinidad por grupos demográficos o clínicos particulares, como niños o individuos inmunodeprimidos.

Las variantes que parecen cumplir uno o más de estos criterios pueden etiquetarse como "variantes en investigación" o "variantes de interés" en espera de la verificación y validación de estas propiedades. La característica principal de una variante de interés es que muestra evidencia que demuestra que es la causa de una mayor proporción de casos o grupos de brotes únicos; sin embargo, también debe tener una prevalencia limitada o una expansión a nivel nacional, o la clasificación se elevaría a una " variante de preocupación ". ^{[52] [53]} Si hay pruebas claras de que la eficacia de las medidas de prevención o intervención para una variante en particular se reduce sustancialmente, esa variante se denomina "variante de gran consecuencia". ^[54]

Variantes notables

Grupo 5

Artículo principal: Cluster 5

A principios de noviembre de 2020, el Cluster 5 , también conocido como ΔFVI-spike por el Danish State Serum Institute (SSI), ^[23] fue descubierto en el norte de Jutlandia , Dinamarca , y se cree que se transmitió de visones a humanos a través de granjas de visones. . El 4 de noviembre de 2020, se anunció que la población de visones en Dinamarca sería sacrificada para prevenir la posible propagación de esta mutación y reducir el riesgo de que ocurran nuevas mutaciones. Se introdujeron un bloqueo y restricciones de viaje en siete municipios del norte de Jutlandia para evitar la propagación de la mutación, lo que podría comprometer la nacionalidad.o respuestas internacionales a la pandemia de COVID-19 . Para el 5 de noviembre de 2020, se habían detectado unos 214 casos humanos relacionados con el visón. ^[55]

La Organización Mundial de la Salud (OMS) ha declarado que el grupo 5 tiene una "sensibilidad moderadamente disminuida a los anticuerpos neutralizantes". ^[24] SSI advirtió que la mutación podría reducir el efecto de las vacunas COVID-19 en desarrollo, aunque es poco probable que las inutilice. Tras el bloqueo y las pruebas masivas, SSI anunció el 19 de noviembre de 2020 que el grupo 5 con toda probabilidad se había extinguido. ^[25] A partir del 1 de febrero de 2021, los autores de un artículo revisado por pares , todos los cuales eran del SSI, evaluaron que el grupo 5 no estaba en circulación en la población humana. ^[56]

Linaje B.1.1.7 / Variante de preocupación 20DEC-01

Artículo principal: Lineage B.1.1.7

Micrografía electrónica de transmisión de color falso de una variante de coronavirus B.1.1.7. Se cree que el aumento de la transmisibilidad de la variante se debe a cambios en la estructura de las proteínas de pico, que se muestran aquí en verde.

Detectado por primera vez en octubre de 2020 durante la pandemia de COVID-19 en el Reino Unido a partir de una muestra tomada el mes anterior en Kent, ^{[57] El} linaje B.1.1.7 , ^[58] se conocía anteriormente como la primera variante bajo investigación en diciembre de 2020 (VUI - 202012/01) ^[59] y posteriormente anotado como VOC-202012/01. ^[10] También es como linaje B.1.1.7 o 20I / 501Y.V1 (anteriormente 20B / 501Y.V1). ^{[60] [61] [12]} Desde entonces, sus probabilidades de prevalencia se han duplicado cada 6,5 ​​días, el presunto intervalo generacional. ^{[62] [63]} Se correlaciona con un aumento significativo en la tasa deInfección por COVID-19 en Reino Unido , asociada en parte a la mutación N501Y . ^[64] Existe alguna evidencia de que esta variante tiene un 40% -80% de transmisibilidad aumentada (la mayoría de las estimaciones se encuentran en el extremo medio a superior de este rango), ^[65] y los primeros análisis sugieren un aumento en la letalidad. ^{[66] [67]}

