El ConsensusPathDB es una interacción funcional molecular de base de datos , la integración de información sobre las interacciones de proteínas , interacciones genéticas de señalización, el metabolismo , la regulación génica , y las interacciones fármaco-diana en seres humanos. ConsensusPathDB actualmente (versión 30) incluye dichas interacciones de 32 bases de datos. [1] ConsensusPathDB está disponible gratuitamente para uso académico en http://ConsensusPathDB.org .
Utilizando la interfaz web, los usuarios pueden buscar entidades físicas (por ejemplo , proteínas , metabolitos , etc.) o rutas utilizando nombres comunes o números de acceso (por ejemplo, identificadores UniProt ). Las interacciones seleccionadas se pueden visualizar en un entorno interactivo como redes expandibles. ConsensusPathDB actualmente permite a los usuarios exportar sus modelos en formato BioPAX o como imagen en varios formatos.
Los usuarios pueden buscar las rutas más cortas de interacciones funcionales entre entidades físicas, basándose en todas las interacciones en la base de datos. La búsqueda de la ruta se puede restringir prohibiendo el paso a través de ciertas entidades físicas.
Los usuarios pueden cargar sus propias redes de interacción en archivos BioPAX , PSI-MI o SBML para validar y / o extender esas redes en el contexto de las interacciones en ConsensusPathDB.
Usando la interfaz web de la base de datos, se puede realizar un análisis de sobrerrepresentación, basado en rutas bioquímicas o en conjuntos de entidades basadas en vecindarios (NEST) que constituyen subredes de la red de interacción general que contiene todas las entidades físicas alrededor de una central dentro de una " radio "(número de interacciones desde el centro). Para cada conjunto predefinido (ruta / NEST), se calcula un valor P basado en la distribución hipergeométrica . Refleja la importancia de la superposición observada entre la lista de genes de entrada específica del usuario y los miembros del conjunto predefinido.