BioSLAX es un Live CD / Live DVD / Live USB que comprende un conjunto de más de 300 herramientas bioinformáticas y conjuntos de aplicaciones. Ha sido lanzado por la Unidad de Recursos de Bioinformática del Instituto de Ciencias de la Vida (LSI), Universidad Nacional de Singapur (NUS) y se puede arrancar desde cualquier PC que permita una opción de arranque de CD / DVD o USB y ejecute el sabor Slackware comprimido de Linux Sistema operativo (SO), también conocido como Slax . Slax fue creado por Tomáš Matějíček en la República Checa utilizando Linux Live Scripts que también desarrolló. El derivado de BioSLAX fue creado por Mark De Silva, Lim Kuan Siong y Tan Tin Wee.
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![]() Varias aplicaciones bio que se ejecutan en BioSLAX | |
Desarrollador | Centro de Bioinformática de la Universidad Nacional de Singapur (recurso) Mark De Silva Lim Kuan Siong Tan Tin Wee |
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Familia OS | Linux |
Estado de trabajo | Actual |
Modelo fuente | Fuente abierta |
Último lanzamiento | v 7.5 / 5 de febrero de 2009 |
Tipo de grano | Núcleo monolítico |
Licencia | Varios |
Página web oficial | www.bioslax.com |
BioSLAX se lanzó por primera vez al plan de estudios de ciencias biológicas de NUS en abril de 2006.
Historia
En enero de 2003, APBioNet recibió una subvención de investigación del Programa Pan Asia Networking (PAN) del IDRC (Canadá) para construir un APBioBox de aplicaciones y paquetes bioinformáticos de uso común con software de computación en red como parte de su esfuerzo por construir un APBioGrid. La plataforma elegida fue el entonces omnipresente Redhat Linux. En marzo de ese mismo año, APBioNet lanzó un esquema de asociación industrial (AIPS) y se asoció con Sun Microsystems para construir BioBox para la plataforma Solaris. Seis meses después, las versiones beta de APBioBox y la biobox de Sun, ahora llamada Bio-Cluster Grid, fueron lanzadas para pruebas beta entre las partes seleccionadas. Los paquetes incluían Globus Grid Toolkit Versión 2.0 y Sun Grid Engine respectivamente. [1]
El 4 de diciembre de 2003, los paquetes de software biobox ahora llamados APBioBox (Redhat Linux) y BioCluster Grid (Sun Solaris) fueron probados en el campo en un Taller de Bioinformática que se llevó a cabo en el Instituto de Ciencia y Tecnología Avanzada (ASTI), Departamento de Ciencia y Tecnología ( DOST), Filipinas con motivo del 70 aniversario del Consejo Nacional de Investigación de Filipinas (NRCP). Diez máquinas Pentium y un par de servidores Sun se incorporaron con éxito a APBioGrid. Este taller y el software probado fueron patrocinados por Sun Microsystems y parcialmente financiados por el IDRC.
En julio de 2004, el Dr. Derek Kiong presentó Knoppix como una plataforma Unix (basada en Debian) estable, potente y de tamaño reducido a A / Prof Tan Tin Wee en un taller organizado por el Instituto de Ciencia de Sistemas (ISS), NUS. En septiembre de 2004, a través del Sr. Ong Guan Sin, pudimos crear una plantilla de remasterización de Knoppix mediante la construcción de software en APBioBox más aplicaciones útiles en un prototipo, APBioKnoppix, como un proyecto para el curso práctico del módulo LSM2104 del Departamento de Bioquímica, NUS. . [2] Posteriormente se actualizó en base a Knoppix 4.02 y se lanzó como APBioKnoppix2. [3] Si bien APBioKnoppix se usó ampliamente, se encontró que no se podía expandir fácilmente. Todas las aplicaciones tenían que estar en su lugar antes de la remasterización y esto hacía que la distribución fuera muy inflexible.
En junio de 2005, el Sr. Mark De Silva, de la Unidad de Recursos Bioinformáticos del Instituto de Ciencias de la Vida (LSI), sugirió usar Slax como base para un nuevo Live CD de base biológica debido a su sistema modular, que efectivamente permitía la misma base sistema que se utilizará y varias herramientas o cambios que se incluirán en la parte superior de la base fácilmente agregando módulos individuales con todos los archivos o cambios de la aplicación. Esto eliminó la necesidad de remasterizar todo el sistema cada vez que surgían nuevos programas o cambios, como fue el caso de Knoppix.