Variante de preocupación 21FEB-02

La variante de preocupación 21FEB-02 (anteriormente escrita como VOC -202102/02), descrita por Public Health England (PHE) como "B.1.1.7 con E484K" ^[10] es del mismo linaje en el sistema de clasificación de Rambaut pero tiene una mutación adicional de E484K . Al 17 de marzo de 2021, hay 39 casos confirmados de VOC -21FEB-02 en el Reino Unido. ^[10] El 4 de marzo de 2021, los científicos informaron B.1.1.7 con mutaciones E484K en el estado de Oregon . En 13 muestras de prueba analizadas, una tenía esta combinación, que parecía haber surgido de manera espontánea y local, en lugar de ser importada. ^{[68] [69] [70]}

Linaje B.1.1.207

Secuenciado por primera vez en agosto de 2020 en Nigeria , ^[71] las implicaciones para la transmisión y la virulencia no están claras, pero ha sido catalogado como una variante emergente por los Centros para el Control de Enfermedades de EE. UU . ^[12] Secuenciada por el Centro Africano de Excelencia para la Genómica de Enfermedades Infecciosas en Nigeria, esta variante tiene una mutación P681H, compartida en común con Lineage B.1.1.7 del Reino Unido . No comparte otras mutaciones con Lineage B.1.1.7 y, a finales de diciembre de 2020, esta variante representa alrededor del 1% de los genomas virales secuenciados en Nigeria, aunque esto puede aumentar. ^[71]En marzo de 2021, se había detectado Lineage B.1.1.207 en Perú, Alemania, Singapur, Hong Kong, Vietnam, Costa Rica, Corea del Sur, Canadá, Australia, Japón, Francia, Italia, Ecuador, México, Reino Unido y EE. UU. . ^[17]

Linaje B.1.1.317

Si bien B.1.1.317 no se considera una variante de preocupación , Queensland Health obligó a 2 personas que se sometieron a cuarentena en un hotel en Brisbane , Australia , a someterse a una cuarentena de 5 días adicionales además de los 14 días obligatorios después de que se confirmó que estaban infectados con esta variante. . ^[72]

Linaje B.1.1.318

El linaje B.1.1.318 fue designado por PHE como VUI (VUI-21FEB-04, ^[10] anteriormente VUI-202102/04) el 24 de febrero de 2021. Se han detectado 16 casos en el Reino Unido. ^{[73] [74]}

Linaje B.1.351

Artículo principal: variante 501.V2

El 18 de diciembre de 2020, la variante 501.V2 , también conocida como 501.V2, 20H / 501Y.V2 (anteriormente 20C / 501Y.V2), VOC-20DEC-02 (anteriormente VOC -202012/02) o linaje B. 1.351, ^[12] fue detectado por primera vez en Sudáfrica y reportado por el departamento de salud del país . ^[75] Investigadores y funcionarios informaron que la prevalencia de la variante era mayor entre los jóvenes sin condiciones de salud subyacentes y, en comparación con otras variantes, resulta más frecuente en enfermedades graves en esos casos. ^{[76] [77]} El departamento de salud de Sudáfrica también indicó que la variante puede estar impulsando la segunda ola de la epidemia de COVID-19 en el país.debido a que la variante se propaga a un ritmo más rápido que otras variantes anteriores del virus. ^{[75] [76]}

Los científicos notaron que la variante contiene varias mutaciones que le permiten adherirse más fácilmente a las células humanas debido a las siguientes tres mutaciones en el dominio de unión al receptor (RBD) en la glicoproteína de pico del virus: N501Y , ^{[75] [78]} K417N y E484K . ^{[79] [80]} La mutación N501Y también se detectó en el Reino Unido. ^{[75] [81]}

