Nacido en Hamburgo, Auhagen estudió musicología, historia del arte y filosofía en la Georg-August-Universität Göttingen desde 1973 hasta 1982. Allí se doctoró con la tesis [1] y en 1992 con una tesis sobre el tema Experimentelle Untersuchungen zur auditiven Tonalitätsbestimmung in Melodien habilitado . Enseña en la Martin-Luther-Universität Halle-Wittenberg . Desde 2005, Auhagen es miembro extranjero de la Akademie gemeinnütziger Wissenschaften zu Erfurt .
De 2006 a 2010 fue Vicedecano de la Facultad de Filosofía II de la Universidad Martin Luther Halle-Wittenberg y de 2009 a 2017 Presidente de la Gesellschaft für Musikforschung .