Avibase es una base de datos taxonómica en línea que organiza datos taxonómicos y de distribución de aves a nivel mundial. En esencia, la base de datos se basa en la noción de conceptos taxonómicos . [se necesita aclaración ] [1] [2] en lugar de nombres taxonómicos [3] (ver también [4] [5] [6] para la justificación del uso de conceptos taxonómicos). Avibase incorpora y organiza datos taxonómicos de las principales editoriales taxonómicas de aves ( The Clements Checklist of Birds of the World , [7] Handbook of the Birds of the World , BirdLife International , [8] Lista de verificación de la COI [9] y la Lista de verificación completa de Howard y Moore de las aves del mundo [10] ) y otras fuentes regionales (por ejemplo, todas las ediciones de la Lista de verificación de aves norteamericanas de la Sociedad Ornitológica Estadounidense desde 1886). Los conceptos taxonómicos en más de 230 fuentes taxonómicas diferentes han sido mapeados y referenciados a los conceptos de Avibase.
Tipo de sitio | Base de datos taxonómica |
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Disponible en | 105 idiomas |
Creado por | Denis Lepage |
URL | avibase |
Lanzado | 2003 |
Estado actual | Activo |
El sitio web también ofrece listas de verificación para más de 20.000 regiones geográficas del mundo, páginas de especies con información taxonómica y sinónimos, y herramientas para que los observadores mantengan sus propios avistamientos y obtengan informes (por ejemplo, mapas que muestren países o puntos de acceso de eBird con el número de especies objetivo que faltan en una de sus listas de vida).
Historia y propósito
Avibase ha sido creado y es mantenido por Denis Lepage, actualmente director senior de ciencia y tecnología de datos en Birds Canada . Los datos contenidos en Avibase se han recopilado a partir de 1991. [11] El sitio web de Avibase se lanzó en junio de 2003 y ha sido alojado por Birds Canada (anteriormente Bird Studies Canada) desde sus inicios.
Características
Conceptos taxonómicos . La base de datos está organizada principalmente en torno a una tabla de conceptos taxonómicos únicos. Cada concepto representa una circunscripción biológica única y se le ha asignado un ID alfanumérico único llamado ID Avibase. Los ID de Avibase permiten el seguimiento de conceptos taxonómicos congruentes entre las fuentes de publicación. Hay aproximadamente 58.000 conceptos taxonómicos únicos descritos en Avibase. Estos incluyen conceptos tradicionalmente reconocidos como especies y subespecies , pero también otras agrupaciones taxonómicas (grupos de subespecies), varios tratamientos taxonómicos alternativos reconocidos históricamente y otros conceptos que representan híbridos , morfos de color y formas inválidas o dudosas.
Datos de nomenclatura . Cada nombre científico también se describe para incluir datos de citas y el nombre asociado con la descripción original. Aproximadamente 48.000 actos [ aclaración necesaria ] se han registrado en Avibase, y también están disponibles varios tipos de sinónimos .
Las listas de verificación de especies regionales están disponibles para más de 20.000 regiones del mundo. Esto incluye todos los países, territorios y dependencias, y la mayoría de las regiones definidas en las capas subnacionales de GADM , como provincias, estados, prefecturas, condados, departamentos, municipios y distritos (niveles 1 y 2 de GADM), así como más de 2500 islas. Las listas de verificación regionales están disponibles en varios formatos taxonómicos y también pueden incorporar nombres comunes en una variedad de idiomas. Los datos para las listas de verificación regionales provienen de una gran cantidad de fuentes, como el conjunto de datos EBD de eBird y foros como Facebook Global Rare Bird Alert.
Los nombres comunes y sinónimos están disponibles en 271 idiomas diferentes y variantes regionales, y hay 21 idiomas que tienen una cobertura superior al 85% de las especies con un nombre común conocido.
MyAvibase , lanzado en 2013, proporciona herramientas gratuitas para los usuarios que desean mantener sus listas de vida y generar informes que se centran en encontrar especies objetivo que el observador aún no ha visto (dónde ir, qué ver, cuándo ir, cuánto tiempo para visitar), o estadísticas regionales generales (por ejemplo, número total de especies por país).
Uso de la información de la base de datos
Avibase se utiliza como fuente de datos en muchas publicaciones web y revisadas por pares. Por ejemplo, a menudo se utiliza como fuente principal en Wikipedia . También se ha citado, y sus datos se han utilizado, en más de 600 publicaciones, [12] particularmente en los campos de la ecología, [13] conservación, [14] parasitología, [15] salud humana, [16] taxonomía [ 17] [18] y bioinformática . [19]
Los ID de Avibase se utilizan como una forma de resolver ambigüedades en los nombres científicos de las aves, y han sido adoptados por la Lista de verificación de aves de América del Norte de AOS , [20] y están disponibles en el proyecto de taxón Wikidata . [21] Avibase también se utiliza como referencia para la información taxonómica por grupos de investigación como la base de datos de investigación de influenza .
Notas
- ^ "El concepto de 'taxones potenciales' en las bases de datos". Berendsohn WG (1995) Taxon 44: 207–212.
- ^ "Representación del modelo de datos estándar para información taxonómica". Kennedy J, Hyam R, Kukla R, Paterson T (2006). OMICS: Revista de Biología Integrativa 10: 220–230.
- ^ "Avibase: un sistema de base de datos para administrar y organizar conceptos taxonómicos". , Lepage, Denis, Gaurav Vaidya y Robert Guralnick, ZooKeys , 420 (25 de junio de 2014): 117–35.
- ^ "¿Taxonomía para humanos o computadoras? Pragmática cognitiva para Big Data". Sterner, Beckett y Nico M. Franz. 2017. Teoría biológica 12 (2): 99-111.