Linaje B.1.429 / CAL.20C

CAL.20C, también conocido como linaje B.1.429, se define por cinco mutaciones distintas (I4205V y D1183Y en el gen ORF1ab, y S13I, W152C, L452R en el gen S de las proteínas de pico), de las cuales L452R (anteriormente también detectado en otros linajes no relacionados) fue de particular preocupación. ^{[34] [82]} CAL.20C es posiblemente más transmisible, pero se necesitan más estudios para confirmarlo. ^[82] Fue observado por primera vez en julio de 2020 por investigadores del Centro Médico Cedars-Sinai , California , en una de las 1.230 muestras de virus recolectadas en el condado de Los Ángeles desde el inicio de la epidemia de COVID-19 . ^[83]No se volvió a detectar hasta septiembre, cuando reapareció entre las muestras en California, pero los números se mantuvieron muy bajos hasta noviembre. ^{[84] [85]} En noviembre de 2020, la variante CAL.20C representó el 36 por ciento de las muestras recolectadas en el Centro Médico Cedars-Sinai, y para enero de 2021, la variante CAL.20C representó el 50 por ciento de las muestras. ^[82] En un comunicado de prensa conjunto de la Universidad de California, San Francisco , Departamento de Salud Pública de California , y el Departamento de Salud Pública del Condado de Santa Clara , ^[86]la variante también se detectó en varios condados del norte de California. De noviembre a diciembre de 2020, la frecuencia de la variante en casos secuenciados del norte de California aumentó del 3% al 25%. ^[87] En una preimpresión, CAL.20C se describe como perteneciente al clado 20C y aporta aproximadamente el 36% de las muestras, mientras que una variante emergente del clado 20G representa aproximadamente el 24% de las muestras en un estudio centrado en el sur de California. Sin embargo, tenga en cuenta que en los EE. UU. En su conjunto, el clado 20G predomina, a partir de enero de 2021. ^[34] Tras el aumento del número de CAL.20C en California, la variante se ha detectado con frecuencias variables en la mayoría de los estados de EE. UU. Se han detectado pequeñas cantidades en otros países de América del Norte y en Europa, Asia y Australia. ^[84][85]

Linaje B.1.525

B.1.525, también llamado VUI -21FEB-03 ^[10] (anteriormente VUI-202102/03) por Public Health England (PHE) y anteriormente conocido como UK1188, ^[10] no porta la misma mutación N501Y encontrada en B.1.1 .7 , 501.V2 y P.1 , pero lleva la misma mutación E484K que se encuentra en las variantes P.1, P.2 y 501.V2, y también lleva la misma deleción ΔH69 / ΔV70 (una deleción de la aminoácidos histidina y valina en las posiciones 69 y 70) como se encuentra en B.1.1.7, variante N439K (B.1.141 y B.1.258) y variante Y453F ( Grupo 5 ). ^[88]B.1.525 se diferencia de todas las demás variantes por tener tanto la mutación E484K como una nueva mutación F888L (una sustitución de fenilalanina (F) por leucina (L) en el dominio S2 de la proteína de pico). Hasta el 5 de marzo, se había detectado en 23 países, incluidos Reino Unido , Dinamarca , Finlandia , Noruega , Países Bajos , Bélgica , Francia , España , Nigeria , Ghana , Jordania , Japón , Singapur , Australia , Canadá ,Alemania , Italia , Eslovenia , Austria , Malasia , Suiza , la República de Irlanda y Estados Unidos . ^{[89] [90] [91] [31] [92] [93] [94]} También se ha informado en Mayotte , el departamento / región de ultramar de Francia . ^[89] Los primeros casos se detectaron en diciembre de 2020 en el Reino Unido y Nigeria, y al 15 de febrero, se había producido con la frecuencia más alta entre las muestras de este último país. ^[31]Hasta el 24 de febrero, se encontraron 56 casos en el Reino Unido. ^[10] Dinamarca, que secuencia todos sus casos de COVID-19, encontró 113 casos de esta variante del 14 de enero al 21 de febrero, de los cuales siete estaban directamente relacionados con viajes al extranjero a Nigeria. ^[90]

