CAZy
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Este artículo trata sobre la base de datos. Para la comunidad en los Estados Unidos, vea Cazy, West Virginia .
CAZy
Contenido
Descripciónbase de datos de enzimas activas en carbohidratos
Contacto
Centro de InvestigaciónAFMB, Centro Nacional Francés de Investigación Científica
LaboratorioGrupo de glucogenómica
Cita primariaLombard & al. (2014) [1]
Acceso
Sitio webhttp://www.cazy.org/
Instrumentos
Webhttp://research.ahv.dk/cazy

http://mothra.ornl.gov/cgi-bin/cat/cat.cgi

http://csbl.bmb.uga.edu/dbCAN/

CAZy es una base de datos de enzimas activas en carbohidratos (CAZymes). [1] [2] La base de datos contiene una clasificación e información asociada sobre las enzimas involucradas en la síntesis, metabolismo y reconocimiento de carbohidratos complejos , es decir , disacáridos , oligosacáridos , polisacáridos y glicoconjugados . En la base de datos se incluyen familias de glucósidos hidrolasas , [3] glucosiltransferasas , [4] polisacáridos liasas , [5] carbohidratos esterasas , [6]y módulos de unión a carbohidratos no catalíticos . [7] La base de datos CAZy también incluye una clasificación de enzimas redox de actividad auxiliar implicadas en la degradación de la lignocelulosa . [8]

CAZy se estableció en 1999 con el fin de proporcionar acceso en línea y constantemente actualizado a la clasificación familiar basada en secuencias de proteínas de CAZymes, [1] que se desarrolló originalmente a principios de la década de 1990 para clasificar las glucósido hidrolasas . [9] Las nuevas entradas se agregan poco después de que aparecen en las publicaciones diarias de GenBank . La rápida evolución de la secuenciación de ADN de alto rendimiento ha resultado en el continuo crecimiento exponencial de la base de datos CAZy, [1] [2] [9] que ahora cubre cientos de miles de secuencias. [10]CAZy continúa siendo curado y desarrollado por el grupo de Glycogenomics en AFMB, un centro de investigación afiliado al Centro Nacional Francés de Investigación Científica y la Universidad de Aix-Marsella . [11] [12]

La base de datos CAZy está acoplada con CAZypedia , que se lanzó en 2007 como una enciclopedia de CAZymes basada en wiki impulsada por la comunidad de investigación . [13]

Clasificación

CAZy identifica familias evolutivamente relacionadas de glicosil hidrolasas utilizando la clasificación introducida por Bernard Henrissat. [3] [9] [14] A estas familias se les asigna un número para identificarlas, por ejemplo, la familia 1 de la glicosil hidrolasa contiene enzimas que poseen un pliegue en barril TIM . Estas familias se agrupan en 14 clanes diferentes que comparten similitudes estructurales. CAZy contiene 94 familias de enzimas glucosil transferasas, [4] 22 familias de polisacáridos lisas [5] y 16 familias de carbohidratos esterasas.

Referencias

  1. ↑ a b c d Lombard, V .; Golaconda Ramulu, H .; Drula, E .; Coutinho, PM; Henrissat, B. (2014). "La base de datos de enzimas activas en carbohidratos (CAZy) en 2013" . Investigación de ácidos nucleicos . 42 (D1): D490 – D495. doi : 10.1093 / nar / gkt1178 . PMC  3965031 . PMID  24270786 .
  2. ↑ a b Cantarel BL, Coutinho PM, Rancurel C, Bernard T, Lombard V, Henrissat B (enero de 2009). "La base de datos de enzimas activas de carbohidratos (CAZy): un recurso experto para la glicogenómica" . Ácidos nucleicos Res . 37 (Problema de la base de datos): D233–8. doi : 10.1093 / nar / gkn663 . PMC 2686590 . PMID 18838391 .  
  3. ↑ a b Henrissat, B .; Davies, G. (1997). "Clasificación estructural y basada en secuencia de glucósido hidrolasas". Opinión actual en biología estructural . 7 (5): 637–644. doi : 10.1016 / S0959-440X (97) 80072-3 . PMID 9345621 . 
  4. ^ a b Coutinho, PM; Deleury, E .; Davies, GJ; Henrissat, B. (2003). "Una clasificación familiar jerárquica en evolución para glicosiltransferasas". Revista de Biología Molecular . 328 (2): 307–317. doi : 10.1016 / S0022-2836 (03) 00307-3 . PMID 12691742 . 
  5. ↑ a b Lombard, V .; Bernard, T .; Rancurel, C .; Brumer, H .; Coutinho, PM; Henrissat, B. (2010). "Una clasificación jerárquica de liasas de polisacáridos para glucogenómica" . Revista bioquímica . 432 (3): 437–444. doi : 10.1042 / BJ20101185 . PMID 20925655 . 
  6. ↑ Nakamura, Aline M .; Nascimento, Alessandro S .; Polikarpov, Igor (2017). "Diversidad estructural de esterasas de carbohidratos" . Investigación e Innovación Biotecnológica . 1 (1): 35–51. doi : 10.1016 / j.biori.2017.02.001 .
  7. ^ Armenta, Silvia; Moreno-Mendieta, Silvia; Sánchez-Cuapio, Zaira; Sánchez, Sergio; Rodríguez-Sanoja, Romina (2017). "Avances en ingeniería molecular de módulos de unión a carbohidratos". Las proteínas . 85 (9): 1602-1617. doi : 10.1002 / prot.25327 . PMID 28547780 . 
  8. ^ Levasseur A, Drula E, Lombard V, Coutinho PM, Henrissat B (marzo de 2013). "Ampliación del repertorio enzimático de la base de datos CAZy para integrar enzimas redox auxiliares" . Biocombustibles Biotechnol . 6 (1): 41. doi : 10.1186 / 1754-6834-6-41 . PMC 3620520 . PMID 23514094 .  
  9. ↑ a b c Davies GJ, Sinnott ML (2008). "Clasificación de lo diverso: las clasificaciones basadas en secuencias de enzimas activas en carbohidratos" (PDF) . El bioquímico . 30 (4): 26–32. doi : 10.1042 / BIO03004026 .
  10. ^ Las estadísticas actuales están disponibles en cadapágina de la sección del módulo de glucósido hidrolasa , glucosiltransferasa , polisacárido liasa , esterasa de carbohidratos , actividad auxiliar y unión de carbohidratos .
  11. ^ "Acerca de" . CAZy.org . Consultado el 3 de septiembre de 2014 .
  12. ^ "AFMB UMR 7257 - UMR7257: CNRS - AIX MARSEILLE UNIV" . www.afmb.univ-mrs.fr . Consultado el 3 de septiembre de 2014 .
  13. ^ Consorcio CAZypedia (2018). "Diez años de CAZypedia: una enciclopedia viva de enzimas activas en carbohidratos" . Glicobiología . 28 (1): 3–8. doi : 10.1093 / glycob / cwx089 . PMID 29040563 . 
  14. ^ Henrissat, B. (1991). "Una clasificación de glicosil hidrolasas basada en similitudes de secuencia de aminoácidos" . La revista bioquímica . 280 (Parte 2): 309–316. doi : 10.1042 / bj2800309 . PMC 1130547 . PMID 1747104 .  

enlaces externos

  • "CAZy - Base de datos de enzimas activas en carbohidratos" . Architecture et Fonction des Macromolécules Biologiques, CNRS, Université de Provence Université de la Méditerranée.
  • "CAZypedia" . La enciclopedia de enzimas activas en carbohidratos .
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