El waterpolo fue disputado por equipos masculinos en los Juegos Asiáticos de 2006 en Doha , Qatar , del 6 al 14 de diciembre de 2006. Diez equipos compitieron en dos grupos de todos contra todos . Todos los juegos se llevaron a cabo en el Centro Acuático Al-Sadd.
El equipo de waterpolo de Filipinas se había retirado de los Juegos Asiáticos, pero la retirada no se comunicó adecuadamente a los organizadores del evento. Así, la selección filipina de waterpolo se mantuvo en el roster de 10 equipos de la competición.