Los expertos del Reino Unido lo están estudiando para comprender el riesgo que podría tener. Actualmente se considera una "variante que se está investigando", pero, a la espera de un estudio más a fondo, puede convertirse en una " variante que suscita preocupación ". El profesor Ravi Gupta , de la Universidad de Cambridge, habló con la BBC y dijo que B.1.525 parecía tener "mutaciones significativas" ya observadas en algunas de las otras variantes más nuevas, lo que es en parte tranquilizador ya que su efecto probable es hasta cierto punto más predecible. ^[30]

Linaje P.1

Artículo principal: Lineage P.1

El linaje P.1, denominado Variant of Concern 21JAN-02 ^[10] (anteriormente VOC-202101/02) por Public Health England ^[10] y 20J / 501Y.V3 por Nextstrain , ^{[95] [96]} fue detectado en Tokio el 6 de enero de 2021 por el Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas (NIID). El nuevo linaje se identificó por primera vez en cuatro personas que llegaron a Tokio tras viajar desde el estado brasileño de Amazonas el 2 de enero de 2021. ^[97] El 12 de enero de 2021, el Centro CADDE Brasil-Reino Unido confirmó 13 casos locales del nuevo linaje P.1. en la selva amazónica. ^[27]Esta variante de SARS-CoV-2 se ha denominado linaje P.1 (aunque es descendiente de B.1.1.28, el nombre B.1.1.28.1 no está permitido y, por lo tanto, el nombre resultante es P.1), y tiene 17 cambios de aminoácidos únicos, 10 de los cuales en su proteína de pico, incluidas las tres mutaciones preocupantes: N501Y , E484K y K417T. ^{[27] [98] [99] [100]}

El nuevo linaje estuvo ausente en las muestras recolectadas de marzo a noviembre de 2020 en Manaus, estado de Amazonas , pero se detectó para la misma ciudad en el 42% de las muestras del 15 al 23 de diciembre de 2020, seguido por el 52,2% durante el 15 al 31 de diciembre y 85,4% durante el 1 al 9 de enero de 2021. ^[27] Un estudio brasileño separado identificó otro sublinaje del linaje B.1.1.28 que circula en el estado de Río de Janeiro , ahora llamado linaje P.2, ^[101] que alberga la mutación E484K pero no la mutación N501Y y K417T. ^{[102] [103]} El linaje P.2 evolucionó de forma independiente en Río de Janeiro sin estar directamente relacionado con el linaje P.1 de Manaus. ^[27]

Un estudio encontró que las infecciones por P.1 pueden producir casi diez veces más carga viral en comparación con las personas infectadas por otro linaje brasileño (B.1.1.28 o B.1.195). P.1 también mostró una transmisibilidad 2.2 veces mayor con la misma capacidad de infectar tanto a adultos como a personas mayores, lo que sugiere que los linajes P.1 tienen más éxito en infectar a humanos más jóvenes sin diferencia de género. ^[104]

Un estudio de muestras recolectadas en Manaos entre noviembre de 2020 y enero de 2021, indicó que el linaje P.1 es 1.4-2.2 veces más transmisible y demostró ser capaz de evadir entre el 25% y el 61% de la inmunidad heredada de enfermedades anteriores por coronavirus, lo que lleva a la posibilidad de reinfección después de la recuperación de una infección anterior por COVID-19. En cuanto a la tasa de letalidad, las infecciones por P.1 también resultaron ser entre un 10 y un 80% más letales. ^{[105] [106] [29]}

Un estudio de vacunas encontró que las personas completamente vacunadas con Pfizer y Moderna tienen un efecto de neutralización significativamente menor contra P.1, lo que significa que la persona vacunada correría un mayor riesgo de contraer una infección leve por P.1 y, sin embargo, aún está 100% protegida contra una posible hospitalización o muerte. . ^[107]

