BioPAX (Biological Pathway Exchange) es un lenguaje estándar basado en RDF / OWL para representar vías biológicasa nivel molecular y celular. Su uso principal es facilitar el intercambio de datos de rutas. Los datos de la ruta capturan nuestra comprensión de los procesos biológicos, pero su rápido crecimiento requiere el desarrollo de bases de datos y herramientas computacionales para ayudar a la interpretación. Sin embargo, la fragmentación actual de la información de la ruta en muchas bases de datos con formatos incompatibles presenta barreras para su uso efectivo. BioPAX resuelve este problema haciendo que los datos de la ruta sean mucho más fáciles de recopilar, indexar, interpretar y compartir. BioPAX puede representar vías metabólicas y de señalización, interacciones moleculares y genéticas y redes de regulación genética. BioPAX fue creado a través de un proceso comunitario. A través de BioPAX, están disponibles millones de interacciones organizadas en miles de vías a través de muchos organismos, de un número creciente de fuentes. Por lo tanto, hay disponibles grandes cantidades de datos de rutas en forma computable para respaldar la visualización, el análisis y el descubrimiento biológico.
Es compatible con una variedad de bases de datos en línea (por ejemplo, Reactome ) y herramientas. La última versión lanzada es BioPAX Level 3. También hay un esfuerzo para crear una versión de BioPAX como parte de OBO .
Gobernanza y desarrollo
La próxima versión de BioPAX, Nivel 4, está siendo desarrollada por una comunidad de investigadores. El desarrollo es coordinado por la junta de editores y facilitado por varios grupos de trabajo de BioPAX.
Systems Biology Pathway Exchange (SBPAX) es una extensión para el Nivel 3 y una propuesta para el Nivel 4 para agregar datos cuantitativos y términos de biología de sistemas (como Ontología de Biología de Sistemas ). La exportación SBPAX ha sido implementada por las bases de datos de ruta Signaling Gateway Molecule Pages [1] y SABIO-Reaction Kinetics Database . La importación SBPAX ha sido implementada por el marco de modelado celular Virtual Cell .
Otras propuestas para el Nivel 4 incluyen soporte mejorado para Web Semántica , validación y visualización.
Bases de datos con exportación BioPAX
Las bases de datos en línea que ofrecen la exportación de BioPAX incluyen:
- Páginas de moléculas de puerta de enlace de señalización (SGMP)
- Reactome
- BioCyc
- INOH
- BioModelos
- Base de datos de interacción Naturaleza / NCI Pathway
- Mapa de células cancerosas
- Pathway Commons
- Netpath : un recurso curado de vías de transducción de señales en humanos
- ConsensusPathDB : una base de datos que integra redes de interacción funcional humana
- PANTHER ( Lista de caminos )
- WikiPathways
- PharmGKB / PharmGKB *
Software
El software compatible con BioPAX incluye:
- Paxtools , una API de Java para manejar archivos BioPAX
- Systems Biology Linker (Sybil) , una aplicación para visualizar BioPAX y convertir BioPAX a SBML , como parte de Virtual Cell .
- ChiBE (Chisio BioPAX Editor), [2] una aplicación para visualizar y editar BioPAX.
- Validador BioPAX - reglas sintácticas y semánticas y mejores prácticas ( wiki del proyecto )
- Cytoscape incluye un lector BioPAX y otras extensiones, como el complemento PathwayCommons y la aplicación CyPath2.
- BiNoM , un complemento de cytoscape para análisis de redes, con funciones para importar y exportar archivos de nivel 3 de BioPAX.
- BioPAX-pattern , una API de Java para definir y buscar patrones de gráficos en archivos BioPAX.
Ver también
Referencias
- ^ Dinasarapu AR; Saunders B; Ozerlat I; Azam K; Subramaniam S (2010). "Páginas de la molécula de la puerta de enlace de señalización - una perspectiva del modelo de datos" . Bioinformática . 27 (12): 1736-1738. doi : 10.1093 / bioinformática / btr190 . PMC 3106186 . PMID 21505029 .
- ^ Babur, Ozgun, Ugur Dogrusoz, Emek Demir y Chris Sander. "ChiBE: visualización interactiva y manipulación de modelos de vías de BioPAX". Bioinformática 26, no. 3 (2010): 429-431.
enlaces externos
- Página de inicio de BioPAX
- Wiki de BioPAX Sourceforge