BioLinux es un término utilizado en una variedad de proyectos relacionados con facilitar el acceso al software de bioinformática en una plataforma Linux utilizando uno o más de los siguientes métodos:
- Suministro de sistemas completos
- Suministro de repositorios de software bioinformático
- Adición de paquetes de bioinformática a distribuciones estándar
- DVD / CD en vivo con software bioinformático agregado
- Sistemas de apoyo y construcción comunitaria
Ahora hay varios proyectos con objetivos similares, tanto en sistemas Linux como en otros Unices, y a continuación se ofrece una selección de estos. También hay una descripción general en el Boletín del Servicio de Ayuda de Bioinformática Canadiense [1] que detalla algunos de los proyectos basados en Linux.
Repositorios de paquetes
sombrero rojo
Los repositorios de paquetes son generalmente específicos de la distribución de Linux que utiliza el bioinformático. Varias variantes de Linux prevalecen en el trabajo de bioinformática. Fedora es una versión distribuida libremente del sistema comercial de Red Hat . Red Hat se utiliza ampliamente en el mundo empresarial, ya que ofrece soporte comercial y paquetes de formación. Fedora Core es un derivado de Red Hat respaldado por la comunidad y es popular entre aquellos a quienes les gusta el sistema de Red Hat pero no requieren soporte comercial. Muchos usuarios de aplicaciones bioinformáticas han producido RPM (formato de paquete de Red Hat) diseñados para funcionar con Fedora, que potencialmente también puede instalar en sistemas Red Hat Enterprise Linux . Otras distribuciones como Mandriva y SUSE usan RPM, por lo que estos paquetes también pueden funcionar en estas distribuciones.
Debian
Debian es otra distribución de Linux muy popular en uso en muchas instituciones académicas, y algunos bioinformáticos han puesto a disposición sus propios paquetes de software para esta distribución en formato deb .
Slackware
Slackware es una de las distribuciones de Linux menos utilizadas . Es popular entre aquellos que tienen un mejor conocimiento del sistema operativo Linux y que prefieren la línea de comandos sobre las distintas GUI disponibles. Los paquetes están en formato tgz o tgx. La distribución en vivo más conocida basada en Slackware es Slax y se ha utilizado como base para muchas de las distribuciones bioinformáticas.
Apple / Mac
Muchos paquetes de Linux son compatibles con Mac OS X y hay varios proyectos que intentan facilitar la instalación de paquetes de Linux seleccionados (incluido el software de bioinformática) en una computadora con Mac OS X. (¿fuente?)
DVD / CD en vivo
Los Live DVD o CD no son una forma ideal de proporcionar informática bioinformática, ya que se ejecutan desde una unidad de CD / DVD. Esto significa que son más lentos que una instalación de disco duro tradicional y tienen una capacidad limitada de configuración. Sin embargo, pueden ser adecuados para proporcionar soluciones ad hoc donde no hay ningún otro acceso de Linux disponible, e incluso pueden usarse como base para una instalación de Linux.
Distribuciones estándar con buen soporte bioinformático
En general, las distribuciones de Linux tienen una amplia gama de paquetes oficiales disponibles, pero esto generalmente no incluye mucho apoyo científico. Hay excepciones, como las que se detallan a continuación.
- Gentoo Linux
Gentoo Linux proporciona más de 156 aplicaciones de bioinformática (ver manada de ciencia y biología de Gentoo en el árbol principal ) en forma de ebuilds , que construyen las aplicaciones a partir del código fuente. 315 paquetes adicionales están en la superposición científica de Gentoo (para pruebas).
Aunque es un sistema muy flexible con un excelente soporte de la comunidad, el requisito de instalar desde el código fuente significa que los sistemas Gentoo suelen ser lentos de instalar y requieren un mantenimiento considerable. Es posible reducir parte del tiempo de compilación utilizando un servidor central para generar paquetes binarios. Por otro lado, puede ajustar todo para que se ejecute a la velocidad más alta utilizando lo mejor de su procesador (por ejemplo, para usar las instrucciones de la CPU SSE y AVX y AVX2). Las distribuciones basadas en binarios generalmente proporcionan binarios usando solo i686 o incluso solo conjuntos de instrucciones i386.
- FreeBSD
FreeBSD no es una distribución de Linux, pero como es una versión de Unix es muy similar. Sus puertos son como los ebuilds de Gentoo y se aplican las mismas advertencias. Sin embargo, también hay paquetes binarios precompletados disponibles. Hay más de 60 aplicaciones de ciencias biológicas y se enumeran en el sitio Fresh Ports [2] .
- Debian
Hay más de cien paquetes de bioinformática proporcionados como parte de la instalación estándar de Debian. Los paquetes NEBC Bio-Linux [3] también se pueden instalar en un sistema Debian estándar siempre que el paquete bio-linux-base también esté instalado. Esto crea un directorio / usr / local / bioinf donde nuestros otros paquetes instalan su software. Los paquetes Debian también pueden funcionar en Ubuntu Linux u otras instalaciones derivadas de Debian.
Sistemas de apoyo y construcción comunitaria
Brindar soporte y documentación debe ser una parte importante de cualquier proyecto de BioLinux, para que los científicos que no son especialistas en TI puedan encontrar rápidamente respuestas a sus problemas específicos. Los foros de soporte o las listas de correo también son útiles para difundir conocimientos dentro de la comunidad de investigación. Algunos de estos recursos están vinculados aquí.