Los datos preliminares de dos estudios indican que la vacuna Oxford-AstraZeneca es eficaz contra la variante P.1, aunque todavía no se ha publicado el nivel exacto de eficacia. ^{[108] [109]} Los datos preliminares de un estudio realizado por el Instituto Butantan sugieren que CoronaVac también es eficaz contra la variante P.1, y el estudio se ampliará para obtener datos definitivos. ^[110]

Linaje P.3

El 18 de febrero de 2021, el Departamento de Salud de Filipinas confirmó la detección de dos mutaciones de COVID-19 en Visayas centrales después de que se enviaran muestras de pacientes para someterse a la secuenciación del genoma. Posteriormente, las mutaciones se denominaron E484K y N501Y, que se detectaron en 37 de 50 muestras, y ambas mutaciones coexistieron en 29 de ellas. No había nombres oficiales para las variantes y aún no se había identificado la secuencia completa. ^[111]

El 13 de marzo, el Departamento de Salud confirmó que las mutaciones constituyen una variante que fue designada como linaje P.3. ^[112] El mismo día, también confirmó el primer caso de Linaje P.1 COVID-19 en el país. Aunque las variantes P.1 y P.3 provienen del mismo linaje B.1.1.28 , el departamento dijo que aún no se ha determinado el impacto de la variante P.3 en la eficacia y transmisibilidad de la vacuna. El Filipinas tenía 98 casos de la variante P.3 el 13 de marzo. ^[113] El 12 de marzo se anunció que también se había detectado P.3 en Japón . ^{[114] [115]} El 17 de marzo, el Reino Unido confirmó sus dos primeros casos, ^[116]donde PHE lo denominó VUI-21MAR-02. ^[10]

Mutaciones de sentido erróneo notables

D614G

Prevalencia logarítmica de D614G en 2020 según secuencias en la base de datos GISAID ^[117]

D614G es una mutación sin sentido que afecta a la proteína de pico del SARS-CoV-2. La frecuencia de esta mutación en la población viral ha aumentado durante la pandemia. G ( glicina ) ha reemplazado a D ( ácido aspártico ) en la posición 614 en muchos países, especialmente en Europa, aunque más lentamente en China y el resto del este de Asia, lo que respalda la hipótesis de que G aumenta la tasa de transmisión, lo cual es consistente con títulos virales más altos. e infectividad in vitro. ^{[3] Los} investigadores con la herramienta PANGOLIN apodaron esta mutación "Doug". ^[118]

En julio de 2020, se informó que la variante D614G SARS-CoV-2 más infecciosa se había convertido en la forma dominante en la pandemia. ^{[119] [120] [121] [122]} PHE confirmó que la mutación D614G tenía un "efecto moderado sobre la transmisibilidad" y se estaba rastreando internacionalmente. ^[123]

La prevalencia global de D614G se correlaciona con la prevalencia de pérdida del olfato ( anosmia ) como síntoma de COVID-19, posiblemente mediada por una mayor unión del RBD al receptor ACE2 o una mayor estabilidad proteica y, por tanto, una mayor infectividad del epitelio olfatorio . ^[124]

Las variantes que contienen la mutación D614G se encuentran en el clado G por GISAID ^[3] y el clado B.1 por la herramienta PANGOLIN . ^[3]

E484K

El nombre de la mutación, E484K, se refiere a un intercambio mediante el cual el ácido glutámico (E) se reemplaza por lisina (K) en la posición 484. ^[125] Se le conoce como "Eeek". ^[118]

