El cisco de aguas profundas ( Coregonus johannae ) fue uno de los ciscoes más grandes de los Grandes Lagos . Su longitud promedio era de 30 cm (12 pulgadas) y pesaba aproximadamente 1,0 kilogramo (2,2 libras). Ocurriendo solo en los lagos Huron y Michigan , y habitando aguas entre 50 y 150 metros de profundidad, era difícil distinguirlo de otros ciscoes y posiblemente era la misma especie que el cisco de mandíbula corta ( Coregonus zenithicus). El cisco de aguas profundas se distinguía por tener menos de 33 branquiespinas, aletas pectorales relativamente largas y mandíbulas sin pigmentación. Era de color plateado con un brillo rosado o púrpura y un dorso verde o azul. Se generó en agosto y septiembre, antes que la mayoría de los otros ciscoes. No se sabe mucho sobre sus comportamientos específicos. Su dieta consistía en Mysis relicta , almejas y varios insectos acuáticos. Debido a su gran tamaño, el cisco de aguas profundas fue muy explotado comercialmente.
Las principales razones de su extinción fueron una combinación de la competencia de la invasora alewife , la depredación de la lamprea marina introducida y la pesca comercial en los Grandes Lagos.
Parte de la razón de la falta de información sobre esta especie podría atribuirse a la pesca comercial a principios de la década de 1930, antes de que se analizaran adecuadamente las especies de aguas profundas. El cisco de aguas profundas era abundante antes de la década de 1900 ya que, antes de que comenzara la pesca comercial a gran escala en el lago Michigan, los ciscoes más grandes no tenían depredadores naturales.
No fue hasta la década de 1930 que la especie fue objeto de explotación pesquera comercial. El cisco de aguas profundas, también conocido como cacho en términos de pesca, era apreciado por su tamaño más grande de lo normal. Durante esta explotación, el número de esta especie disminuyó drásticamente.
Los últimos especímenes de Cisco en aguas profundas se registraron en el lago Michigan en 1951 y en el lago Huron en 1952. La especie fue declarada extinta poco después. Cuando se realizó una reevaluación en varios estados que bordean el lago Michigan en la década de 1960, no hubo especímenes identificables del cisco de aguas profundas en ninguno de los muestreos. Esto sirvió para confirmar su extinción, provocada por una combinación de pesca comercial y depredadores invasores como la lamprea marina.