Un transposón compuesto tiene una función similar a los transposones simples y elementos de secuencia de inserción (IS) en el sentido de que tiene segmentos de ADN que codifican proteínas flanqueados por secuencias repetidas e invertidas que pueden ser reconocidas por enzimas transposasas. Sin embargo, un transposón compuesto está flanqueado por dos elementos IS separados que pueden o no ser réplicas exactas. En lugar de que cada elemento IS se mueva por separado, la longitud total del ADN que se extiende de un elemento IS al otro se transpone como una unidad completa. Los transposones compuestos también suelen llevar uno o más genes que confieren resistencia a los antibióticos .
Dos SINE pueden actuar en concierto para flanquear y movilizar una secuencia de ADN de copia única intermedia. Esto se notificó para una secuencia de ADN de 710 pb cadena arriba del gen de la beta globina bovina. [1] La disposición del ADN forma un transposón compuesto cuya presencia ha sido confirmada por la secuencia genómica bovina completa donde la secuencia movilizada puede encontrarse en el cromosoma bovino 15 en contig NW_001493315.1 nucleótidos #1085432–1086142 y la secuencia de origen puede encontrarse en cromosoma 2 bovino en contig NW_001501789.2 nucleótidos #1096679–1097389. Es probable que existan transposones compuestos similares en otras regiones genómicas bovinas y en otros genomas de mamíferos. Podrían detectarse con algoritmos adecuados.