- ^ Para aumentar la confianza, cambie el diseño social detrás de los datos agregados de biodiversidad. Franz, Nico M. y Beckett W. Sterner. 2018. Base de datos 2018 (enero).
- ^ "Control de la variable taxonómica: resolución del concepto taxonómico para un portal de herbario del sureste de Estados Unidos". Franz, Nico, Edward Gilbert, Bertram Ludäscher y Alan Weakley. 2016. Research Ideas and Outcomes 2 (septiembre): e10610.
- ^ La lista de verificación de eBird / Clements de Birds of the World: v2019 Clements, JF, TS Schulenberg, MJ Iliff, SM Billerman, TA Fredericks, BL Sullivan y CL Wood. 2019.
- ^ Manual de las aves del mundo y la lista de verificación digital de las aves del mundo de BirdLife International. Versión 4. HBW y BirdLife International (diciembre de 2019)
- ^ Lista mundial de aves del COI (v10.1) Gill F, D Donsker y P Rasmussen (Eds). 2020.
- ^ La lista de verificación completa de Howard y Moore de las aves del mundo, versión 4.1 (lista de verificación descargable) Archivado 2020-06-03 en Wayback Machine Christidis et al. 2018.
- ^ "Avibase - La base de datos de aves del mundo" . avibase.bsc-eoc.org .
- ^ "Avibase - La base de datos de aves del mundo" . avibase.bsc-eoc.org .
- ^ "Las medidas de aislamiento evolutivo global pueden capturar especies clave de conservación local en comunidades de aves neárticas y neotropicales". Redding, David W., Arne O. Mooers, Çağan H. Şekercioğlu y Ben Collen. 2015. Transacciones filosóficas de la Royal Society B: Biological Sciences 370 (1662): 20140013.
- ^ "Conservación en América Austral y Neotropical: Creación de capacidad científica a la altura de los desafíos". Rodríguez, Jon Paul, Javier A. Simonetti, Andrea Premoli y Miguel Ângelo Marini. 2005. Conservation Biology 19 (3): 969–72.
- ^ "Asociaciones inesperadas de ácaros de aves y plumas reveladas por metabarcoding de ADN descubre un escenario ecoevolutivo dinámico". Doña, Jorge, David Serrano, Sergey Mironov, Alicia Montesinos ‐ Navarro y Roger Jovani. 2019. Molecular Ecology 28 (2): 379–90.
- ^ "Impulsores globales de la riqueza y prevalencia de patógenos humanos". Dunn, Robert R., T. Jonathan Davies, Nyeema C. Harris y Michael C. Gavin. 2010. Actas de la Royal Society B: Biological Sciences 277 (1694): 2587–95.
- ^ "Coordinación del disenso como alternativa a la clasificación por consenso: conocimientos de la sistemática para bio-ontologías". Sterner, Beckett, Joeri Witteveen y Nico Franz. 2020. Historia y Filosofía de las Ciencias de la Vida 42 (1): 8.
- ^ "La taxonomía necesita pluralismo, pero uno controlado y manejable". . Minelli, Alessandro. 2020. Megataxa 1 (1): 9–18.
- ^ "Un conjunto de datos de referencia estandarizados para la resolución de nombres de taxón de vertebrados". Zermoglio, Paula F., Robert P. Guralnick y John R. Wieczorek. 2016. PLoS ONE 11 (1): e0146894.
- ^ "Lista de verificación de aves de América del Norte (en línea)". Chesser, RT, KJ Burns, C. Cicero, JL Dunn, AW Kratter, IJ Lovette, PC Rasmussen, JV Remsen, Jr., DF Stotz y K. Winker. 2019. Sociedad Americana de Ornitología.
- ^ "Proyecto de taxón Wikidata" .
Referencias
- Mitch, Leslie (2004), "Donde se atreven las águilas y los gorriones", Science , 304 : 935, JSTOR 3836936
- Lepage, Denis; Vaidya, Gaurav; Gulralnick, Robert (2014), "Avibase: un sistema de base de datos para administrar y organizar conceptos taxonómicos", ZooKeys (420): 117-135, doi : 10.3897 / zookeys.420.7089 , PMC 4109484 , PMID 25061375
- ¿Lo que hay en un nombre? Cambiando los significados de los nombres biológicos , Pensoft Publishers, 2014
- Remsen, David (2016), "The Use and Limits of Scientific Names in Biological Informatics", ZooKeys (550): 207–223, doi : 10.3897 / zookeys.550.9546 , PMC 4741222 , PMID 26877660
- Dickinson, Edward C. (2016), "Reforzar los fundamentos de la nomenclatura ornitológica: llenar los vacíos en el legado histórico de exploración bibliográfica de Sherborn y Richmond", ZooKeys (550): 107-134, doi : 10.3897 / zookeys.550.9546 , PMID 26877660
- Más duro, Beckett; Franz, Nico M. (2017), "Taxonomy for Humans or Computers? Cognitive Pragmatics for Big Data" , Biological Theory , 12 (2): 99-111, doi : 10.1007 / s13752-017-0259-5 , S2CID 90423947
- Christidis, Les; Garnett, Stephen T. (2017), "La anarquía taxonómica obstaculiza la conservación", Nature , 546 (7656): 25-27, Bibcode : 2017Natur.546 ... 25G , doi : 10.1038 / 546025a , PMID 28569833
- Vaidya, Gaurav; Lepage, Denis; Gulralnick, Robert (2018), "El tempo y el modo del proceso de corrección taxonómica: cómo los taxónomos han corregido y vuelto a corregir las especies de aves norteamericanas durante los últimos 127 años", PLOS One , 13 (4): e0195736, Bibcode : 2018PLoSO .. 1395736V , doi : 10.1371 / journal.pone.0195736 , PMID 29672539
enlaces externos
- Página web oficial