Chlamydia caviae es una bacteria que se puede recuperar de la conjuntiva de los conejillos de Indias que padecen inflamación oculary secreción ocular. También es posible infectar el tracto genital de los conejillos de Indias con C. caviae y provocar una enfermedad muy similar a la infección humana por Chlamydia trachomatis . C. caviae infecta principalmente el epitelio de la mucosa y no es invasiva.
C. caviae es marcadamente específica para los conejillos de indias, ya que los intentos de infectar ratones, hámsteres, conejos y jerbos no han tenido éxito, a excepción de un jerbo infectado experimentalmente. Los cinco aislados conocidos de C. caviae son indistinguibles, según la secuencia del gen ompA.
C. caviae tiene un genoma relativamente pequeño que contiene 1,17 Mbp con 998 genes codificadores de proteínas. Además, la cepa GPIC de C. caviae contiene un plásmido extracromosómico , pCpGP1. [2]