Se ha informado que E484K es una mutación de escape (es decir, una mutación que mejora la capacidad de un virus para evadir el sistema inmunológico del huésped ^{[126] [127]} ) de al menos una forma de anticuerpo monoclonal contra el SARS-CoV-2, lo que indica que puede ser un "posible cambio de antigenicidad ". ^[128] El P.1. linaje descrito en Japón y Manaus, ^[27] el linaje P.2 (también conocido como linaje B.1.1.248, Brasil) ^[102] y 501.V2 (Sudáfrica) exhiben esta mutación. ^[128] También se ha detectado un número limitado de genomas de B.1.1.7 con la mutación E484K. ^[129]Se informa que los anticuerpos monoclonales y derivados del suero son de 10 a 60 veces menos efectivos para neutralizar virus que portan la mutación E484K. ^{[130] [26]} El 2 de febrero de 2021, científicos médicos del Reino Unido informaron de la detección de E484K en 11 muestras (de 214.000 muestras), una mutación que puede comprometer la eficacia actual de la vacuna. ^{[131] [132]}

N501Y

N501Y denota un cambio de asparagina (N) a tirosina (Y) en la posición de aminoácido 501. ^[123] N501Y ha sido apodado "Nelly". ^[118]

Este cambio se cree por PHE para aumentar la afinidad de unión debido a su posición dentro de la espiga glicoproteína 's dominio de unión al receptor , que se une ACE2 en las células humanas; los datos también apoyan la hipótesis de una mayor afinidad de unión a partir de este cambio. ^[133] Las variantes con N501Y incluyen P.1 (Brasil / Japón), ^{[128] [27]} Variant of Concern 20DEC-01 (Reino Unido), 501.V2 (Sudáfrica) y COH.20G / 501Y ( Columbus, Ohio ). Esta última se convirtió en la forma dominante del virus en Columbus a finales de diciembre de 2020 y enero y parece haber evolucionado independientemente de otras variantes. ^{[134] [135]}

S477G / N

En varios estudios se identificó una región altamente flexible en el dominio de unión al receptor (RBD) del SARS-CoV-2, comenzando desde el residuo 475 y continuando hasta el residuo 485, utilizando métodos bioinformáticos y estadísticos. La Universidad de Graz ^[136] y la Biotech Company Innophore ^[137] han demostrado en una publicación reciente que, estructuralmente, la posición S477 muestra la mayor flexibilidad entre ellas. ^[138]

Al mismo tiempo, S477 es hasta ahora el residuo de aminoácido intercambiado con mayor frecuencia en los RBD de mutantes de SARS-CoV-2. Mediante el uso de simulaciones de dinámica molecular de RBD durante el proceso de unión a hACE2, se ha demostrado que tanto S477G como S477N fortalecen la unión del pico de SARS-COV-2 con el receptor hACE2. El desarrollador de vacunas BioNTech ^{[139] hizo} referencia a este intercambio de aminoácidos como relevante con respecto al diseño futuro de la vacuna en una preimpresión publicada en febrero de 2021. ^[140]

P681H

Prevalencia logarítmica de P681H en 2020 según secuencias en la base de datos GISAID ^[117]

En enero de 2021, los científicos informaron en una preimpresión que la mutación 'P681H', un rasgo característico de las nuevas variantes significativas del SARS-CoV-2 detectadas en el Reino Unido (B.1.1.7) y Nigeria (B.1.1.207), muestra un aumento exponencial significativo en la frecuencia mundial, similar al 'D614G' que ahora prevalece en todo el mundo. ^{[141] [117]}

Detección y evaluación de nuevas variantes

El 26 de enero de 2021, el gobierno británico dijo que compartiría sus capacidades de secuenciación genómica con otros países para aumentar la tasa de secuenciación genómica y rastrear nuevas variantes, y anunció una "Plataforma de evaluación de nuevas variantes". ^[142] En enero de 2021 ^[update], más de la mitad de toda la secuenciación genómica de COVID-19 se llevó a cabo en el Reino Unido. ^[143]

Origen de las variantes

Los investigadores han sugerido que pueden surgir múltiples mutaciones en el curso de la infección persistente de un paciente inmunodeprimido , particularmente cuando el virus desarrolla mutaciones de escape bajo la presión de selección del anticuerpo o el tratamiento con plasma convaleciente , ^{[144] [145]} con las mismas deleciones en la superficie. antígenos que se repiten repetidamente en diferentes pacientes. ^[146]