En abril de 2006, se lanzó la primera versión de BioSLAX con varias ediciones:
- Edición de usuario estándar (530 MBytes)
- Edición para desarrolladores (700 MBytes)
- Edición de servidor (470 MBytes)
Posteriormente, BioSLAX se utilizó en el módulo de enseñanza de bioinformática dentro de NUS bajo el Currículo de Ciencias de la Vida, así como en varios eventos que se organizaron bajo el paraguas de la Red de Bioinformática de Asia Pacífico (APBioNet). APBioNet es una filial regional de la Sociedad Internacional de Biología Computacional (ISCB). Se crearon versiones personalizadas para adaptarse tanto a NUS como a APBioNet.
En agosto de 2007, en colaboración con APBioNet, se utilizó un BioSLAX personalizado para configurar el Nodo de Recursos Bioinformáticos de Vietnam en Bio-IBT, el Servidor de Recursos Bioinformáticos del Instituto de Biotecnología, Academia de Ciencia y Tecnología de Vietnam, Hanoi, Vietnam. . El nodo Bio-IBT ofreció:
- Repositorio BioMirrors de bases de datos biológicas
- Recurso reflejado NCBI BLAST
- Acceso web a aplicaciones EBI EMBOSS
- Acceso web a la alineación de secuencia múltiple de CLUSTALW
- Acceso web a la alineación de secuencia múltiple de T-Coffee
- Acceso web al paquete de inferencia filogenética PHYLIP
- Acceso web a Sequence Manipulation Suite, SMS2
Los usuarios con acceso SSH al servidor también tenían acceso a muchas más aplicaciones de ciencias biológicas / biológicas basadas en la línea de comandos.
Todo el proyecto se realizó en colaboración con el 1er Taller de Bioinformática UNESCO-IUBMB-FAOBMB-APBioNet en Vietnam, celebrado del 20 al 31 de agosto de 2007, un evento satélite de la 6ª Conferencia Internacional de Bioinformática (InCoB) 2007 en Hong Kong, Hanoi y Nansha.
Algunas versiones de BioSLAX implementadas en instituciones internacionales bajo APBioNet fueron equipadas con una pequeña herramienta que les permitió mapear sus direcciones IP a un nombre de dominio apbionet.org creado dinámicamente, lo que le dio a cada máquina un nombre de dominio completo (FQDN) y presencia en Internet. . [ cita requerida ]
Modularidad
Debido a que Slax funcionaba superponiendo "módulos de aplicación" sobre el sistema operativo Linux base, hizo que toda la distribución fuera modular. La funcionalidad adicional de implementar estos módulos incluso cuando el sistema ya estaba funcionando, hizo que el uso de Slax fuera aún más atractivo. La inclusión del "BioSLAX Module Manager" basado en GUI hizo que este proceso de agregar y quitar módulos dinámicamente fuera aún más fácil.
Los usuarios pudieron probar actualizaciones de software o nuevas versiones y "retroceder" a versiones anteriores si lo deseaban. Esto fue especialmente efectivo si SLAX / BioSLAX se instaló en un medio grabable como una unidad USB.
Versiones
Hasta la fecha, ha habido dos versiones de BioSLAX: BioSLAX 5.x basado en Slax 5 y BioSLAX 7.x basado en Slax 6. Mientras que BioSLAX 5.x siguió los números de versión de Slax 5, BioSLAX 7 adoptó una nueva numeración de versión que es uno superior a la versión Slax en la que se basa. Las últimas versiones se pueden descargar del sitio web de BioSLAX. [4]
BioSLAX 5.x
BioSLAX 5.x se basó en gran medida en la versión 5.1.8 de Slax, que ejecuta versiones anteriores del kernel de Linux 2.6 y KDE 3.4, con unionfs.
Ediciones BioSLAX 5.x
Edición de usuario estándar
Esta edición ejecuta la GUI de KDE X Window y viene con todas las herramientas y conjuntos de aplicaciones, pero no incluye ninguna herramienta de compilación ni el código fuente ni los encabezados del kernel de Linux. Esto es principalmente adecuado para usuarios que solo necesitan usar las herramientas y los conjuntos de aplicaciones. Tiene un tamaño muy pequeño, lo que lo hace fácil de descargar y particularmente conveniente para regiones donde el ancho de banda de Internet es un problema.
