Focha (software)
El programa Coot ( Kit de herramientas cristalográficas orientadas a objetos ) [2] [3] se utiliza para mostrar y manipular modelos atómicos de macromoléculas, típicamente de proteínas o ácidos nucleicos, utilizando gráficos por computadora en 3D . Se centra principalmente en la construcción y validación de modelos atómicos en mapas de densidad electrónica tridimensionales obtenidos por métodos de cristalografía de rayos X , aunque también se ha aplicado a datos de microscopía electrónica .
Coot muestra mapas de densidad de electrones y modelos atómicos y permite manipulaciones de modelos como idealización, refinamiento del espacio real, rotación / traslación manual, ajuste de cuerpo rígido, búsqueda de ligandos, solvatación, mutaciones, rotámeros e idealización de Ramachandran . El software está diseñado para ser fácil de aprender para los usuarios novatos, lo que se logra al garantizar que las herramientas para tareas comunes sean 'detectables' a través de elementos familiares de la interfaz de usuario (menús y barras de herramientas) o mediante un comportamiento intuitivo (controles del mouse). Los desarrollos recientes han mejorado la usabilidad del software para usuarios expertos, con combinaciones de teclas personalizables, extensiones y una amplia interfaz de secuencias de comandos.
Coot es un software libre , distribuido bajo GNU GPL. Está disponible en el sitio web de Coot [4] originalmente en la Universidad de York , y ahora en el Laboratorio de Biología Molecular del MRC . Los binarios precompilados también están disponibles para Linux y Windows desde la página web y CCP4 , y para Mac OS X a través de Fink y CCP4. Hay soporte adicional disponible a través de la wiki de Coot y una lista de correo activa de COOT. [5] [6]
El autor principal es Paul Emsley ( MRC-LMB en Cambridge ). Otros colaboradores incluyen a Kevin Cowtan, Bernhard Lohkamp y Stuart McNicholas ( Universidad de York ), William Scott ( Universidad de California en Santa Cruz ) y Eugene Krissinel ( Laboratorio Daresbury ).
Coot se puede utilizar para leer archivos que contienen modelos de coordenadas atómicas 3D de estructuras macromoleculares en varios formatos, incluidos archivos pdb , mmcif y Shelx. Luego, el modelo puede rotarse en 3D y verse desde cualquier punto de vista. El modelo atómico se representa por defecto mediante un modelo de barra, con vectores que representan enlaces químicos. Las dos mitades de cada enlace están coloreadas de acuerdo con el elemento del átomo en ese extremo del enlace, lo que permite visualizar la estructura química y la identidad de una manera familiar para la mayoría de los químicos.
Coot también puede mostrar la densidad de electrones, que es el resultado de experimentos de determinación de estructuras como la cristalografía de rayos X y la reconstrucción EM. La densidad se contornea utilizando una malla 3D. El nivel de contorno controlado mediante la rueda del mouse para una fácil manipulación: esto proporciona una forma sencilla para que el usuario se haga una idea del perfil de densidad de electrones 3D sin el desorden visual de múltiples niveles de contorno. La densidad de electrones se puede leer en el programa desde los formatos de mapa ccp4 o cns , aunque es más común calcular un mapa de densidad de electrones directamente a partir de los datos de difracción de rayos X, leídos de un archivo mtz, hkl, fcf o mmcif.