Eficacia diferencial de la vacuna

Ver también: vacuna COVID-19 § Eficacia

Más información: variante 501.V2 § Evasión de vacunas

La aparición de una variante del SARS-CoV-2 que sea moderada o totalmente resistente a la respuesta de anticuerpos provocada por la generación actual de vacunas COVID-19 puede requerir la modificación de las vacunas. ^{[147] Los} ensayos indican que muchas vacunas desarrolladas para la cepa inicial tienen menor eficacia para algunas variantes contra el COVID-19 sintomático. ^[148] En febrero de 2021, la Administración de Alimentos y Medicamentos de EE. UU . Creía que todas las vacunas autorizadas por la FDA seguían siendo eficaces para proteger contra las cepas circulantes del SARS-CoV-2. ^{[147] Los} primeros resultados sugieren la protección de la variante del Reino Unido de las vacunas Pfizer y Moderna. ^[149] Un estudio indicó que la vacuna Oxford-AstraZenecatuvo una eficacia del 42 al 89% frente a la variante B.1.1.7, frente al 71 al 91% frente a las variantes no B.1.1.7. ^[150] Los datos preliminares de un ensayo clínico indicaron que la vacuna Novavax fue ~ 96% efectiva para los síntomas contra la variante original, ~ 86% contra B.1.1.7 y ~ 60% contra la variante "sudafricana" B.1.351 . ^[151]

Variante 501.V2

Moderna ha lanzado una prueba de una nueva vacuna para combatir la variante sudafricana 501.V2 (también conocida como B.1.351). ^[152] El 17 de febrero de 2021, Pfizer anunció que la actividad de neutralización se redujo en dos tercios para la variante 501.V2, mientras que aún no afirmaba que pudiera hacerse ninguna afirmación sobre la eficacia de la vacuna para prevenir la enfermedad de esta variante. ^[153]

En enero, Johnson & Johnson, que realizó ensayos para su vacuna Ad26.COV2.S en Sudáfrica, informó que el nivel de protección contra la infección por COVID-19 de moderada a grave era del 72% en los Estados Unidos y del 57% en Sudáfrica. ^[154]

El 6 de febrero de 2021, el Financial Times informó que los datos del ensayo provisional de un estudio realizado por la Universidad de Witwatersrand de Sudáfrica en conjunto con la Universidad de Oxford demostraron una eficacia reducida de la vacuna COVID-19 de Oxford-AstraZeneca contra la variante 501.V2 . ^[155] El estudio encontró que en un tamaño de muestra de 2000, la vacuna AZD1222 proporcionó sólo una "protección mínima" en todos los casos de COVID-19, excepto en los más graves. ^[156] El 7 de febrero de 2021, el Ministro de SaludSudáfrica suspendió el despliegue planificado de alrededor de 1 millón de dosis de la vacuna mientras examinan los datos y esperan asesoramiento sobre cómo proceder. ^{[157] [158]}

Ver también

• RaTG13 , el relativo más cercano conocido al SARS-CoV-2
• Prevención de pandemias § Vigilancia y mapeo

Notas

1. En otra fuente, GISAID nombra un conjunto de 7 clados sin el clado O pero que incluye un clado GV. ^[36]
2. Según la OMS, "Los linajes o clados se pueden definir en base a virus que comparten un ancestro común determinado filogenéticamente". ^[37]
3. A partir de enero de 2021^[update], se debe cumplir al menos uno de los siguientes criterios para contar como un clado en el sistema Nextstrain (cita de la fuente): ^[33]

   1. Un clado alcanza> 20% de frecuencia global durante 2 o más meses
   2. Un clado alcanza> 30% de frecuencia regional durante 2 o más meses
   3. Se reconoce un VOC ('variante de preocupación') (se aplica actualmente [6 de enero de 2021] a 501Y.V1 y 501Y.V2)

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Enlaces externos

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