Culturomics es el cultivo celular de bacterias de alto rendimiento que tiene como objetivo identificar de manera integral cepas o especies en muestras obtenidas de tejidos como el intestino humano o del medio ambiente . [1] [2] [3] Este enfoque se concibió como un método alternativo y complementario a la metagenómica , que se basa en la presencia de secuencias homólogas para identificar nuevas bacterias. [3] Debido a la limitada información filogenética disponible sobre bacterias, los datos metagenómicos generalmente contienen grandes cantidades de "materia oscura microbiana", secuencias de origen desconocido. [4] Culturomics proporciona algunos de los huecos faltantes con la ventaja añadida de permitir el estudio funcional de los cultivos generados. Su principal inconveniente es que muchas especies bacterianas permanecen efectivamente sin cultivar hasta que se comprenden mejor sus condiciones de crecimiento. Por lo tanto, la optimización del enfoque culturómico se ha realizado mejorando las condiciones de cultivo. [5] [6]
A diferencia de la metagenómica, que se basa en la secuenciación directa de escopeta o la pirosecuenciación de ARN 16S , la culturómica se basa en la espectrometría de masas de desorción / ionización láser asistida por matriz - tiempo de vuelo (MALDI-TOF) . [2] [3] Sin embargo, la culturómica también utiliza la secuenciación de ARN 16S para identificar nuevas especies. [7]
Ver también
Referencias
- ^ Lagier J, Armougom F, Million M, et al. (Diciembre 2012). "Culturomics microbianos: cambio de paradigma en el estudio del microbioma intestinal humano" . Microbiología clínica e infección . 18 (12): 1185-1193. doi : 10.1111 / 1469-0691.12023 .
- ^ a b Lagier J, Khelaifia S, Alou M y col. (Diciembre de 2016). "Cultura de miembros previamente no cultivados de la microbiota intestinal humana por culturomics" . Microbiología de la naturaleza . 1 (12): 16203. doi : 10.1038 / nmicrobiol.2016.203 .
- ^ a b c Greub, G. (diciembre de 2012). "Culturomics: un nuevo enfoque para estudiar el microbioma humano" . Microbiología clínica e infección . 18 (12): 1157-1159. doi : 10.1111 / 1469-0691.12032 .
- ^ Rinke C, Schwientek P, Sczyrba A y col. (25 de julio de 2013). "Información sobre la filogenia y el potencial de codificación de la materia oscura microbiana" . Naturaleza . 499 (7459): 431–437. doi : 10.1038 / nature12352 .
- ^ Diakite A, Dubourg G, Dione N, et al. (Diciembre de 2020). "Optimización y estandarización de la técnica culturómica para la exploración del microbioma humano" . Informes científicos . 10 (1): 9674. doi : 10.1038 / s41598-020-66738-8 .
- ^ Chang Y, Hou F, Pan Z y col. (17 de diciembre de 2019). "Optimización de la estrategia de culturomics en muestras fecales humanas" . Fronteras en microbiología . 10 : 2891. doi : 10.3389 / fmicb.2019.02891 .
- ^ Diakite A, Dubourg G, Dione N, et al. (21 de octubre de 2019). "La culturómica extensa de 8 muestras sanas mejora la eficiencia de la metagenómica" . PLOS ONE . 14 (10): e0223543. doi : 10.1371 / journal.pone.0223543 .
Otras lecturas
- Lagier, Jean-Christophe; Hugon, Perrine; Khelaifia, Sabre; Fournier, Pierre-Edouard; La Scola, Bernard; Raoult, Didier (enero de 2015). "El renacimiento de la cultura en microbiología a través del ejemplo de la culturómica para estudiar la microbiota intestinal humana" . Revisiones de microbiología clínica . 28 (1): 237–264. doi : 10.1128 / CMR.00014-14 .
- Bilen, Melhem; Dufour, Jean-Charles; Lagier, Jean-Christophe; Cadoret, Fréderic; Daoud, Ziad; Dubourg, Grégory; Raoult, Didier (diciembre de 2018). "La contribución de la culturomics al repertorio de especies de arqueas y bacterias humanas aisladas" . Microbioma . 6 (1): 94. doi : 10.1186 / s40168-018-0485-5 .