El dominio de unión al ADN B3 (DBD) es un dominio altamente conservado que se encuentra exclusivamente en factores de transcripción (≥40 especies) ( Pfam PF02362 ) combinado con otros dominios ( InterPro : IPR003340 ). Consta de 100-120 residuos, incluye siete hebras beta y dos hélices alfa que forman un pliegue de proteína pseudobarrel de unión al ADN ( SCOP 117343 ); interactúa con el surco principal del ADN . [1]
Dominio de unión al ADN B3 | ||||||||||
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Identificadores | ||||||||||
Símbolo | B3_domain | |||||||||
Pfam | PF02362 | |||||||||
InterPro | IPR003340 | |||||||||
PROSITE | PS50863 | |||||||||
SCOP2 | 1wid / SCOPe / SUPFAM | |||||||||
CDD | cd10017 | |||||||||
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Familias B3
En Arabidopsis thaliana , hay tres familias principales de factores de transcripción que contienen el dominio B3: [2]
- ARF ( Actores A uxin R esponse F )
- ABI3 ( AB scisic acid I nsensitive 3 )
- RAV ( R eufórico a A BI3 / V P1)
proteína | ARF1- B3 | ABI3- B3 | RAV1- B3 |
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Estructura B3 derivada de | modelo molecular [1] | modelo molecular [1] | RMN [1] |
Secuencia de reconocimiento B3 | TGTCTC [3] [4] | CATGCA [5] [6] | CACCTG [7] |
PDB : 1WID [1] y PDB : 1YEL [8] son soloestructuras de fase de solución de RMN conocidas deldominio de unión al ADN B3.
Proteínas relacionadas
El dominio N-terminal de la endonucleasa de restricción EcoRII ; el dominio C-terminal de la endonucleasa de restricción BfiI posee un pliegue de proteína pseudobarrel de unión a ADN similar . [9] [10]
Ver también
- Endonucleasa de restricción EcoRII
- Auxina
- Ácido abscísico
Referencias
- ^ a b c d e Yamasaki K, Kigawa T, Inoue M, Tateno M, Yamasaki T, Yabuki T, Aoki M, Seki E, Matsuda T, Tomo Y, Hayami N, Terada T, Shirouzu M, Osanai T, Tanaka A , Seki M, Shinozaki K, Yokoyama S (2004). "Estructura de la solución del dominio de unión al ADN B3 del factor de transcripción sensible al frío de Arabidopsis RAV1" . Célula vegetal . 16 (12): 3448–59. doi : 10.1105 / tpc.104.026112 . PMC 535885 . PMID 15548737 .
- ^ Riechmann JL, Heard J, Martin G, Reuber L, Jiang C, Keddie J, Adam L, Pineda O, Ratcliffe OJ, Samaha RR, Creelman R, Pilgrim M, Broun P, Zhang JZ, Ghandehari D, Sherman BK, Yu G (2000). "Factores de transcripción de Arabidopsis: análisis comparativo de todo el genoma entre eucariotas". Ciencia . 290 (5499): 2105–10. Código Bibliográfico : 2000Sci ... 290.2105R . doi : 10.1126 / science.290.5499.2105 . PMID 11118137 .
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- ^ Tiwari SB, Hagen G, Guilfoyle TJ (2003). "Las funciones de los dominios del factor de respuesta de auxina en la transcripción que responde a auxinas" . Célula vegetal . 15 (2): 533–43. doi : 10.1105 / tpc.008417 . PMC 141219 . PMID 12566590 .
- ^ Suzuki M, Kao CY, McCarty DR (1997). "El dominio B3 conservado de VIVIPAROUS1 tiene una actividad cooperativa de unión al ADN" . Célula vegetal . 9 (5): 799–807. doi : 10.1105 / tpc.9.5.799 . PMC 156957 . PMID 9165754 .
- ^ Ezcurra I, Wycliffe P, Nehlin L, Ellerström M, Rask L (2000). "La transactivación del promotor de Brassica napus napin por ABI3 requiere la interacción de los dominios conservados B2 y B3 de ABI3 con diferentes elementos cis: B2 media la activación a través de un ABRE, mientras que B3 interactúa con un RY / G-box". Plant J . 24 (1): 57–66. doi : 10.1046 / j.1365-313x.2000.00857.x . PMID 11029704 .
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- ^ Waltner, JK; Peterson, FC; Lytle, BL; Volkman, BF (2005). "Estructura del dominio B3 de la proteína At1g16640 de Arabidopsis thaliana" . Protein Sci . 14 (9): 2478–83. doi : 10.1110 / ps.051606305 . PMC 2253459 . PMID 16081658 .
- ^ Zhou XE, Wang Y, Reuter M, Mücke M, Krüger DH, Meehan EJ, Chen L (2004). "La estructura cristalina de la endonucleasa de restricción de tipo IIE EcoRII revela un mecanismo de autoinhibición mediante un nuevo pliegue de unión al efector". J. Mol. Biol . 335 (1): 307-19. doi : 10.1016 / j.jmb.2003.10.030 . PMID 14659759 .
- ^ Grazulis S, Manakova E, Roessle M, Bochtler M, Tamulaitiene G, Huber R, Siksnys V (2005). "La estructura de la enzima de restricción BfiI independiente de metales revela la fusión de un dominio de unión al ADN específico con una nucleasa no específica" (PDF) . Proc. Natl. Acad. Sci. USA . 102 (44): 15797–802. Código bibliográfico : 2005PNAS..10215797G . doi : 10.1073 / pnas.0507949102 . PMC 1266039 . PMID 16247004 .
enlaces externos
- Base de datos DBD de factores de transcripción predichos Archivado el 4 de diciembre de 2008 en la Wayback Machine.Kummerfeld SK, Teichmann SA (2006). "DBD: una base de datos de predicción de factores de transcripción" . Ácidos nucleicos Res . 34 (Problema de la base de datos): D74–81. doi : 10.1093 / nar / gkj131 . PMC 1347493 . PMID 16381970 . Utiliza un conjunto curado de dominios de unión al ADN para predecir los factores de transcripción en todos los genomas completamente secuenciados.
- Clasificación en la tabla "Factores de transcripción" según la base de datos Transfac .
- Base de datos de factores de transcripción de Arabidopsis
- B3 Archivado el 17 de octubre de 2019 en Wayback Machine , RAV y ARF Archivado el 17 de octubre de 2019 en la familia Wayback Machine en PlantTFDB: Base de datos de factores de transcripción de plantas