focha (software)
El programa Coot ( Crystalographic Object-Oriented Toolkit ) [2] [3] se utiliza para mostrar y manipular modelos atómicos de macromoléculas, típicamente de proteínas o ácidos nucleicos, utilizando gráficos de computadora en 3D . Se centra principalmente en la construcción y validación de modelos atómicos en mapas tridimensionales de densidad de electrones obtenidos por métodos de cristalografía de rayos X , aunque también se ha aplicado a datos de microscopía electrónica .
Coot muestra mapas de densidad de electrones y modelos atómicos y permite manipulaciones de modelos como la idealización, el refinamiento del espacio real, la rotación/traducción manual, el ajuste de cuerpo rígido, la búsqueda de ligandos, la solvatación, las mutaciones, los rotámeros y la idealización de Ramachandran . El software está diseñado para que sea fácil de aprender para usuarios novatos, lo que se logra al garantizar que las herramientas para tareas comunes sean 'detectables' a través de elementos familiares de la interfaz de usuario (menús y barras de herramientas) o mediante un comportamiento intuitivo (controles del mouse). Los desarrollos recientes han mejorado la facilidad de uso del software para usuarios expertos, con combinaciones de teclas personalizables, extensiones y una amplia interfaz de secuencias de comandos.
Coot es software libre , distribuido bajo la licencia GNU GPL. Está disponible en el sitio web de Coot [4] originalmente en la Universidad de York , y ahora en el Laboratorio de Biología Molecular del MRC . Los binarios precompilados también están disponibles para Linux y Windows desde la página web y CCP4 , y para Mac OS X a través de Fink y CCP4. Hay soporte adicional disponible a través de la wiki de Coot y una lista de correo activa de COOT. [5] [6]
El autor principal es Paul Emsley ( MRC-LMB en Cambridge ). Otros colaboradores incluyen a Kevin Cowtan, Bernhard Lohkamp y Stuart McNicholas ( Universidad de York ), William Scott ( Universidad de California en Santa Cruz ) y Eugene Krissinel ( Laboratorio Daresbury ).
Coot se puede usar para leer archivos que contienen modelos de coordenadas atómicas en 3D de estructuras macromoleculares en varios formatos, incluidos archivos pdb , mmcif y Shelx. Luego, el modelo puede rotarse en 3D y verse desde cualquier punto de vista. El modelo atómico se representa de forma predeterminada mediante un modelo lineal, con vectores que representan enlaces químicos. Las dos mitades de cada enlace están coloreadas según el elemento del átomo en ese extremo del enlace, lo que permite visualizar la estructura química y la identidad de una manera familiar para la mayoría de los químicos.
Coot también puede mostrar la densidad de electrones, que es el resultado de experimentos de determinación de estructuras, como la cristalografía de rayos X y la reconstrucción EM. La densidad se contornea usando una malla 3D. El nivel de contorno se controla con la rueda del mouse para facilitar la manipulación; esto proporciona una forma sencilla para que el usuario tenga una idea del perfil de densidad de electrones en 3D sin el desorden visual de múltiples niveles de contorno. La densidad de electrones se puede leer en el programa desde los formatos de mapa ccp4 o cns , aunque es más común calcular un mapa de densidad de electrones directamente desde los datos de difracción de rayos X, leídos desde un archivo mtz, hkl, fcf o mmcif.
