Nació en Londres, hijo del médico William Heberden el Viejo y su esposa Mary Wollaston. Fue educado en Charterhouse School y St John's College, Oxford y siguió a su padre en la medicina convirtiéndose en médico en St George's Hospital (1793–1803) y médico ordinario de la reina (1806) y Jorge III (1809).
Murió en 1845 y fue enterrado en el panteón familiar en Windsor. Se había casado con Elizabeth Catherine Miller en 1795; tenían al menos nueve hijos.
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