Edición de desarrollador
Esta edición ejecuta la GUI de KDE X Window y viene con todas las herramientas y conjuntos de aplicaciones y también incluye un conjunto completo de herramientas de desarrollo y compilación y también incluye el código fuente y los encabezados del kernel de Linux. Esta edición es más para el usuario avanzado, que, además de utilizar las diversas herramientas y aplicaciones, también puede desear compilar nuevas aplicaciones o crear nuevos módulos de aplicación para BioSLAX.
Edición de servidor
Esta edición no incluye ninguna GUI de X Window, herramientas de compilación, fuentes del kernel de Linux o encabezados del kernel. Está destinado principalmente a ser utilizado como un servidor remoto, donde los usuarios tienen que SSH para usar las aplicaciones de línea de comando o conectarse al servidor a través de la web para acceder a los portales disponibles basados en la web a las aplicaciones bio populares.
Edición NUS LSM
Esta edición es la Developer Edition, personalizada para su uso por el Currículo de Ciencias de la Vida de NUS para la enseñanza de la bioinformática .
Edición Taverna
Esta edición es la Developer Edition que incluye TaveRNA . El proyecto TaveRNA tiene como objetivo proporcionar un lenguaje y herramientas de software para facilitar el uso fácil del flujo de trabajo y la tecnología de computación distribuida.
BioSLAX 7.x
BioSLAX 7.x se basa en Slax 6 y presenta las últimas versiones del kernel 2.6 de Linux, KDE 3.5 y utiliza la compresión aufs y lzma. El mayor cambio es el uso de esta versión como cliente o servidor. La distribución también se trasladó de CD a DVD, lo que permitió la introducción de más aplicaciones, que anteriormente se dejaron fuera de la versión 5.x debido a consideraciones de espacio. La capacidad de arrancar desde una unidad USB formateada FAT o EXT también se introdujo en Slax 6, por lo tanto, las versiones de BioSLAX 7.x también tenían esta función, lo que permite efectivamente el manejo de archivos persistentes que no están disponibles en el CD / DVD porque no lo están ) escribible.
BioSLAX 8
Las versiones de BioSLAX posteriores a la 7.x se han retrasado debido a que el desarrollador de la distribución base (Slax), Tomáš Matějíček, se negó a avanzar con una nueva versión debido a compromisos familiares. Sin embargo, su principal razón para no avanzar fue que estaba esperando que Squash FS y LZMA se integraran en el kernel de Linux de forma predeterminada, en lugar de que los usuarios tuvieran que aplicar parches separados. A partir del kernel 2.6.38, finalmente se realizó la integración y esto ha llevado a Tomáš Matějíček a buscar una nueva versión de Slax, que por lo tanto dará como resultado una nueva versión de BioSLAX en los próximos meses. Uno puede seguir sus pensamientos sobre la nueva versión de Slax en su blog. [ necesita actualización? ]
Características
Herramientas estándar
BioSLAX presenta el sistema operativo Linux Slackware 12.1 con controladores actualizados para varios adaptadores de red, incluido el soporte para una gran variedad de tarjetas inalámbricas. También tiene muchas herramientas y aplicaciones básicas útiles como:
- PERL (incluidos los módulos BioPerl )
- PHP
- Apache 2
- MySQL
- OpenOffice.org
- Lector de KPDF
- Mozilla Firefox
- Mozilla Thunderbird
- gFTP
- ProFTPd
- OpenSSH
- Mensajería instantánea Kopete
- Visor de VNC
- Servicios de escritorio remoto
Herramientas de bioinformática
Las herramientas y aplicaciones de bioinformática se subdividen en tres categorías principales.
Aplicaciones de consola
- EXPLOSIÓN
- BlastCL3
- BioGrep
- ClustalW
- REALZAR
- Genesplicer
- GlimmerHMM
- HMMER
- Modelador
- PamL
- Phylip
- Primer3
- Lenguaje de programación R y bioconductor
- T-Coffee
Aplicaciones de escritorio
- ACTUAR
- Artemisa
- ClustalX ( ClustalW basado en GUI )
- JAligner
- Jalview
- jEMBOSS (Java EMBOSS Suite)
- Jmol
- NJPlot
- Pymol
- ReadSEQ
- Vista de árbol
- Weka (aprendizaje automático)
Aplicaciones web
- EXPLOSIÓN WEB
- Web ClustalW
- Phylip web
- Web T-Coffee
- wEMBOSS ( suite EMBOSS basada en web )
- Suite de manipulación de secuencias (SMS)
Instalación en disco duro
Una de las características más intrigantes de las distribuciones basadas en Slax es lo fácil que es convertir el sistema operativo en vivo en un sistema Linux completo instalado en el disco duro de cualquier PC, que ocupará aproximadamente 3,5 GB de espacio.
