DeMix es un método estadístico para desconvolucionar transcriptomas mixtos de cáncer para predecir la proporción probable de muestras de células tumorales y estromales mediante un modelo de mezcla lineal. Fue desarrollado por Ahn et al .
Demix considera explícitamente cuatro escenarios posibles: muestras tumorales y normales emparejadas, con genes de referencia ; muestras emparejadas de tumor y normales, sin genes de referencia; muestras tumorales y normales no emparejadas, con genes de referencia; y muestras tumorales y normales no emparejadas, sin genes de referencia.
Los genes de referencia son un conjunto de genes para los cuales los perfiles de expresión se han estimado con precisión en función de datos externos en todos los tipos de tejido constituyentes. [1]
Las muestras de tumores sólidos obtenidas de la práctica clínica son muy heterogéneas . Consisten en múltiples poblaciones clonales de células cancerosas, así como en tejido normal adyacente, estromales y células inmunitarias infiltrantes . La estructura altamente heterogénea de los tejidos tumorales podría complicar o sesgar varios análisis de datos genómicos. Eliminar la heterogeneidad es de gran interés para aislar los datos de expresión de muestras mixtas in silico .
Es importante estimar y tener en cuenta la pureza del tumor o el porcentaje de células cancerosas en la muestra del tumor antes de los análisis. Debido a las marcadas diferencias entre el cáncer y las células normales, es posible estimar la pureza del tumor a partir de datos genómicos o epigenómicos de alto rendimiento .
DeMix estima la proporción y el perfil de expresión génica de las células cancerosas en muestras mixtas. En este método, se supone que la muestra mixta está compuesta solo por dos tipos de células: células cancerosas (sin ningún perfil de expresión génica conocido a priori) y células normales (con datos de expresión génica conocidos, que pueden provenir de muestras coincidentes o no coincidentes con el tumor). ). [2]