PyMOL es un sistema de visualización molecular de código abierto pero propietario [3] creado por Warren Lyford DeLano . Fue comercializado inicialmente por DeLano Scientific LLC, que era una empresa de software privada dedicada a crear herramientas útiles que se vuelven universalmente accesibles para las comunidades científicas y educativas. Actualmente es comercializado por Schrödinger, Inc. Como la licencia de software original era una licencia permisiva , pudieron eliminarla; las nuevas versiones ya no se lanzan bajo la licencia de Python, pero bajo una licencia personalizada (que otorga amplios derechos de uso, redistribución y modificación, pero asigna los derechos de autor de cualquier versión a Schrodinger, LLC.) [3] , y parte del código fuente ya no se publica. [4] PyMOL puede producir imágenes 3D de alta calidad de moléculas pequeñas y macromoléculas biológicas , como las proteínas . Según el autor original, en 2009, casi una cuarta parte de todas las imágenes publicadas de estructuras de proteínas en 3D en la literatura científica se realizaron con PyMOL. [ cita requerida ]
PyMOL es una de las pocas herramientas de visualización de modelos en su mayoría de código abierto disponibles para su uso en biología estructural . La parte Py del nombre del software se refiere a que el programa ha sido escrito en el lenguaje de programación Python .
PyMOL usa OpenGL Extension Wrangler Library (GLEW) y FreeGLUT , y puede resolver ecuaciones de Poisson-Boltzmann usando el Solucionador adaptativo de Poisson Boltzmann. [5] PyMOL usó Tk para los widgets de GUI y tenía binarios Aqua nativos para macOS a través de Schrödinger , que fueron reemplazados con una interfaz de usuario de PyQt en todas las plataformas con el lanzamiento de la versión 2.0. [6]
Las primeras versiones de PyMol se publicaron bajo la licencia de Python . El 1 de agosto de 2006, DeLano Scientific adoptó un sistema de descarga de acceso controlado para compilaciones de PyMOL precompiladas (incluidas las versiones beta) distribuidas por la empresa. El acceso a estos ejecutables ahora está limitado a usuarios registrados que son clientes de pago; Las compilaciones educativas están disponibles de forma gratuita para estudiantes y profesores. Sin embargo, la mayor parte del código fuente actual sigue estando disponible de forma gratuita, al igual que las compilaciones precompiladas más antiguas. Si bien los sistemas de compilación para otras plataformas están abiertos, el sistema de compilación de la API de Windows (WinAPI, Win32) no lo está, aunque los archivos binarios no oficiales de Windows están disponibles en línea. [7] Cualquiera puede compilarun ejecutable del código fuente con licencia de Python o pague una suscripción a los servicios de soporte para obtener acceso a los ejecutables precompilados.
El 8 de enero de 2010, Schrödinger, Inc. llegó a un acuerdo para adquirir PyMOL. La empresa asumió el desarrollo, el mantenimiento, el soporte y las ventas de PyMOL, incluidas todas las suscripciones válidas en ese momento. También continúan apoyando activamente a la comunidad de código abierto PyMOL. En 2017, Schrödinger renovó el sistema de distribución para unificar la interfaz de usuario bajo Qt y la gestión de paquetes bajo Anaconda , y lo lanzó como PyMol v2. [6] Esta versión restringe algunas funcionalidades nuevas y agrega una marca de agua a la visualización si se usa sin licencia más allá del período de prueba de 30 días; la política general de licencias es similar al sistema DeLano. El código fuente permanece mayormente disponible, esta vez bajo una licencia similar a BSD. [8]Al igual que con la distribución anterior, los binarios no oficiales de Windows en formato de rueda están disponibles, [7] y, de hecho, las distribuciones de Linux continúan brindando sus propias compilaciones del código de fuente abierta.
Ejemplo de algunas funciones de edición de moléculas de PyMOL, rotación de enlaces diédricos y relajación molecular interactiva con el modo Sculpting . Estas son características útiles para preparar la geometría de entrada para el software de química cuántica.