Se proporciona una herramienta, escrita con el kit de herramientas de KDE Kommander llamada "BioSLAX Installer" para que los usuarios conviertan fácilmente su sistema operativo en vivo en una instalación completa de Linux. Al usar módulos para personalizar la distribución y luego usar el instalador, los usuarios pueden realizar una implementación rápida de clientes personalizados completamente instalados.
Planes futuros
Actualizaciones de BioSLAX
BioSLAX se actualizará a medida que se publiquen versiones más nuevas de Slackware (o Slax). Los conjuntos de herramientas y aplicaciones también serán monitoreados para detectar cambios significativos y se actualizarán según sea necesario. Es posible que se eliminen algunas herramientas para dar paso a otras herramientas que pueden hacer lo mismo pero con una funcionalidad adicional y una mayor eficiencia. Se están analizando más portales basados en la web, por ejemplo, los portales a ReadSeq, Primer3 y Genesplicer están en proceso.
Despliegue de cuadrícula
Los desarrolladores también estaban buscando integrar varias plataformas de computación Grid con BioSLAX. Debido a que BioSLAX se puede iniciar inmediatamente desde cualquier CD / DVD / USB, se puede utilizar como un sistema operativo habilitado para Grid de implementación rápida. Una de esas plataformas Grid fue la plataforma Univa Grid. Usando el agente Univa Grid MP , se demostró durante GridAsia 2009 en una charla dada por Tan Tin Wee, que el agente, una vez modularizado en BioSLAX, puede usarse para habilitar Grid máquinas desde cualquier ubicación como nodos esclavos a un nodo maestro. ubicado en otro lugar, creando efectivamente una "cuadrícula global".
BioSLAX en la nube
En un esfuerzo de prueba de concepto, los desarrolladores implementaron con éxito BioSLAX como instancias en un grupo de recursos utilizando los hipervisores ESXi de VMWare y Citrix Xen . Su objetivo era crear eficazmente una "NUBE de BioSLAX" donde los estudiantes y el personal puedan crear instancias de cualquier número de servidores BioSLAX de forma dinámica para la investigación y la educación (realizar laboratorios prácticos de bioinformática haciendo que los estudiantes se conecten a los servidores a través de clientes X Window adecuados como X-Win32 , VNC , Exceed y NoMachine NX) o implementado de tal manera que cuando se usa junto con el UD Grid mpagent se puede usar para formar un clúster para procesar trabajos grandes.
La prueba de concepto tuvo un gran éxito al ser implementada para investigación y educación para el Currículo de Ciencias de la Vida en NUS y en 2011, varias instancias en la nube de BioSLAX, tanto en servidores VMWare vSphere como Citrix Xen, se utilizaron en el proyecto APBioNet. , BioDB100. Los controles y la automatización de backend fueron creados e implementados utilizando las diversas API para vSphere y Xen por el Sr. Mark De Silva.
Los desarrolladores también estuvieron en conversaciones con Amazon de 2009 a 2010 para implementar imágenes de nube de BioSLAX similares en el EC2 de Amazon , con la esperanza de llevar algunas de sus máquinas de investigación y educación a Amazon, reduciendo los costos de hardware. Sin embargo, las discusiones fracasaron cuando quedó claro que Amazon no iba a admitir la virtualización de hardware completa que se requería para ejecutar imágenes de BioSLAX en la nube. De hecho, admitir solo la paravirtualización es la posición de la mayoría de los proveedores de nube comerciales que utilizan hipervisores Citrix Xen. Hasta que cambie la mentalidad de estas entidades, solo las nubes privadas que ejecutan hipervisores Citrix Xen configuradas para virtualización de hardware completa o nubes VMWare vSphere serán las únicas nubes capaces de ejecutar BioSLAX.
Capturas de pantalla
Ver también
- BioLinux
Referencias
- ^ "Iniciativa de BioGrid de Asia Pacífico" .
- ^ "APBioKnoppix" .
- ^ "APBioKnoppix2" .
- ^ "BioSLAX - BioInformatics LiveCD Suite" .
enlaces externos
- Sitio web de BioSLAX
- Universidad Nacional de Singapur
- Centro de Bioinformática, Universidad Nacional de Singapur
- Instituto de Ciencias de la Vida, Universidad Nacional de Singapur
- Red de bioinformática de Asia Pacífico
- Proyecto BioDB100
- Univa