La evaluación continua de modelos automatizados (CAMEO) es un proyecto de toda la comunidad para evaluar continuamente la precisión y confiabilidad de los servidores de predicción de la estructura de proteínas de una manera totalmente automatizada. [1] CAMEO es un complemento continuo y completamente automatizado del experimento CASP semestral . [2]
Actualmente, [ aclaración necesaria ] CAMEO evalúa predicciones para estructuras proteicas tridimensionales predichas (3D), predicciones de sitios de unión de ligandos en proteínas (LB) y herramientas de estimación de calidad del modelo (QE).
Flujo de trabajo
CAMEO realiza una evaluación ciega de las técnicas de predicción de la estructura de proteínas basadas en las liberaciones semanales de estructuras experimentales recientemente determinadas por el Protein Databank (PDB) . Las secuencias de aminoácidos de las estructuras de proteínas que se lanzarán próximamente se envían a los servidores web participantes. Los servidores web devuelven sus predicciones a CAMEO, y las predicciones recibidas antes de que se publiquen las estructuras experimentales se incluyen en la evaluación de la precisión de la predicción. A diferencia del experimento CASP , la comparación entre la predicción y los datos de referencia está completamente automatizada y, por lo tanto, requiere medidas de distancia numéricas que sean robustas frente a los movimientos de dominio relativos . [3]
Historia
CAMEO se desarrolló [ ¿cuándo? ] como parte del módulo Protein Model Portal [4] de la Base de conocimientos de biología estructural [5] como parte de la Protein Structure Initiative . CAMEO está siendo desarrollado por el grupo de biología estructural computacional en el Instituto Suizo de Bioinformática SIB y el Biozentrum, Universidad de Basilea . [ cita requerida ]
Proyectos anteriores con objetivos similares fueron EVA y LiveBench . [ cita requerida ]
Ver también
Referencias
- ^ Haas, J; Roth, S; Arnold, K; Kiefer, F; Schmidt, T; Bordoli, L; Schwede, T (2013). "The Protein Model Portal - un recurso integral para la estructura de proteínas y la información del modelo" . Base de datos . 2013 : bat031. doi : 10.1093 / database / bat031 . PMC 3889916 . PMID 23624946 .
- ^ Moult, J; Fidelis, K; Kryshtafovych, A; Schwede, T; Tramontano, A (febrero de 2014). "Evaluación crítica de los métodos de predicción de la estructura de proteínas (CASP) - ronda x" . Las proteínas . 82 Supl. 2: 1–6. doi : 10.1002 / prot.24452 . PMC 4394854 . PMID 24344053 .
- ^ Mariani, V; Biasini, M; Barbato, A; Schwede, T (1 de noviembre de 2013). "lDDT: una puntuación libre de superposición local para comparar estructuras y modelos de proteínas utilizando pruebas de diferencia de distancia" . Bioinformática . 29 (21): 2722–8. doi : 10.1093 / bioinformatics / btt473 . PMC 3799472 . PMID 23986568 .
- ^ Arnold, K; Kiefer, F; Kopp, J; Battey, JN; Podvinec, M; Westbrook, JD; Berman, HM; Bordoli, L; Schwede, T (marzo de 2009). "El Portal del Modelo de Proteínas" . Revista de genómica estructural y funcional . 10 (1): 1–8. doi : 10.1007 / s10969-008-9048-5 . PMC 2704613 . PMID 19037750 .
- ^ Gabanyi, MJ; Adams, PD; Arnold, K; Bordoli, L; Carter, LG; Flippen-Andersen, J; Gifford, L; Haas, J; Kouranov, A; McLaughlin, WA; Micallef, DI; Menor, W; Shah, R; Schwede, T; Tao, YP; Westbrook, JD; Zimmerman, M; Berman, HM (julio de 2011). "La base de conocimientos de biología estructural: un portal a las estructuras, secuencias, funciones y métodos de proteínas" . Revista de genómica estructural y funcional . 12 (2): 45–54. doi : 10.1007 / s10969-011-9106-2 . PMC 3123456 . PMID 21472436 .
enlaces externos
- Página de inicio de CAMEO
- Portal de modelos de proteínas